学术报告

08-16-2023 不完全谱系分流在灵长类演化过程中的影响以及其和选择作用的关系

2023-08-16

不完全谱系分流（Incomplete lineage sorting，ILS）是指物种在分化的过程中对祖先群体的多态性进行随机继承的现象。因此，ILS 会导致亲缘关系更远的物种因为继承了同一种多态性反而在序列上更相似，对物种演化关系的推测造成影响。此外，ILS 也与其他演化信息紧密相关，如祖先群体大小，以及物种分化的时间。另外，演化历程中的多次选择作用也会影响 ILS 的发生，导致基因组上不同区域 ILS 的……

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08-09-2023 整合式空间多组学技术揭示肿瘤代谢微环境特征

2023-08-09

主讲人：孙成龙研究员 […] 本科：华中科技大学 […] 工作经历：齐鲁工业大学（山东省科学院）药物代谢与分子成像团队课题组长 […] 研究领域：质谱（成像）新方法开发、药物及肿瘤代谢研究 […] 组学技术的发展极大地推动了人们对肿瘤的认识和临床精准诊治。然而，基于组织匀浆或单细胞解离的组学分析技术会破坏组织中细胞和分子所处的空间位置，无法获……

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08-09-2023 整合式空间多组学技术揭示肿瘤代谢微环境特征

2023-08-09

主讲人：孙成龙研究员 […] 本科：华中科技大学 […] 工作经历：齐鲁工业大学（山东省科学院）药物代谢与分子成像团队课题组长 […] 研究领域：质谱（成像）新方法开发、药物及肿瘤代谢研究 […] 组学技术的发展极大地推动了人们对肿瘤的认识和临床精准诊治。然而，基于组织匀浆或单细胞解离的组学分析技术会破坏组织中细胞和分子所处的空间位置，无法获……

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08-05-2023 Y 染色体基因异常表达导致结直肠癌性别差异

2023-08-05

主讲人：李洁茜博士 […] 本科：华中科技大学 […] 工作经历：曾在康奈尔大学医学院工作 […] 研究领域：肿瘤免疫 […] 学术成果：Nature, Cancer Cell, Cancer Discovery, Nature Aging, Nature Communications, Genes & Development,……

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07-29-2023 癌症中的 Y 染色体丢失通过逃避适应性免疫驱动生长

2023-07-29

多种癌症类型中观察到 Y 染色体丢失（LOY），包括 10-40% 的膀胱癌，但其临床和生物学意义尚不清楚。在这里，我们使用基因组和转录组研究报告了 LOY 与膀胱癌患者预后不良相关。我们对自然发生的 LOY 突变膀胱癌细胞以及通过 CRISPR-Cas9 靶向删除 Y 染色体的细胞进行了深入研究。在体外，Y 阳性（Y+）和 Y 阴性（Y-）肿瘤的生长相似，而在免疫能力正常的宿主中，Y - 肿瘤比 Y + 肿瘤更具侵袭性，这是一种依赖 T……

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07-25-2023 使用 Bambu 从长读长 RNA-seq 数据进行上下文感知的转录本定量

2023-07-25

大多数转录本定量方法都依赖于固定的参考注释, 然而，转录组是动态的。静态注释通常会包含某些基因的非活性异构体（isoform），而对于其他一部分基因来说静态注释又是不完整的。在这里，我们介绍了 Bambu，一种基于机器学习发现长读转录组基因测序数据中转录本异构体并进行实时量化的方法。为了识别新的转录本，Bambu 发明了一种新的参数（NDR），相比之前任意的每个样本阈值，具有单个、可解释的、精确……

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07-12-2023 基于图泛基因组的谷子种质资源挖掘与应用

2023-07-12

基因组研究对作物群体遗传、功能基因组、育种应用具有重要意义。近年来随着测序技术和生信方法的快速发展，泛基因组、图基因组研究引起学界广泛关注。如何利用泛基因组、图基因组高效挖掘利用种质资源，对作物功能基因组研究和育种改良具有重要意义。本研究基于 110 个 de novo 组装的基因组，系统解析了谷子驯化改良过程，构建了谷子第一个高质量图基因组，并利用该图基因组对谷子 68 个性状 226 组表型进行了全基因关联分……

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07-06-2023 医疗系统规模的大语言模型——临床预测瑞士军刀

2023-07-06

医生每天需要做重要的、时间紧迫的决定。临床预测模型可以通过预测临床和运营事件来帮助医生和医院管理者。现有的基于结构数据的模型因其在数据处理、建模和落地的复杂性导致日常工作中使用有限。我们发现电子健康记录（EHR）里的非结构性病历文档让训练医疗语言模型变可能，并能将其用作多用途的、低阻建模和落地的临床预测引擎。我们的方法发挥了最近自然语言处理的进步来训练一个用于医疗语言的大语言模……

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07-05-2023 Hybrid origin of a primate, the gray snub-nosed monkey

07-05-2023 Hybrid origin of a primate, the gray snub-nosed monkey

2023-07-05

种间杂交在物种及表型的多样性演化中有着重要促进作用，然而人们关于种间杂交在哺乳动物多样性演化中所扮演的角色和认识仍然非常有限。在本研究中，我们报道了金丝猴属物种间的古老杂交直接导致一个新物种产生的演化事件。分析结果表明，在金丝猴属的 5 个近缘物种中地理分布最孤立的黔金丝猴基因组呈现出大量的遗传组分混合信号，这些组分分别来自川金丝猴亲本与滇金丝猴和怒江金丝猴祖先群这一亲本。进一步的，我们发现杂交起源的……

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06-28-2023 GAEP：一款全面的基因组组装评估工具

2023-06-28

随着测序技术的快速发展，特别是第三代测序技术的成熟，已发表基因组组装的数量和质量都获得了显著的提高。这些高质量基因组的出现对基因组评估提出了更高的要求。尽管已经开发了许多评估方法以从不同角度评估基因组组装质量，但选择性地使用这些评估方法可能是随意的，并且不方便用于不同项目基因组的横向比较。为了解决这个问题，我们开发了基因组组装评估流程（GAEP），它提供了一个全面的评估流程，从连续性、完整性和正确……

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