学术报告

CGM 第125期：重建动物和真菌的生命树

2020-11-25

重建早期动物的系统进化关系是进化生物学研究的热点和难点问题之一。这一难题对我们理解动物进化的早期事件（包括神经系统的起源）具有重要意义。一些研究支持海绵动物，另一些研究支持栉水母动物为最早的动物进化分支。这些分析在很多方面都有所不同，包括所基因和物种的选择，分子进化模型和软件的不同。在这里，我们通过综合15项以前的研究的数据和结果，并进行一套全面的新的标准化分析，系统地探索了动物生命树的最早进化分……

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CGM 第124期: GWAS summary statistics: a powerful resource for biomedical research

2020-11-19

全基因组关联研究（GWAS）已经成功地发现了许多与复杂性状和疾病相关的遗传变异，提供了十分丰富的关联统计资源。本次介绍利用关联数据的统计方法的发展，包括我们最近用于遗传性和遗传相关性估计的全新方法 —“HDL”。 […] Ning Z, Pawitan Y, Shen X (2020). High-definition likelihood……

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CGM 第123期:基于光学图谱的scaffolding算法研究

2020-11-18

基因组scaffolding是de novo基因组组装的重要步骤。针对BioNano光学图谱数据，我们开发了三种用于基因组scaffolding以及其预处理步骤chimeric contig纠正、组装结果reconciliation的算法工具OMGS、Chimericognizer和Novo&Stitch 。其中，Novo&Stitch是第一种基于光学图谱的组装结……

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CGM 第122期：番茄中结构变异对基因表达和作物驯化及改良的重要影响

2020-11-11

结构变异（Structural variations）指基因组中比较大范围的变异。之前很多研究表明结构变异是作物驯化和改良相关性状的重要基础。但是，传统的短序列测序方法是鉴定结构变异的瓶颈之一。所以鉴定SV在作物中的多样性和其对基因表达和植物性状的定量影响一直具有很大的挑战性。为了全面地研究SV在番茄群体中的分布和功能，我们使用纳米孔长序列测序技术鉴定得到了100个番茄品系中的238,490……

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CGM 第121期:杂合二倍体马铃薯基因组组装与分析

2020-11-04

马铃薯是世界上最重要的块茎类作物。栽培马铃薯主要靠薯块进行无性繁殖，其基因组高度杂合，破译基因组难度较大。本研究的测序的二倍体马铃薯RH，基因组杂合度达到2%。本研究中采用多种测序技术结合的方法进行了二倍体基因组草图的组装，尤其是利用了最新的HiFi read技术获得了高准确率、高连续性的组装片段，并开发了利用测序read数量分布进行基因型鉴定和遗传连锁群构建的方法，成功将同源片段区分成两套单体……

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CGM 第120期:Data integration and visualization of phylogenetic trees

2020-10-31

树结构不易操作，且有大量的相关数据需要整合，以便于在系统发育的背景下对数据进行解析，针对这一问题，我们开发了一系列的R包，解决于系统发育树相关文件的读写、数据整合、操作以及可视化等各个方面。 […] G Yu. Using ggtree to visualize data on tree-like structures. Current Protocols in……

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CGM 第119期：玉米DNA甲基化的驯化及其对功能基因组的影响

2020-10-28

DNA甲基化作为一种重要的表观修饰，影响DNA的染色质状态以及基因的表达，对植物的生长发育和逆境胁迫均有重要作用。目前对DNA甲基化表观遗传学机制的研究已较为深入，然而DNA甲基化在玉米驯化过程的变化及其对功能基因组的影响鲜有报道。本研究中，作者对玉米的祖先种大刍草、农家种以及现代玉米的DNA进行了全基因组重测序和甲基化测序。分析结果表明：（1）DNA甲基化在玉米驯化过程中受到较弱的选择；（2）……

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CGM 第118期:榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

2020-10-21

榕树以其壮观的气生根而闻名于世。榕属植物是桑科最大的一个属，约含有830个种。榕树具有雌雄同株和雌雄异株不同的性别形态，其中白肉榕亚属和榕亚属均为雌雄同株，无性别之分。无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕四个亚属大多数榕树属于（功能性）雌雄异株榕树，其雌树榕果内雄花败育，只有长花柱雌花，最终生成种子；而雄树榕果内具有雄花和短花柱雌花，雌花可供榕小蜂寄生，最终产生花粉和花粉运输载体——榕小蜂。……

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CGM 第118期：榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

2020-10-21

榕树以其壮观的气生根而闻名于世。榕属植物是桑科最大的一个属，约含有830个种。榕树具有雌雄同株和雌雄异株不同的性别形态，其中白肉榕亚属和榕亚属均为雌雄同株，无性别之分。无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕四个亚属大多数榕树属于（功能性）雌雄异株榕树，其雌树榕果内雄花败育，只有长花柱雌花，最终生成种子；而雄树榕果内具有雄花和短花柱雌花，雌花可供榕小蜂寄生，最终产生花粉和花粉运输载体——榕小蜂。……

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CGM 第117期：拟南芥体细胞胚发生的染色质开放程度动态性和转录等级调控网络

2020-10-14

体细胞胚发生是指植物体细胞在特定诱导条件下，再生为胚胎并进而发育成为独立个体的过程。它是现今创制转基因作物的主要方式。体细胞胚发生的分子机理是Science杂志评选的全世界最前沿125个科学问题之一，对于理解植物细胞的全能性和胚胎形态建成具有重要理论意义。先前的研究表明，高浓度生长素、非生物胁迫或过表达细胞全能性转录因子（如LEC1、LEC2和BBM等）均可促使植物体细胞发生命运转变形成体细胞胚，……

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