专题讨论

CGM 第45期：如何在学术会议上最大化自己的收获？

2019-01-23

作为学术新人的你，面对即将参加的学术会议，是否手足无措？是否惆怅怎样有效听取演讲，开阔学术视野？是否苦恼怎样和大牛搭讪，寻找潜在的合作和工作机会？本期CGM，我们有幸邀请到几位学术界工业界的嘉宾朋友，和您一起分享他们多年来参加学术会议的经验，如何最大化自己的收获。

人物专访

CGM 第44期：管中窥豹：以我在湖南大学工作的五年谈PI就业与发展

2018-12-19

回想自己多年前毅然决然踏上征程，来到异国他乡发展，此时的你，内心是否依然激情澎湃？面对学术界如此激烈的竞争，在留下还是回去的抉择中，在纵身跃进学术研究的海洋前，你是否也期待听到过来人的经验分享？2018年的最后一期CGM，我们隆重推出本年度的最后一个专题 — “国内PI的就业与发展”。本期活动我们邀请到了于峰博士（湖南大学教授，教育部青年长江学者，中国科协“青年人才托举工程”获得……

人物专访

CGM 第43期：生物学博士如何创业--专访投必得（TopEdit）创办人张宁博士

2018-11-28

Academia or Industry？每一个博士生应该都问过自己这样的问题。但你是否知道，除了学术界教职或工业界职位以外，自主创业也是一个可供博士们考虑的选项。本期CGM在线沙龙，我们邀请了创办了投必得公司的张宁博士与我们分享关于创业的心得体会。张宁，中国科学院植物所博士，复旦大学和美国宾州大学博后，现任美国食品药品监督管理局（FDA）研究员。博士后期间，曾主持国自然青年基金、博士后特别资助……

学术报告

CGM 第42期：Using Machine Learning to Dissect Recombination Landscape

2018-11-14

第一次减数分裂前，同源染色体会经历配对，联会和遗传物质重组交换等一系列过程。同源染色体遗传物质重组交换促进了遗传多样性的发生，进而为遗传育种及选种选育提供更多的原材料。减数分裂的重组过程是被严格调控的，它起始于DNA双链的断裂（double strand break），在RAD51及其它蛋白的作用下，DSB通过同源重组修复，一部分形成基因转换（gene conversion）个体，还有一部分形成重……

学术报告

CGM 第41期：Understanding Domestication Through Maize Mutants

2018-11-07

与高度分枝的野生祖先种相比，抑制侧生分枝被证明是高产的理想株型，因而在多种驯化作物中均受到选择。前人的研究表明从大刍草到玉米的驯化过程中可能仅有几个基因是必需的，其中之一是还原转座子驱动的teosinte branched1（tb1）转录因子过表达来实现对侧生分枝的抑制。在这里我将介绍tb1的下游靶基因tassels replace upper ears1（tru1），并展示tru1也在驯化过程中……

学术报告

CGM 第40期：Towards Eukaryotic Pan-genomics

2018-10-17

一个物种所包含的所有基因的集合被称为泛基因组（pan-genome）。泛基因组研究主要关注两个方面：核心基因组（core genome）以及非必需基因组（dispensable/distributed genome）。核心基因组指的是该物种所有个体都包含的基因，表征该物种生长发育等不可或缺的功能。非必需基因组指的是仅在部分个体中存在的基因，它们与个体对外界环境的适应息息相关。自从2005年泛基因组……

学术报告

CGM 第39期：Drought delays development of the sorghum root microbiome and enriches for monoderm bacteria

2018-10-03

近年来，植物根系微生物组研究揭示根际菌群能作物提高干旱抗性，其作用机制尚不清楚，因此对植物自身发育、干旱胁迫以及植物微生物组三者互作模式的研究是应对日益加剧的农业干旱的重要策略。我们的研究结合16S基因扩增子测序，揭示了高粱各发育时期以及干旱胁迫下根系微生物的动态变化。其中格兰氏阳性菌在干旱胁迫根系菌群中的比例显著增加。通过宏转录组和代谢组分析，我们发现干旱下植物根际的氨基酸和碳相关代谢物增加，……

学术报告

CGM 第38期：在进化生物学的框架下利用深度学习预测基因表达

2018-09-19

深度学习已经给无数的领域带来了深刻的变革，在分子生物学和基因组学中也同样具有广阔的应用前景。但是，由于基因之间以及物种之间存在进化关系，使得生物学中深度学习模型的建立和训练具有一定的特殊性。如果把其他学科的深度学习模型照搬到生物学领域，可能会造成不准确甚至错误的结论。因此，我们提出两种训练深度学习模型的方式：（1）根据基因家族将数据分为训练集和测试集。（2）利用直系同源基因训练模型。我们用这两种方……

学术报告

CGM 第37期：My experience of facilitating both hypothesis-driven and data-driven research as a bioinformatician

2018-09-05

作为生物信息学家，经常遇到两种情况，第一种，生物学家根据明确的hypothesis设计实验，产生实验数据，本次报告我以一套single cell RNA-seq的数据分析为例，分享通过对数据进行QC控制，去除batch effect，降维处理等来回答生物学家已有的生物学问题。第二种情况是生物学家通过高通量实验手段产生了大量的数据，希望从数据中挖掘出新的知识和规律，这种情况需要借助数据整合分析平台，……

学术报告

CGM 第36期：从植物系统发育浅谈生命之树及应用

2018-08-22

“北冥有木，生命之树。树之大，枝枝叉叉数百万年也”。 […] 其实，“生命之树 (Tree of Life)” 这个词，在生物学领域最早是达尔文从宗教书典中引用过来的，用以比喻地球上所有生物之间的系统发育关系。即，万物同根，有着树形一样的亲缘关系和进化历史；它像家谱一样，我们可以逆着时光，追溯地球上所有生物之间的关系和共同祖先。海量数据的产生及生物信息学、计算机科学的快速发展与革新，……

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