学术报告

CGM 第134期: RAF-SnRK2激酶级联途径介导的渗透胁迫和脱落酸信号途径

2021-01-20

干旱、冷和盐会导致渗透胁迫，抑制植物的生长并严重影响农业生产。目前对于植物如何感受和响应渗透胁迫的分子机制了解较少。已知SnRK2蛋白激酶迅速被渗透胁迫所激活。我们通过磷酸化蛋白组学和遗传学方法发现RAF蛋白激酶能磷酸化并激活SnRK2蛋白激酶。raf多突变体对于渗透胁迫敏感。同时我们还发现RAF-SnRK2激酶途径参与了植物激素脱落酸（Abscisic Acid）的信号途径，对于ABA激活……

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CGM 第131期: 棉属多倍化与驯化历程中的顺反式表达调控进化

2021-01-06

基因表达的调控变异对于产生新表型和驱动物种形成具有重要作用。近年来，在全基因组水平解析顺式和反式调控差异，已经成为了在物种间、种群内、乃至不同环境下探索表型差异与进化的关键手段。然而由于植物中的多倍化现象普遍存在并增加了重复基因调控的复杂性，人们对农作物驯化的调控进化基础仍知之甚少。以陆地棉的驯化过程为例，为研究棉纤维发育这一复杂表型的调控进化基础，我们采用等位基因特异表达分析方法比较了作为亲本的……

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CGM 第130期: 全属水平的比较基因组学研究揭示熊蜂演化及适应的分子机制

2020-12-30

熊蜂在分类上属于蜜蜂科、熊蜂属，因体态像“熊”而被国人称之为熊蜂。熊蜂属包含15个亚属，共约250个种。熊蜂是研究社会性起源及进化的模式生物，也在维护自然生态系统平衡中发挥着举足轻重的作用。熊蜂是多种植物特别是茄科作物的优异授粉者。用熊蜂给温室作物授粉，不但可以提高产量，而且可以改善果实的品质，因而在世界范围内得到了广泛地应用。中国是世界上熊蜂物种资源最为丰富的国家，目前已鉴定出125种，约占世……

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CGM 第129期: 揭示全球小麦当代育种材料的变异多样性

2020-12-23

普通小麦提供给人类的能量约占人类消耗总能量的20%。它有着异源六倍体（2n=6x=42 AABBDD）的巨大基因组（16Gb）,普通六倍体小麦参考基因组的测序和组装工作在各主要作物中进展相对缓慢。国际小麦基因组测序联盟(IWGSC)用了10多年的时间(2005-2018)才组装完成并发表了面包小麦中国春的第一个染色体水平参考质量基因组及其基因注释等。近年来，随着新的基因组技术的发展，以及全球多个国……

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CGM 第128期: 杜鹃花染色体水平基因组测序及花色形成机制解析

2020-12-16

杜鹃花属（Rhododendron）是被子植物的大属之一，全世界约1000种。我国是杜鹃花属物种分布最多、特有种最多、多样性最丰富的国家。该属植物是中国西南山地、尤其是青藏高原地区高山、亚高山灌丛和针叶林、针阔混交林等生态系统的重要组成部分、主要建群种或林下优势种，在维持生态系统稳定方面发挥关键作用。杜鹃花属植物的物种多样性形成和适应性机制一直是进化和生态学领域备受关注的热点问题。杜鹃花属植物花……

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CGM 第127期：Species interactions alter ecological and evolutionary responses to novel environments

2020-12-12

生物入侵和气候变暖是全球变化的重要组成部分。该研究工作重点是入侵生态系统对全球变暖的响应，结合田间演化实验(field experimental evolution)及同质园实验从微观（基因，化学代谢产物，土壤微生物）到中观（个体及种群）再到宏观（生物地理学）多维度研究全球变化下的生态与演化的科学问题。实验主要分析入侵豚草，Ambrosia artemisiifolia, 该研究2016年在意大利……

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CGM 第126期: 部分同源交换导致的基因组嵌合现象在新生异源多倍体群体中产生了广泛的表型多样性

2020-12-02

异源多倍体是植物物种形成的一个重要途径，但新形成的异源多倍体由于有效群体极小以及类似二倍体的严格同源染色体重组行为通常会导致严重的遗传瓶颈效应，降低其进化潜力。部分同源染色体发生减数分裂重组（称为部分同源交换, homoeologous exchange, 缩写为HE）可能是新形成异源多倍体突破遗传瓶颈的途径之一，但这一问题一直缺乏在群体水平上、全基因组层面的系统研究。特别是，在其它进化力量发挥作……

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CGM 第125期：重建动物和真菌的生命树

2020-11-25

重建早期动物的系统进化关系是进化生物学研究的热点和难点问题之一。这一难题对我们理解动物进化的早期事件（包括神经系统的起源）具有重要意义。一些研究支持海绵动物，另一些研究支持栉水母动物为最早的动物进化分支。这些分析在很多方面都有所不同，包括所基因和物种的选择，分子进化模型和软件的不同。在这里，我们通过综合15项以前的研究的数据和结果，并进行一套全面的新的标准化分析，系统地探索了动物生命树的最早进化分……

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CGM 第124期: GWAS summary statistics: a powerful resource for biomedical research

2020-11-19

全基因组关联研究（GWAS）已经成功地发现了许多与复杂性状和疾病相关的遗传变异，提供了十分丰富的关联统计资源。本次介绍利用关联数据的统计方法的发展，包括我们最近用于遗传性和遗传相关性估计的全新方法 —“HDL”。 […] Ning Z, Pawitan Y, Shen X (2020). High-definition likelihood……

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CGM 第123期:基于光学图谱的scaffolding算法研究

2020-11-18

基因组scaffolding是de novo基因组组装的重要步骤。针对BioNano光学图谱数据，我们开发了三种用于基因组scaffolding以及其预处理步骤chimeric contig纠正、组装结果reconciliation的算法工具OMGS、Chimericognizer和Novo&Stitch 。其中，Novo&Stitch是第一种基于光学图谱的组装结……

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