学术报告

CGM 第122期：番茄中结构变异对基因表达和作物驯化及改良的重要影响

2020-11-11

结构变异（Structural variations）指基因组中比较大范围的变异。之前很多研究表明结构变异是作物驯化和改良相关性状的重要基础。但是，传统的短序列测序方法是鉴定结构变异的瓶颈之一。所以鉴定SV在作物中的多样性和其对基因表达和植物性状的定量影响一直具有很大的挑战性。为了全面地研究SV在番茄群体中的分布和功能，我们使用纳米孔长序列测序技术鉴定得到了100个番茄品系中的238,490……

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CGM 第121期:杂合二倍体马铃薯基因组组装与分析

2020-11-04

马铃薯是世界上最重要的块茎类作物。栽培马铃薯主要靠薯块进行无性繁殖，其基因组高度杂合，破译基因组难度较大。本研究的测序的二倍体马铃薯RH，基因组杂合度达到2%。本研究中采用多种测序技术结合的方法进行了二倍体基因组草图的组装，尤其是利用了最新的HiFi read技术获得了高准确率、高连续性的组装片段，并开发了利用测序read数量分布进行基因型鉴定和遗传连锁群构建的方法，成功将同源片段区分成两套单体……

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CGM 第120期:Data integration and visualization of phylogenetic trees

2020-10-31

树结构不易操作，且有大量的相关数据需要整合，以便于在系统发育的背景下对数据进行解析，针对这一问题，我们开发了一系列的R包，解决于系统发育树相关文件的读写、数据整合、操作以及可视化等各个方面。 […] G Yu. Using ggtree to visualize data on tree-like structures. Current Protocols in……

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CGM 第119期：玉米DNA甲基化的驯化及其对功能基因组的影响

2020-10-28

DNA甲基化作为一种重要的表观修饰，影响DNA的染色质状态以及基因的表达，对植物的生长发育和逆境胁迫均有重要作用。目前对DNA甲基化表观遗传学机制的研究已较为深入，然而DNA甲基化在玉米驯化过程的变化及其对功能基因组的影响鲜有报道。本研究中，作者对玉米的祖先种大刍草、农家种以及现代玉米的DNA进行了全基因组重测序和甲基化测序。分析结果表明：（1）DNA甲基化在玉米驯化过程中受到较弱的选择；（2）……

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CGM 第118期：榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

2020-10-21

榕树以其壮观的气生根而闻名于世。榕属植物是桑科最大的一个属，约含有830个种。榕树具有雌雄同株和雌雄异株不同的性别形态，其中白肉榕亚属和榕亚属均为雌雄同株，无性别之分。无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕四个亚属大多数榕树属于（功能性）雌雄异株榕树，其雌树榕果内雄花败育，只有长花柱雌花，最终生成种子；而雄树榕果内具有雄花和短花柱雌花，雌花可供榕小蜂寄生，最终产生花粉和花粉运输载体——榕小蜂。……

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CGM 第117期：拟南芥体细胞胚发生的染色质开放程度动态性和转录等级调控网络

2020-10-14

体细胞胚发生是指植物体细胞在特定诱导条件下，再生为胚胎并进而发育成为独立个体的过程。它是现今创制转基因作物的主要方式。体细胞胚发生的分子机理是Science杂志评选的全世界最前沿125个科学问题之一，对于理解植物细胞的全能性和胚胎形态建成具有重要理论意义。先前的研究表明，高浓度生长素、非生物胁迫或过表达细胞全能性转录因子（如LEC1、LEC2和BBM等）均可促使植物体细胞发生命运转变形成体细胞胚，……

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CGM 第116期:生信小工具 - TBtools推介

2020-10-07

TBtools ，旨在填补生物学研究和生物信息学软件开发之间被无意忽视的需求缺口：1. 实验人员自主完成分析小任务的可能；2. 功能调用的直观友好和操作的便利；3. 开箱即用和多功能的集成四、发表级图形的准备与可交互操作等。目前，该软件开放功能超过140个，包含序列操作，文本处理，生信数据可视化，甚至益智小游戏。自主开发的Java绘图引擎，使得TBtools可以高效且快速的增加或者优化数据可视化功……

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CGM 第115期: 离散型花青素斑点的分子调控机制

2020-09-30

自然界中许多生物拥有在视觉上冲击性极强的颜色模式，如花豹或斑马身上离散的斑点、条纹和植物花瓣上的花青素斑点。目前对植物花青素代谢通路的认识已较为清晰，但对离散型分布的花青素斑点形成的分子机制仍知之甚少。图灵的“反应和扩散”模型是用来解释此类现象的主要理论之一，即在最简单的情况下，只需要两个基因满足以下条件：一个可以自我激活的激活因子和一个被激活因子激活的抑制因子。抑制因子可以在细胞间移动，并且在移……

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CGM 第114期:蜡梅全基因组测序及其花香合成、开花分子机理解析

2020-09-23

蜡梅是木兰类植物樟目蜡梅科蜡梅属植物，为我国历史传统名花，有上千年的栽培历史，其花香浓郁，是稀有冬季开花的木本花卉。花期特殊、花香浓郁赋予其独特的观赏特性，广泛应用于盆景栽培、园林绿化、切花生产，具有极高的观赏应用价值。同时，蜡梅作为木兰类植物的代表，在被子植物进化历史过程中具有重要地位。我们的研究通过绘制蜡梅染色体级别精细基因组图谱，综合利用基因组、转录组以及代谢组学数据，解读了蜡梅基因组的基……

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CGM 第113期: 玉米干旱响应的遗传变异解析

2020-09-16

在世界范围内，干旱是导致玉米产量损失的主要因素。解析抗旱性的分子机制和克隆控制抗旱性的关键基因一直是植物抗逆分子生物学研究的热点。研究表明，生物体许多性状的改变，是由于基因表达的改变导致的。为了更好地揭示遗传变异对基因表达的调控作用，以及它们与抗旱性间的关系。我们选择了224份抗旱性存在广泛差异的玉米自交系，在正常浇水和两种干旱胁迫条件下，共获得了627个高质量转录组数据，进行了eQTL和孟德尔随……

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