学术报告

CGM 第40期：Towards Eukaryotic Pan-genomics

2018-10-17

一个物种所包含的所有基因的集合被称为泛基因组（pan-genome）。泛基因组研究主要关注两个方面：核心基因组（core genome）以及非必需基因组（dispensable/distributed genome）。核心基因组指的是该物种所有个体都包含的基因，表征该物种生长发育等不可或缺的功能。非必需基因组指的是仅在部分个体中存在的基因，它们与个体对外界环境的适应息息相关。自从2005年泛基因组……

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CGM 第39期：Drought delays development of the sorghum root microbiome and enriches for monoderm bacteria

2018-10-03

近年来，植物根系微生物组研究揭示根际菌群能作物提高干旱抗性，其作用机制尚不清楚，因此对植物自身发育、干旱胁迫以及植物微生物组三者互作模式的研究是应对日益加剧的农业干旱的重要策略。我们的研究结合16S基因扩增子测序，揭示了高粱各发育时期以及干旱胁迫下根系微生物的动态变化。其中格兰氏阳性菌在干旱胁迫根系菌群中的比例显著增加。通过宏转录组和代谢组分析，我们发现干旱下植物根际的氨基酸和碳相关代谢物增加，……

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CGM 第38期：在进化生物学的框架下利用深度学习预测基因表达

2018-09-19

深度学习已经给无数的领域带来了深刻的变革，在分子生物学和基因组学中也同样具有广阔的应用前景。但是，由于基因之间以及物种之间存在进化关系，使得生物学中深度学习模型的建立和训练具有一定的特殊性。如果把其他学科的深度学习模型照搬到生物学领域，可能会造成不准确甚至错误的结论。因此，我们提出两种训练深度学习模型的方式：（1）根据基因家族将数据分为训练集和测试集。（2）利用直系同源基因训练模型。我们用这两种方……

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CGM 第37期：My experience of facilitating both hypothesis-driven and data-driven research as a bioinformatician

2018-09-05

作为生物信息学家，经常遇到两种情况，第一种，生物学家根据明确的hypothesis设计实验，产生实验数据，本次报告我以一套single cell RNA-seq的数据分析为例，分享通过对数据进行QC控制，去除batch effect，降维处理等来回答生物学家已有的生物学问题。第二种情况是生物学家通过高通量实验手段产生了大量的数据，希望从数据中挖掘出新的知识和规律，这种情况需要借助数据整合分析平台，……

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CGM 第36期：从植物系统发育浅谈生命之树及应用

2018-08-22

“北冥有木，生命之树。树之大，枝枝叉叉数百万年也”。 […] 其实，“生命之树 (Tree of Life)” 这个词，在生物学领域最早是达尔文从宗教书典中引用过来的，用以比喻地球上所有生物之间的系统发育关系。即，万物同根，有着树形一样的亲缘关系和进化历史；它像家谱一样，我们可以逆着时光，追溯地球上所有生物之间的关系和共同祖先。海量数据的产生及生物信息学、计算机科学的快速发展与革新，……

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CGM 第34期：基因和环境因子共同解析表型可塑性（Phenotype plasticity）

2018-07-25

2016年，美国科学基金会（NSF）提出了十大科研问题，其中一个是，解析生命的规则，预测表型。表型是由基因，环境，和它们的互作共同决定的。同卵双胞胎在不同的家庭成长，为什么身高有差异？同一个花园种不同品种的植物，为什么株高有差异？表型为什么具有可塑性？这些问题都值得深入研究。针对某一个可观测到的表型，例如植物开花，具体是哪一些基因，哪一些环境因子决定的，和它们之间是如何互作的。我们通过一……

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