学术报告

CGM 第103期：大豆泛基因组研究

2020-07-15
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基因组是开展遗传研究的重要工具，单基因组参考的局限性催生了泛基因组的发展。大豆是世界重要的经济作物，有着丰富的表型和遗传变异，是进行泛基因组研究的理想材料。本文进行了 2,898 份大豆材料的重测序，从中选择了 26 个代表性的大豆种质材料进行了三代测序和从头组装。结合以前发表的中黄13、 W82 和 W05 基因组，深度挖掘了短读长序列比对方法未能有效检测的大尺度变异数据，并且使用图形结构方……
学术报告

CGM 第102期：通过表观基因组学发掘植物顺式调控序列

2020-07-08
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非编码区是植物基因组中的重要组成部分，在小麦、玉米等作物中甚至超过95%。非编码区中存在与基因表达密切相关的顺式调控序列(Cis-Regulatory Elements，CREs)，包括启动子、增强子、抑制子等。转录因子等DNA结合蛋白与CREs的互作决定了基因的时空特异表达。CREs中的多态性位点可以解释众多的表型变异与数量性状，与抗病、分枝、开花时间、抗逆等重要表型密切相关。CREs通常表现出……
学术报告

CGM 第101期：光学图谱在基因组学中的应用

2020-07-01
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光学图谱作为DNA测序技术的一个重要补充，在基因组学中发挥重要的作用。在近30年的发展过程中，光学图谱已被应用到微生物以及高等动、植物的基因组研究中。大体上，光学图谱多应用于基因组组装，大范围结构变异挖掘以及菌株区分。随着技术的进一步发展，以及算法的不断提升，光学图谱的应用仍具有重要前景。在此次报告中，我将与大家分享如何利用光学图谱来提升基因组学相关研究吧。
专题讨论

CGM 第100期：特别企划 --- 昨天，今天和明天

2020-06-27
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经过三年多的发展，CGM即将于本周末迎来【第100期】！ […] 自2017年初成立至今，CGM日益茁壮成长。来自中国、美国、欧洲、澳洲等国家的嘉宾和志愿者们，在微信、Zoom、YouTube和Bilibili等平台，通过学术报告、专题讨论、人物专访等多种形式，为全球华人学者带来了一场场精彩纷呈的学术活动。同时也为青年科学工作者们提供了一个分享与交流的平台。 […] 本……
学术报告

CGM 第99期：微生物组数据分析与可视化

2020-06-17
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近年来高通量测序技术的发展，开发一系列适合微生物组研究的技术，快速推动了微生物组领域的发展并积累了海量数据。而微生物组数据分析过程复杂、软件和方法的种类多样让初涉本领域的同行非常茫然。 本次演讲系统概述了微生物组常用测序技术-扩增子、宏基因组等方法的优缺点，方便同行根据科学问题快速选择合适的研究手段。同时在众种的分析软件中，挑选主流软件整合的分析流程推荐给同行，方便快速实现较优的扩增子和宏基因组分……
学术报告

CGM 第98期：Fhb7的水平转移塑造小麦赤霉病抗性

2020-06-10
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小麦赤霉病是由禾谷镰刀菌引起的全球性重大真菌病害，不但可以造成减产，而且病原菌分泌的呕吐毒素严重威胁人类食品健康。遗憾的是小麦种质资源中有效抗源极其稀少。 本文首先组装了小麦重要近缘种二倍体长穗偃麦草基因组，并利用该参考基因组图位克隆了主效抗赤霉病基因Fhb7。发现其编码谷胱甘肽转移酶，可以在DON及其他单端孢霉烯族毒素C13上催化加合一个谷胱甘肽，起到广谱解毒作用，也因此可以针对镰刀菌属病原菌起……
专题讨论

CGM 第97期：黄三文：中国农科院深圳基因组所建设和人才发展报告

2020-06-03
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黄三文：中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所研究员，博士生导师，所长。在中国农业大学获得学士及硕士学位，荷兰瓦赫宁根大学植物育种系获博士学位。1996年入职中国农业科学院蔬菜花卉研究所，2005年任研究员，博士生导师，生物技术室主任，2014年进入中国农业科学院（深圳）农业基因组研究所工作。 黄三文研究员致力于利用组学大数据开拓植物生物学前沿并推动蔬菜作物育种变革。主持绘制了多种蔬菜基因组序列……
人物专访

CGM 第96期：傅延, 一位跨界科学家的海归创业历程

2020-05-27
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傅延，安徽微分基因科技有限公司联合创始人/首席技术官、安徽师范大学客座教授、原华大基因华大小米首席技术官兼国际部总裁，原美国拜尔/孟山都R&D分子育种部基因组分析科学家，原美国爱荷华州立大学研究助理教授。1995年本科毕业于武汉大学遗传学专业，1998年获华南农业大学作物遗传育种专业硕士，2005年获美国美国爱荷华州立遗传学博士（辅修生物信息学和计算生物学）。主要研究方向包括多物种基因组……
学术报告

CGM 第95期：杨柳科植物物种多样化的基因组基础：性染色体演化

2020-05-20
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性别是生活中和生物进化历史上最引人瞩目的现象，是在性染色体上的基因控制下而产生的一系列雌雄分化的两性特征，其在雌雄异株（Dioecy）植物的生态适应性方面具有重要作用。一般认为，基因组上的性别决定区域（Sex determination region；包括性别决定基因及其连锁的其他基因）在雌雄两性的个体发育、性状分化和成功繁殖等方面至关重要，早期的科学家都认为其在进化中应相对较为保守。 我们的研究……
学术报告

CGM 第94期：大数据在生物科学中的应用前景——来自人类基因组学研究的启示

2020-05-13
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高通量测序技术正在深刻改变生物学研究的模式，多组学相结合的序列分析方法，正在以史无前例的速度揭示基因组、功能基因组以及表观基因组水平上的模式和细节。海量的数据为生物学研究带来了巨大的挑战，传统的分析方法和工具不再适用。因此，开发更高效的统计算法和计算工具迫在眉睫。在本期的讲座中，我将介绍大数据分析的难点，包括数据存储、并行计算、数据混杂以及结果的可视化。最后，我将展望大数据在生物学领域的前景，着重……