学术报告

CGM 第153期: 三维基因组学的技术实现与应用研究

2021-04-28

介绍3D基因组学的研究对象、研究方法，及其在动植物上的应用。介绍3D视角下的生理、病理与进化上的研究进展，特别是以（超级）增强子互作与癌症产生的关联的新颖现象。由于演讲人长期研究植物（玉米），因此也将介绍调控具体农艺性状的基因在营养组织与生殖组织中的互作异同，及在大刍草驯化为现代玉米过程中的3D结构变异。 […] En Li*, Han Liu*, Liangliang Huang,……

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CGM 第150期: Opportunities and Challenges in Genomics

2021-04-21

报告简介: 生命之树计划主要目标之一是重建地球上所有生物类群之间的谱系亲缘关系，并以辅助阐明生命的起源、生物演化模式与机制。随着基因组测序技术不断进步与测序成本不断降低，科学家期望利用全基因组数据重建可靠的生命之树。在基因组学时代下，1）如何利用全基因组数据重建可靠的生命之树，并试图解析基因组的演化模式；2）如何应对现有建树方法与基因组数据产生的异质性（冲突）。机遇：子囊菌门是真菌界中种类最多……

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CGM 第151期: From mutations to macroevolution, what we learned from biodiversity genomics

2021-04-21

生命演化历史横跨40亿年，期间种群更新迭代，最终造就了当今繁茂的生物多样性格局。基因组上的微观变异如何推动生物演化历史和生物多样性格局的形成是演化生物学里重要的问题。微进化和宏进化之间的鸿沟是20世纪前中期演化生物学理论大综合后留下的一道重要疑问。比较基因组学为解决达尔文提出的渐变理论和古生物学提出的间断平衡理论之间的矛盾提供了重要手段。近几年宏观尺度的物种比较基因组学的发展极大的丰富了我们对物种……

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CGM 第149期: 单细胞谱系追踪解析免疫系统的发育

2021-04-14

多细胞生命是从单个细胞开始，通过细胞分裂和分化，最终形成组织分明、井然有序的个体。在这个过程中细胞的发育历史被称为谱系 (lineage)。记录、追踪并绘制细胞发育历史的过程被称为谱系追踪 (lineage tracing) 。近年来科学家通过发展谱系追踪的方法学，深入理解了干细胞驱动的器官再生与稳态，推动了体外迷你器官培养的进步。在癌症领域，谱系追踪揭示了肿瘤细胞的起源和克隆演化，提供了靶向肿瘤……

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CGM 第148期: Systematic inference and comparison of multi-scale chromatin sub-compartments connects spatial organization to cell phenotypes

2021-04-08

Chromatin compartmentalization reflects biological activity. However, inference of chromatin sub-compartments and compartment domains from chromosome conformation capture (Hi-C) experiments is limited……

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CGM 第147期:深度揭秘多倍体棉花的起源、驯化与遗传改良

2021-04-07

报告简介: 报告将简单介绍两个异源四倍体栽培棉种的基因组从头测序、组装与比较分析，再结合深度重测序数据解析陆地棉和海岛棉两个棉种的起源、驯化与改良的遗传规律和之间的复杂关系。报告亮点: 1. 多倍体基因组组装与比较分析 2. 七个异源四倍体棉花的系统发生树 3. 陆地棉和海岛棉的遗传多样性和瓶颈 4. 陆地棉和海岛棉的共同起源与独立驯化 5. 陆地棉和海岛棉的驯化与改良过程中的相互渐渗棉……

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CGM 第146期: 脑瘤复发的表观机制研究和液体活检技术的开发

2021-03-31

与成人肿瘤相比，少儿脑瘤具有基因突变频率超低的特征。少儿EPN是一种常见的恶性儿童脑肿瘤，大概50%的病人会复发，一旦复发，病情会急剧恶化，而且目前尚没有有效的治疗方法。我们收集了来自10个病人的多次复发的肿瘤样本，对DNA甲基化和基因表达进行了时序性比较分析，鉴定出了可以预测EPN复发的DNA甲基化标记及其潜在的调节基因。同时，我们也发现了复发过程中的DNA甲基化趋于同化的现象。最终，与对照组相……

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CGM 第144期: 解析拟南芥茎尖单细胞图谱

2021-03-24

简要介绍拟南芥茎尖单细胞图谱特征、细胞周期进程、细胞分化轨迹及干细胞多能性特征，探讨单细胞测序技术如何更好服务于植物科学领域。报告亮点: 1. 拟南芥茎尖单细胞图谱 2. 单细胞水平展现细胞周期进程连续性 3. 多个组织和器官的精细发育轨迹 4. 拟南芥单细胞全景模式图 5. 对单细胞测序技术的一些讨论高等植物个体都由单个受精卵通过细胞分裂和分化而来。数量众多、功能多样的细胞组成了一套复杂而精……

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CGM 第145期: 植物器官形成的奥义——转录因子调控中柱鞘细胞的分化

2021-03-24

在植物中，裸子植物和大多数双子叶植物的发育过程，包括了初生生长和次生生长。植物的初生生长来源于茎或者根尖的分生组织，可使植物器官的长度增加，并形成具有潜在分化能力的中柱鞘。植物的次生生长，来源于可发育成周皮的栓木形成层和可发育成次生维管束的维管形成层，可使植物体的直径逐年增加。植物中的中柱鞘可以分化形成不同的植物器官，例如：侧根、次生维管束和周皮。植物的周皮作为其外部屏障，可以保护植物免受生物和非……

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CGM 第143期: 高速高效全基因组关联分析软件BLINK

2021-03-17

GAPIT作为一款基于R语言的GWAS软件，在多个领域，尤其是动植物育种行业，收获了众多的用户。FarmCPU是GAPIT工具箱中的最新的模型，具有统计效力高，速度快的特点。BLINK作为FarmCPU的C语言升级版，对关联位点具有更灵敏的探测能力，而且具备分析超大型数据集的能力，可以使用CPU和GPU进行异构运算。本报告主要介绍FarmCPU和BLINK的模型、原理、实际表现以及使用方法。……

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