学术报告

CGM 第82期：近中性变异与生活史的进化

2020-02-22

[…] 衰老是有性生物普遍存在的现象。从进化生物学的角度，有两种模型来解释这种现象。突变积累模型（Mutation accumulation）强调自然选择压力对于导致生物衰老的等位基因较弱，导致此类基因以中性方式积累。拮抗多能性模型（Antagonistic pleiotropy）强调正选择使利于早期快速发育的等位基因频率增加的同时，这些基因也会同时由于具有多能性，使得生物衰老。我们……

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CGM 第81期：角苔基因组与早期陆地植物进化

2020-02-12

[…] 苔藓类包括苔、藓和角苔三大分支，是现存最早的陆生植物，在植物演化过程中代表从水生到陆生的过渡类型。多年来对于早期陆地植物的起源与植物登陆一直存在诸多争论和未解之谜。近年来，人们利用组学数据将早期陆地植物的系统位置争论聚焦到了角苔类上。角苔类以其难解的系统位置、衍生与原始兼具的形态性状、以及其与细菌、真菌广泛共生的特异现象而备受关注。本研究利用三代测序的Nanopore数据和……

学术报告

CGM 第79期：Benchmarking transposable element annotation methods for creation of a streamlined, comprehensive pipeline

2020-01-22

[…] 转座子又称自私基因、基因组暗物质，是真核生物基因组中高度重复的一类遗传物质。按照转座子的复制形式，它一般分为两大类：由DNA作为载体的DNA转座子和由RNA作为中间载体的RNA转座子（或称逆转录内源病毒）。根据转座子的重复特性、序列内容和结构特征，科学家开发了各种各样、五花八门的软件和程序去检测、注释转座子，但却没有人系统比较过这些软件准不准确、好不好用。更加缺乏的是一个高质……

学术报告

CGM 第78期：睡莲基因组和早期开花植物进化

2020-01-15

[…] 测序技术发展迅速，特别是近几年三代测序技术发展突飞猛进。相比传统二代技术大片段文库构建需要昂贵的费用，三代测序技术克服大片段文库构建问题，直接对DNA大片段进行测序且费用不高，使从头组装基因组价格大幅下降，如植物中最早使用三代测序技术完成的复活草（Oropetium thomaeum）基因组。我们课题组在此背景下选择了一个只有400M左右的睡莲基因组，使用三代测序技术从头组……

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CGM 第76期：植物细胞器基因组的“那些事”

2019-12-18

[…] 细胞器基因组的特点是小而简单，但却是生物体维持自身正常功能不可或缺的重要组成，相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是“沧海一粟”了。本次讲座，报告人将结合其自身关于细胞器基因组研究的方方面面，逐步解析有关细胞器基因组变异的“那些事”：包括从细胞器基因组的组成，大小变化，群体之间的动态变化，细胞器的基因或者片段在各个细胞器之间的转移，RNA编辑，突变等等。……

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CGM 第74期：全基因组变异图谱揭示甜瓜驯化历史及农艺性状形成基因位点

2019-12-04

[…] 甜瓜是一种被广泛栽培的世界性园艺作物，有着悠久的栽培历史。由于非洲存在着大量的甜瓜近缘种，且有着与甜瓜一样的染色体数目，因此研究人员认为甜瓜起源并驯化于非洲。然而，通过基因组数据分析发现，与甜瓜亲缘关系最近的近缘种不是存在于非洲，而是在印度和澳大利亚。因此，关于甜瓜的驯化历史一直存在争议。甜瓜按照子房绒毛的多少和长短分为厚皮甜瓜（C. melo subsp melo）和薄皮……

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