学术报告

03-31-2022 Likelihood based Mendelian randomization analysis with automated instrument selection and horizontal pleiotropic modeling

2022-03-31

Mendelian randomization (MR) is a common tool for identifying causal risk factors underlying diseases. Here, we present a method, MRAID, for effective MR analysis. MRAID borrows ideas from fine……

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217 基于单细胞甲基化的小鼠脑细胞图谱

2022-02-23

Mammalian brain cells show remarkable diversity in gene expression, anatomy and function, yet the regulatory DNA landscape underlying this extensive heterogeneity is poorly understood. Here we carry……

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CGM 第213期: 基因组研究揭示亚洲热带原住民身世之谜

2022-02-02

如果说现代人类的演化是一部辉煌的史书，那么东南亚必定是其中不可或缺的重要篇章。东南亚地处连结亚洲和大洋洲、印度洋和太平洋的交通要道，且人口稠密，聚集了世界上现存的大多数原住民族群。近年来，以东南亚为中心广泛分布的亚洲热带原住民族群逐渐引起了人类学、遗传学、考古学等领域学者的重视，成为研究现代人类跨时空迁徙、融合并不断适应新环境的复杂过程的重要突破口。 […] Lian Deng#,……

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CGM-212期-单细胞测序技术的发展和细胞图谱

2022-01-27

细胞是生物结构和功能的基本单位。显微技术和流式技术等常用细胞研究技术都是根据细胞的一个或少数几个特征进行细胞鉴定和细胞分类，无法系统的研究组织内细胞的状态和分化路径。单细胞转录组测序、单细胞基因组测序、单细胞表观组测序，单细胞多组学等技术的出现和发展提供了全面刻画细胞状态的强大工具。我们开发了scDNase-seq分析染色质可及性的细胞异质性, 建立scPolyA分析 polyA 使用的细胞异质……

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CGM 第209期: 人类常见性状和疾病的遗传特征和基因定位研究

2022-01-20

人类的形态和行为特征以及疾病风险往往都受到许多遗传和环境因素的影响，从而表现出复杂的遗传特征，因而也被称为复杂性状。破解复杂性状的遗传机制对于人类健康至关重要。在本次演讲中，我将展示如何利用人群大队列数据来揭示人类复杂性状和疾病的遗传特征，并从进化生物学的角度解释这种遗传机制形成的原因。我还将展示如何通过整合人群大队列遗传学和多组学数据，定位影响复杂性状和疾病的基因，并推断可能遗传调控机制。……

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CGM-209-家养动物基因型-组织表达数据库(FarmGTEx)项目介绍

2022-01-20

在过去的十几年里，全基因组关联分析（GWAS）为我们揭示了大量影响复杂性状和疾病的遗传变异位点。然而，这些位点大多数落在了基因组的调控区域，影响了下游分子机制的解析。因此，需要我们从系统遗传学（system/integrative genetics）的角度去研究遗传变异是如何通过调控一系列中间分子表型（基因表达，可变剪切，蛋白，代谢物和微生物），从而影响最终表型（复杂性状或疾病）。Farm……

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CGM 第208期: 新書分享《植物学家的野外考察手记》-东南亚之旅

2022-01-05

《植物学家的野外考察手记》的作者，多年来在五大洲的20多个国家野外考察，探索人类未知的植物新种、植物多样性和演化。作者用日记真实记述了一个个植物新种的发现过程——走过泥泞的小路、穿过2米多高的草丛、蹚过湍急的河流、在几十米的峭壁上靠一根绳索攀爬、……摔伤、碰到毒蛇、被蚂蟥叮咬而血流不止、受蜱虫威胁、遭遇毒贩都是家常便饭。他也用日记真实地记述了大山中山民的真实生活，为他们的美食感叹，也思考自己可以为……

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CGM 第206期: 基于全球生物数据库的多基因风险评分在不同群体中的经验分析

2021-12-22

多基因风险评分（PRS）目前广泛地应用于预测复杂性状的遗传组分以及复杂疾病的遗传风险等方面。本文基于对来自不同人类种群的全球数据库的meta分析，用不同的方法构建PRS，探索PRS在不同群体中的预测效能以及实践方法。 […] Wang, Y., Namba, S., Lopera-Maya, E.A., Kerminen, S., Tsuo, K., Lall, K.,……

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CGM 第204期: 染色质三维结构对神经发育基因表达的时空调控

2021-12-15

个人网站: https://dahongchen.weebly.com/ […] 神经细胞在发育过程中会进行强烈的退行和再生长，最终使幼体神经细胞获得全新的成体特征，成为完全成熟的神经系统。不难想象，此一重塑过程依赖对基因表达进行精确且动态的调控，而异常的神经重塑则会导致神经疾病，如自闭症、精神分裂症、致盲等疾病的发生，不同程度地影响了1/6儿童人口的身心健康（CDC, 2019）。……

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CGM 第199期: 长读长测序组装单倍型基因组方法的开发

2021-12-09

生物的遗传与变异使得同一物种的基因组通常有着丰富的多样性。例如，二倍体高等生物含有两个基因组拷贝，其中一个单倍型来自父本，另一个来自母本；病毒在宿主体内发生变异，可能产生新的亚种(毒株)。构建单倍型(haplotype)或者株(strain)水平的基因组序列称为单倍型水平基因组组装，其在基因组学、精准医学、病毒防控等许多领域有着重要的作用。二代测序由于其较短的读长，因而在单倍型水平基因组组装方面……

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