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2024-01-01
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学术报告
综合多组学数据和分析揭示康乃馨关键观赏性状的调控通路
2022-03-23
本研究对康乃馨栽培品种‘斯嘉丽’( D. caryophyllus, cultivar‘Scarlet Queen’)进行了全基因组测序和组装。康乃馨(2n=30)的基因全长为636.30 Mb,重复序列占70.62%,共注释到43,925个基因,Contig N50 为14.67 Mb。研究发现康乃馨与藜科在~64.07 MYA发生了分化,并经历了一次近期的WGT事件,这次加倍事件促进了康乃馨特……
学术报告
用Pore-C技术检测拟南芥基因组多位点互作及关联甲基化修饰信息
2022-03-16
随着高通量测序技术的发展,大量基于二代测序的组学研究技术被陆续开发,人们得以从多个层面了解基因组的组成、结构与功能。染色质捕获技术(Chromosome conformation capture)通过对染色质进行酶切和邻近连接得到的嵌合体序列进行测序,获得染色质互作信息,从而解析基因组的三维结构。其中,Hi-C和ChIA-PET是应用最广的基因组水平染色质捕获技术。Hi-C和ChIA-PET技术在……
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温带禾草(早熟禾亚科)系统发育关系及其适应性演化
2022-03-09
被子植物对低温环境的适应在植物演化历程中多次出现。特别是自始新世中期至渐新世晚期(~46-27个百万年前)全球古气候持续大幅降温,促使热带植物类群的收缩和温带物种的扩张。尽管现存被子植物中温带植物分布在不同分支或科(如虎耳草科、十字花科、菊科),但是被子植物在温带地区成功适应并广泛分布甚至多样化并不普遍。为此,认识温带植物在演化过程中是如何适应温带环境并在该地区繁荣具有重要的意义。早熟禾亚科(常称……
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217 基于单细胞甲基化的小鼠脑细胞图谱
2022-02-23
Mammalian brain cells show remarkable diversity in gene expression, anatomy and function, yet the regulatory DNA landscape underlying this extensive heterogeneity is poorly understood. Here we carry……
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植物独特的转录机制:两种RNA聚合酶高效协作合成双链RNA的转录机制
2022-02-16
DNA甲基化通过影响基因的表达来维持基因组的稳定性。在植物中,DNA依赖的RNA聚合酶IV(Pol IV)与RNA依赖的RNA聚合酶2(RDR2)协作合成DNA甲基化建立和维持所必需的双链小干扰RNA。我们解析了植物RNA聚合酶Pol IV-RDR2全酶和Pol IV-RDR2转录回溯延伸复合物结构冷冻电镜结构。研究结果展示了真核生物第四个RNA聚合酶的三维结构和首例两种RNA聚合酶(Pol IV……
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CGM 第213期: 基因组研究揭示亚洲热带原住民身世之谜
2022-02-02
如果说现代人类的演化是一部辉煌的史书,那么东南亚必定是其中不可或缺的重要篇章。东南亚地处连结亚洲和大洋洲、印度洋和太平洋的交通要道,且人口稠密,聚集了世界上现存的大多数原住民族群。近年来,以东南亚为中心广泛分布的亚洲热带原住民族群逐渐引起了人类学、遗传学、考古学等领域学者的重视,成为研究现代人类跨时空迁徙、融合并不断适应新环境的复杂过程的重要突破口。 […] Lian Deng#,……
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CGM-212期-单细胞测序技术的发展和细胞图谱
2022-01-27
细胞是生物结构和功能的基本单位。显微技术和流式技术等常用细胞研究技术都是根据细胞的一个或少数几个特征进行细胞鉴定和细胞分类,无法系统的研究组织内细胞的状态和分化路径。单细胞转录组测序、单细胞基因组测序、单细胞表观组测序,单细胞多组学等技术的出现和发展提供了全面刻画细胞状态的强大工具。我们开发了scDNase-seq分析染色质可及性的细胞异质性, 建立scPolyA分析 polyA 使用的细胞异质……
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CGM 第209期: 人类常见性状和疾病的遗传特征和基因定位研究
2022-01-20
人类的形态和行为特征以及疾病风险往往都受到许多遗传和环境因素的影响,从而表现出复杂的遗传特征,因而也被称为复杂性状。 破解复杂性状的遗传机制对于人类健康至关重要。在本次演讲中,我将展示如何利用人群大队列数据来揭示人类复杂性状和疾病的遗传特征,并从进化生物学的角度解释这种遗传机制形成的原因。我还将展示如何通过整合人群大队列遗传学和多组学数据,定位影响复杂性状和疾病的基因,并推断可能遗传调控机制。……
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CGM-209-家养动物基因型-组织表达数据库(FarmGTEx)项目介绍
2022-01-20
在过去的十几年里,全基因组关联分析(GWAS)为我们揭示了大量影响复杂性状和疾病的遗传变异位点。然而,这些位点大多数落在了基因组的调控区域,影响了下游分子机制的解析。因此,需要我们从系统遗传学(system/integrative genetics)的角度去研究遗传变异是如何通过调控一系列中间分子表型(基因表达,可变剪切,蛋白,代谢物和微生物),从而影响最终表型 (复杂性状或疾病)。Farm……
学术报告
利用单碱基编辑技术开发多细胞谱系追踪的方法及其应用
2022-01-19
进化论表明地球现今物种起源于一个共同祖先,系统发育学形象地把物种演化过程描绘成一棵树——系统发育树。无独有偶,多细胞个体的发育通常起源于一个共同祖先细胞——受精卵,通过受精卵不断地分裂和分化,最终形成一个组织分明秩序井然的生物体,这个过程同样也可以形象地描绘成一棵树——细胞谱系发生树。 与经典的荧光标记方法不同,利用体细胞突变信息进行细胞谱系追踪的策略,在时间尺度上更加持久,可以持续多细胞个体发育……
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