学术报告

CGM 第107期希望组在三代测序分析领域的探索

2020-08-12

希望组集团（未来组子公司）扎根于三代测序行业的想法肇始于2012年Genome Research的一篇文章，从此希望组聚焦在三代测序与应用的领域内不断成长。公司在三代平台建设，超长测序，三代组装软件研发，三代测序动植物及医学科研领域内取得一系列成果，2020年Nature Index排行榜，希望组科技服务高居全国测序行业第二名，相关成果先后发表在Nature Genetics, Molecular……

学术报告

CGM 第105期：玉米单倍体诱导关键基因ZmDMP的克隆及功能验证

2020-07-29

基于Stock6衍生诱导系的单倍体育种技术已在玉米育种中得到了大规模应用，然而单倍体诱导的遗传基础还尚未完全阐明。前期研究结果表明，玉米单倍体诱导性状主要由qhir1和qhir8两个位点控制。目前，qhir1位点内的单倍体诱导基因ZmPLA1/MTL/NLD虽已被克隆，并对水稻、小麦中同源基因的敲除也成功获得了单倍体。但ZmPLA1/MTL/NLD基因并不能完全解释玉米现代诱导系高频诱导率的现象，……

学术报告

CGM 第104期：基于单分子测序数据的基因组组装软件开发及应用

2020-07-22

随着测序技术的不断更新以及各种辅助基因组技术的出现，很多复杂基因组的组装变得可行。然而，由于真核生物基因组的复杂性、测序数据的多样性以及组装软件的局限性，导致染色体水平且无大量缺失的高质量基因组的构建仍然非常困难，尤其是高杂合、高重复、高AT、多倍体甚至是同源多倍体的大型复杂基因组的组装。所以我们结合Fosmid（可以用10X Genomics代替）、BioNano和HiC测序技术开发了多种组装流……

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CGM 第103期：大豆泛基因组研究

2020-07-15

基因组是开展遗传研究的重要工具，单基因组参考的局限性催生了泛基因组的发展。大豆是世界重要的经济作物，有着丰富的表型和遗传变异，是进行泛基因组研究的理想材料。本文进行了 2,898 份大豆材料的重测序，从中选择了 26 个代表性的大豆种质材料进行了三代测序和从头组装。结合以前发表的中黄13、 W82 和 W05 基因组，深度挖掘了短读长序列比对方法未能有效检测的大尺度变异数据，并且使用图形结构方……

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CGM 第102期：通过表观基因组学发掘植物顺式调控序列

2020-07-08

非编码区是植物基因组中的重要组成部分，在小麦、玉米等作物中甚至超过95%。非编码区中存在与基因表达密切相关的顺式调控序列(Cis-Regulatory Elements，CREs)，包括启动子、增强子、抑制子等。转录因子等DNA结合蛋白与CREs的互作决定了基因的时空特异表达。CREs中的多态性位点可以解释众多的表型变异与数量性状，与抗病、分枝、开花时间、抗逆等重要表型密切相关。CREs通常表现出……

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CGM 第101期：光学图谱在基因组学中的应用

2020-07-01

光学图谱作为DNA测序技术的一个重要补充，在基因组学中发挥重要的作用。在近30年的发展过程中，光学图谱已被应用到微生物以及高等动、植物的基因组研究中。大体上，光学图谱多应用于基因组组装，大范围结构变异挖掘以及菌株区分。随着技术的进一步发展，以及算法的不断提升，光学图谱的应用仍具有重要前景。在此次报告中，我将与大家分享如何利用光学图谱来提升基因组学相关研究吧。

学术报告

CGM 第99期：微生物组数据分析与可视化

2020-06-17

近年来高通量测序技术的发展，开发一系列适合微生物组研究的技术，快速推动了微生物组领域的发展并积累了海量数据。而微生物组数据分析过程复杂、软件和方法的种类多样让初涉本领域的同行非常茫然。本次演讲系统概述了微生物组常用测序技术-扩增子、宏基因组等方法的优缺点，方便同行根据科学问题快速选择合适的研究手段。同时在众种的分析软件中，挑选主流软件整合的分析流程推荐给同行，方便快速实现较优的扩增子和宏基因组分……

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CGM 第98期：Fhb7的水平转移塑造小麦赤霉病抗性

2020-06-10

小麦赤霉病是由禾谷镰刀菌引起的全球性重大真菌病害，不但可以造成减产，而且病原菌分泌的呕吐毒素严重威胁人类食品健康。遗憾的是小麦种质资源中有效抗源极其稀少。本文首先组装了小麦重要近缘种二倍体长穗偃麦草基因组，并利用该参考基因组图位克隆了主效抗赤霉病基因Fhb7。发现其编码谷胱甘肽转移酶，可以在DON及其他单端孢霉烯族毒素C13上催化加合一个谷胱甘肽，起到广谱解毒作用，也因此可以针对镰刀菌属病原菌起……

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CGM 第95期：杨柳科植物物种多样化的基因组基础：性染色体演化

2020-05-20

性别是生活中和生物进化历史上最引人瞩目的现象，是在性染色体上的基因控制下而产生的一系列雌雄分化的两性特征，其在雌雄异株（Dioecy）植物的生态适应性方面具有重要作用。一般认为，基因组上的性别决定区域（Sex determination region；包括性别决定基因及其连锁的其他基因）在雌雄两性的个体发育、性状分化和成功繁殖等方面至关重要，早期的科学家都认为其在进化中应相对较为保守。我们的研究……

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CGM 第94期：大数据在生物科学中的应用前景——来自人类基因组学研究的启示

2020-05-13

高通量测序技术正在深刻改变生物学研究的模式，多组学相结合的序列分析方法，正在以史无前例的速度揭示基因组、功能基因组以及表观基因组水平上的模式和细节。海量的数据为生物学研究带来了巨大的挑战，传统的分析方法和工具不再适用。因此，开发更高效的统计算法和计算工具迫在眉睫。在本期的讲座中，我将介绍大数据分析的难点，包括数据存储、并行计算、数据混杂以及结果的可视化。最后，我将展望大数据在生物学领域的前景，着重……

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