学术报告

CGM 第79期：Benchmarking transposable element annotation methods for creation of a streamlined, comprehensive pipeline

2020-01-22

[…] 转座子又称自私基因、基因组暗物质，是真核生物基因组中高度重复的一类遗传物质。按照转座子的复制形式，它一般分为两大类：由DNA作为载体的DNA转座子和由RNA作为中间载体的RNA转座子（或称逆转录内源病毒）。根据转座子的重复特性、序列内容和结构特征，科学家开发了各种各样、五花八门的软件和程序去检测、注释转座子，但却没有人系统比较过这些软件准不准确、好不好用。更加缺乏的是一个高质……

学术报告

CGM 第78期：睡莲基因组和早期开花植物进化

2020-01-15

[…] 测序技术发展迅速，特别是近几年三代测序技术发展突飞猛进。相比传统二代技术大片段文库构建需要昂贵的费用，三代测序技术克服大片段文库构建问题，直接对DNA大片段进行测序且费用不高，使从头组装基因组价格大幅下降，如植物中最早使用三代测序技术完成的复活草（Oropetium thomaeum）基因组。我们课题组在此背景下选择了一个只有400M左右的睡莲基因组，使用三代测序技术从头组……

人物专访

CGM 第77期：我是如何爱上玉米的

2020-01-09

保障粮食的充足、安全和富有营养是育种学家的目标，基因组学的兴起极大促进了作物复杂数量性状遗传解析和遗传育种领域的发展。严建兵教授致力于玉米遗传育种领域的前沿研究，针对玉米品质性状的关键基因的挖掘，遗传机制的解析和育种应用进行了系统研究。2020年的第一场人物专访，我们很荣幸请到了的严建兵教授进行分享。严教授于华中农业大学完成本-硕-博的学业后，曾任中国农业大学讲师，副教授，并在国际玉米小麦改良中……

学术报告

CGM 第76期：植物细胞器基因组的“那些事”

2019-12-18

[…] 细胞器基因组的特点是小而简单，但却是生物体维持自身正常功能不可或缺的重要组成，相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是“沧海一粟”了。本次讲座，报告人将结合其自身关于细胞器基因组研究的方方面面，逐步解析有关细胞器基因组变异的“那些事”：包括从细胞器基因组的组成，大小变化，群体之间的动态变化，细胞器的基因或者片段在各个细胞器之间的转移，RNA编辑，突变等等。……

专题讨论

CGM 第75期：如何在北美学术界找工作 (How to Find a Job in Academic Field?)

2019-12-11

高秭玥，宾夕法尼亚大学（University of Pennsylvania）医学院助理教授，主要研究方向为利用计算生物学方法回答人类基因组中有关进化与选择等的相关问题，以及其对于疾病等表型的影响。何斌, 爱荷华大学（The University of Iowa）生物系助理教授，主要研究方向为胁迫反应相关的基因调控网络的进化，以及其如何帮助物种适应环境。戚益平, 马里兰大学（The……

学术报告

CGM 第74期：全基因组变异图谱揭示甜瓜驯化历史及农艺性状形成基因位点

2019-12-04

[…] 甜瓜是一种被广泛栽培的世界性园艺作物，有着悠久的栽培历史。由于非洲存在着大量的甜瓜近缘种，且有着与甜瓜一样的染色体数目，因此研究人员认为甜瓜起源并驯化于非洲。然而，通过基因组数据分析发现，与甜瓜亲缘关系最近的近缘种不是存在于非洲，而是在印度和澳大利亚。因此，关于甜瓜的驯化历史一直存在争议。甜瓜按照子房绒毛的多少和长短分为厚皮甜瓜（C. melo subsp melo）和薄皮……

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