学术报告

CGM 第33期：比较基因组发现线虫控制性选择的新基因家族

2018-07-11
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为了揭示生育模式对基因组的影响，我们比较了异交线虫Caenorhabditis nigoni与其自生 育近亲同胞物种C.briggsae的染色体。 C. nigoni的基因组类似于异交亲属，但蛋白质编码 基因比C. briggsae多31％。缺乏C. briggsae同源物基因的C. nigoni基因不成比例地偏小并 且在表达上具有雄性偏向。这些包括雄性分泌的短（mss）基因家族，……
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CGM 第32期：Preferential retention of homeologs from a single parental subgenome after polyploidy is shaped by functional interactions and dosage-based intrinsic selective constraint

2018-06-27
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全基因组多倍化被认为在植物的演化以及被驯化的过程中起到重要的驱动作用。当亚基因组来自不同物种时，即在异源多倍体（allopolyploidy）中，多拷贝基因会发生不平等的丢失（biased fractionation）：来自某一亚基因组的基因更有可能存留（least fractionated subgenome），而其他的拷贝更易在进化过程中丢失。 本次报告将介绍 一个基于Markov模型和似然估……
学术报告

CGM 第31期：Phylogenetic identification of endosymbionts and microbiome

2018-06-13
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尽管“操作分类单元”OTU(Operational Taxonomic Units)的弊端众所周知，它却仍然作为微生物分子鉴定，多样性和生态研究的基础单元，被大家普遍应用。OTU的厘定基于遗传距离，一般以3%为界限。当下的多款微生物组（群）microbiome软件，譬如QIIME和MOTHUR，均以计算和分析OTU为主要任务。 本次讲座中，张冠阳将介绍如何应用系统发育学的思路和方法对二代测序数……
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CGM 第30期：Phylogenetic approaches for quantifying interlocus gene conversion

2018-05-30
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位点间基因转换（IGC）使基因重复均质化。虽然基因组一般含有很多重复基因，但IGC对进化的重要性知之甚少，主要是由于缺乏统计工具。在本次报告中，我们总结了与IGC定量相关的系统发育建模策略。我们将首先介绍将IGC添加到广泛使用的序列变化概率模型中的策略。在14组酵母核糖体蛋白基因中，我们估计了源自IGC而不是点突变的密码子替换的百分比。我们发现比例从20％到38％不等。我们的结果与IGC在14个基……