学术报告

CGM 第32期：Preferential retention of homeologs from a single parental subgenome after polyploidy is shaped by functional interactions and dosage-based intrinsic selective constraint

2018-06-27

全基因组多倍化被认为在植物的演化以及被驯化的过程中起到重要的驱动作用。当亚基因组来自不同物种时，即在异源多倍体（allopolyploidy）中，多拷贝基因会发生不平等的丢失（biased fractionation）：来自某一亚基因组的基因更有可能存留（least fractionated subgenome），而其他的拷贝更易在进化过程中丢失。本次报告将介绍一个基于Markov模型和似然估……

学术报告

CGM 第31期：Phylogenetic identification of endosymbionts and microbiome

2018-06-13

尽管“操作分类单元”OTU(Operational Taxonomic Units)的弊端众所周知，它却仍然作为微生物分子鉴定，多样性和生态研究的基础单元，被大家普遍应用。OTU的厘定基于遗传距离，一般以3%为界限。当下的多款微生物组（群）microbiome软件，譬如QIIME和MOTHUR，均以计算和分析OTU为主要任务。本次讲座中，张冠阳将介绍如何应用系统发育学的思路和方法对二代测序数……

学术报告

CGM 第30期：Phylogenetic approaches for quantifying interlocus gene conversion

2018-05-30

位点间基因转换（IGC）使基因重复均质化。虽然基因组一般含有很多重复基因，但IGC对进化的重要性知之甚少，主要是由于缺乏统计工具。在本次报告中，我们总结了与IGC定量相关的系统发育建模策略。我们将首先介绍将IGC添加到广泛使用的序列变化概率模型中的策略。在14组酵母核糖体蛋白基因中，我们估计了源自IGC而不是点突变的密码子替换的百分比。我们发现比例从20％到38％不等。我们的结果与IGC在14个基……

学术报告

CGM 第29期：Dissecting the basis of novel trait evolution in a radiation with widespread phylogenetic discordance

2018-05-16

系统发育树为分析性状在不同物种之间的进化过程提供了参考。但在快速进化的物种类群中使用唯一的物种树可能会让我们对性状的进化做出错误的解释。例如，我们可能会认为一个新的性状很快地在不同物种中独立进化产生。但实际上当存在某些祖先状态的等位基因在物种间的不完全谱系筛选（ILS）以及物种间的基因渗透时，很多基因树会不同于物种树。而当这些不同于物种树关系的基因控制我们所感兴趣的性状时，我们就会看到类似于趋同进……

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CGM 第28期：Plant cell identity determination by Chromatin regulators

2018-05-02

植物发育阶段的转变或是生长环境的改变都能引发细胞特征的重塑，伴随着大量基因表达的改变以及外部形态的变化。在这一过程中，染色质调控因子起到了重要的调节作用。本次演讲，我将分别介绍染色质重塑因子及 Polycomb 抑制蛋白复合物如何参与到植物细胞生长发育的调控。生长素的局部浓度梯度分布决定了顶端分生组织干细胞分化成花原基，但是具体的调控机理仍不明确，我们的研究表明，……

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CGM 第27期：Host genetic control of symbiosis specificity in Medicago truncatula

2018-04-18

在根瘤菌与豆科植物的共生关系中，根瘤菌以类菌体（bacteroid）的形式存在于根瘤中，并进行固氮作用（nitrogen fixation）为植物提供氮源。以共生固氮作为豆科植物之生物氮肥，可以提高豆科植物的产量，并可减少因过量使用化学肥料造成对土壤环境的破坏。然而，植物与根瘤菌的共生互作具有一定的特异性，即特定种类或基因型的豆科植物只能与某些种属或基因型的根瘤菌形成具有固氮功能的根瘤。那么作为寄……

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