学术报告

CGM 第194期:绞股蓝染色体水平基因组组装及绞股蓝皂苷生物合成调控网络简析

2021-11-03

绞股蓝是葫芦科植物中具有较高经济价值的药用植物，其主要药效成分为绞股蓝皂苷，与人参、三七中的主要活性成分结构相似，均为达玛烷型四环三萜皂苷，因此也有“南方人参”的美誉。绞股蓝基因组图谱的缺乏制约了其功能基因组学和分子育种的发展。近期本课题组组装了高质量的绞股蓝基因组，组装得到的绞股蓝基因组大小为582Mb，contig N50为1.71Mb, scaffold N50为50.78Mb。该基因组包……

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CGM 第190期: Epigenetic Reprogramming in Plant Germlines

2021-10-29

Germ cells are “immortal” as they can be indefinitely transmitted through generations. Establishment of germ cell immortality and identity requires extensive reprogramming of the chromatin state.……

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CGM 第192期食无味、涩有理: 高梁驯化中的人谷鸟

2021-10-27

民以食为天。酸甜苦辣咸，唯苦涩难以下咽。去涩是主粮驯化的关键步骤之一。单宁是植物合成的高效苦涩诱导物。驯化后，栽培水稻，玉米，小麦的种子全部成功脱“单”，只有谜一样的高梁有一半的栽培品种仍有单宁。是非洲老祖先的万年不作为，还是神秘的非洲大陆另有隐情？从美国小镇实验田的偶发事件起，我们放眼整个非洲大陆，在农业生态系统的层次探索了高粱驯化之谜。两个关键单宁调控基因，世上最多的小鸟，再到人的味觉受体，……

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CGM 第191期:盐碱化草原建群种芨芨草基因组揭示其耐盐机制

2021-10-20

土地盐碱化是主要的环境压力之一，会极大的限制植物的生长。全球约20%的植物遭受盐碱化的胁迫。高浓度的盐会引发植物体内的离子失衡和高渗胁迫，引起氧化损伤等次生胁迫，最终导致植物生长不良或死亡。根据植物对土壤盐分的反应，可以分为甜生植物和盐生植物，后者对土壤中较高浓度的盐分具有一定的耐受性，可以在盐碱环境中生存。了解盐生植物的基因组组成，解析其耐盐机制，有利于这些特殊野生资源的管理和利用。我们选取盐碱……

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CGM 第187期: 癌症早诊／早筛前沿进展和创新技术方案

2021-10-15

癌症早筛／早诊是近年来基因组学临床应用的热点。近年来，由于液体活检等技术的快速进步，研究者们开始积极探索基于新型分子检测技术的癌症早筛／早诊方法并取得了一些积极的研究成果。本次演讲将分享癌症早诊／早筛分子检测技术的前沿进展和创新技术方案。汪宇盈博士自2017年起就职于华大基因，负责癌症早筛产品管线研发，现任华大数极首席技术官（CTO）。长期从事细胞生物学和肿瘤基因组学研究，以第一作者或通讯作者身……

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CGM 第189期叶儿黄，冬将至——能量代谢系统调节植物冬季响应机制

2021-10-13

植物终生处在每天24小时白天黑暗的交替，也处在四季不同光长的更迭之中。植物是如何细数这些时间和季节的变化的呢？如何按时调控不同基因的表达来分配自身能量水平，从而来应对这些外界环境的变化的呢？通过生物信息分析，我们发现了一群冬季高表达的基因，该基因群的多数基因会在冬季夜间大量表达。进一步的研究发现这群基因整合了光周期信号和植物能量水平，在生物钟的协调下有条不紊的按时按需表达，从容应对季节变化。……

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CGM 第186期专题讨论会——北美学术界求职分享

2021-09-29

当在学术的道路上披荆斩棘，在经历过 PhD 和 Postdoc 的漫长修炼后，你是否想出山，去学术的江湖里闯一闯，以挣一方立足之地？比如，找一个 tenure-track 的 faculty 位置，建立自己的研究团队，又或者找一个长期的 research scientist 位置，和不同的团队合作研究？然而，现实生活并不是想象中博士–博后–拿到教职–走上人生巅……

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CGM 第184期:一个摩擦禾来源的大片段存在缺失变异在玉米驯化及适应过程中的动态演化

2021-09-22

个人简历：https://sdws1983.github.io/cv/ […] 遗传变异的规模可从单碱基对到大的染色体事件，其中PAV作为遗传变异的一种特殊形式，特指一段序列在某些个体中存在但在某些个体中缺失。与小尺寸片段PAV相比，大片段PAV会带来基因组的不稳定性，可能导致它们无法被传递到后代。现阶段的研究已经证明，在几种多倍体作物中，基因组的多倍化和随后的分离过程均促进了大片……

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CGM 第183期: 开花与花开——模式植物和大田作物中有应用前景的基础研究

2021-09-15

“一庭春雨瓢儿菜，满架秋风扁豆花”是郑板桥的诗句，朱杨研究员带领的植物遗传和作物改良研究室，即 Plant epi-genomics and Crop improvement (PegaXi, 沛阁希) Lab，主要利用多维组学、分子生物学和基因编辑等方法研究植物和作物的开花时间、花序发育和地上部分株型建成的分子机制，以此来精准设计作物关键性状，实现提升作物适应性、产量和品质的初衷。报告人将从自己……

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CGM 第182期: 鹦鹉染色体重洗牌与性染色体演化

2021-09-10

在超过1亿年的演化历史中，鸟类的核型保持相对稳定，只在个别类群中出现例外，比如隼类与鹦鹉。但目前关于鹦鹉染色体重排的演化过程及遗传机制我们知之甚少。为此，我们比较了四种鹦鹉（和尚鹦鹉，蓝顶亚马逊鹦鹉，虎皮鹦鹉和鸮鹦鹉）染色体级别组装的基因组，并鉴定了大量染色体融合及分裂事件。这些染色体重排绝大部分是物种特异的，并且有至少12条染色体在不同鹦鹉类群独立地发生了融合。我们鉴定了两个在鹦鹉祖先特异丢失……

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