学术报告

CGM 第48期：水稻驯化之谜

2019-03-06

动植物的驯化奠定了农业文明的基础，也吸引了各学科学者的研究兴趣。水稻，作为最重要的粮食作物之一，也是植物遗传学领域重要的模式物种，为回答驯化的问题提供了良好的模型。目前，关于水稻起源和驯化的研究，遗传学数据得到了看似矛盾的证据，分别指向了水稻的单次或者多次起源。我们通过重新分析栽培稻和野生稻的基因组数据，发现这些矛盾证据的产生，部分原因是由于存在着大量的由栽培稻到野生稻的基因流：我们发现这种基因流……

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CGM 第47期：Environment-dependent pleiotropic effects of mutations on the maximum growth rate r and carrying capacity K of population growth

2019-02-20

r/K 选择理论是上世纪生态学和演化学上关于不同物种平衡后代数量和质量上的生存策略理论。其中，r代表最大生长速率，K代表环境对种群数量的承载能力。普遍的观点认为，r-K之间应该呈现负相关关系。然而，几十年的研究发现r-K在自然群体之间既可以正相关也可以负相关，而这一现象缺乏生物学解释。由于自然选择可以使遗传层面上负相关或者没有相关性的两个性状在个体层面表现为正相关，只有搞清楚其遗传学上的相关性才能……

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CGM 第46期：稻田杂草之首稗草与水稻相争的秘密武器

2019-02-06

稗草被认为是全球最严重的杂草之一，也是稻田杂草之首，严重影响水稻产量。化感是水稻和杂草互作的主要方式之一。长期以来，我们大多从单方向了解水稻如何与稗草进行竞争，但反过来对于稗草如何抑制水稻生长，形成竞争优势的基因组机制却知之甚少。我们对六倍体稗草（Echinochloa crus-galli）基因组进行测序获得其草图，研究发现稗草基因组中存在可以合成化感物质丁布（DIMBOA）的三个基因簇拷贝。在……

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CGM 第42期：Using Machine Learning to Dissect Recombination Landscape

2018-11-14

第一次减数分裂前，同源染色体会经历配对，联会和遗传物质重组交换等一系列过程。同源染色体遗传物质重组交换促进了遗传多样性的发生，进而为遗传育种及选种选育提供更多的原材料。减数分裂的重组过程是被严格调控的，它起始于DNA双链的断裂（double strand break），在RAD51及其它蛋白的作用下，DSB通过同源重组修复，一部分形成基因转换（gene conversion）个体，还有一部分形成重……

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CGM 第41期：Understanding Domestication Through Maize Mutants

2018-11-07

与高度分枝的野生祖先种相比，抑制侧生分枝被证明是高产的理想株型，因而在多种驯化作物中均受到选择。前人的研究表明从大刍草到玉米的驯化过程中可能仅有几个基因是必需的，其中之一是还原转座子驱动的teosinte branched1（tb1）转录因子过表达来实现对侧生分枝的抑制。在这里我将介绍tb1的下游靶基因tassels replace upper ears1（tru1），并展示tru1也在驯化过程中……

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CGM 第40期：Towards Eukaryotic Pan-genomics

2018-10-17

一个物种所包含的所有基因的集合被称为泛基因组（pan-genome）。泛基因组研究主要关注两个方面：核心基因组（core genome）以及非必需基因组（dispensable/distributed genome）。核心基因组指的是该物种所有个体都包含的基因，表征该物种生长发育等不可或缺的功能。非必需基因组指的是仅在部分个体中存在的基因，它们与个体对外界环境的适应息息相关。自从2005年泛基因组……

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