• 题目:Towards Eukaryotic Pan-genomics
  • 时间:2018 年 10 月 17 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
  • 地点:YouTube live stream
  • 主讲人:胡智强 UC Berkeley

一个物种所包含的所有基因的集合被称为泛基因组(pan-genome)。泛基因组研究主要关注两个方面:核心基因组(core genome)以及非必需基因组(dispensable/distributed genome)。核心基因组指的是该物种所有个体都包含的基因,表征该物种生长发育等不可或缺的功能。非必需基因组指的是仅在部分个体中存在的基因,它们与个体对外界环境的适应息息相关。自从2005年泛基因组的概念被提出以来,泛基因组分析便被广泛应用于微生物基因组研究中。直到近年来,泛基因组分析才被零星地应用于真核生物(主要是农作物)的基因组研究中。我将以3000水稻基因组测序项目为例,介绍真核生物泛基因组分析的特点、可行性方法以及其意义与应用。

Reference for this talk:

Wang W, Mauleon R, Hu Z, et al. Nature 2018

Hu Z, Wang W, et al. Scientific Data 2018

Hu Z, Sun C, et al. Bioinformatics 2017

Sun C, Hu Z, et al. Nucleic Acids Research 2016

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