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2024-01-01
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学术报告
胞嘧啶碱基编辑器脱靶检测技术的开发
2022-01-06
胞嘧啶碱基编辑器(CBE),是一种可以在不产生DNA双链断裂的情况下靶向地将基因组DNA中的C突变为T的新型基因编辑工具。CBE的出现为众多遗传病的治疗带来了潜在的可能,但是在全面推向临床应用前需要对其可能会产生的脱靶效应进行评估。在CBE催化C脱氨最终转变为T的过程中会产生中间产物脱氧尿嘧啶(dU),因此可以通过检测dU从而获得CBE的脱靶位置。本研究开发了以检测CBE产生dU为目标,同时增……
学术报告
以盾片蛇菰为例浅谈寄生植物的线粒体基因组进化
2022-01-05
为了适应寄生生活,寄生植物产生了营养器官退化、叶绿素丢失、个体缩小等形态上的改变。形态是基因组信息的外现,因此在这一过程中,植物细胞里的核、质体和线粒体基因组将首当其冲接受自然选择和漂变等力量的冲刷。多项研究表明,寄生植物的核与质体基因组都经历了大规模的基因丢失,而后者更有A+T含量升高、基因组缩小、基因替换速率急剧上升等其他趋同的表现。然而,由于线粒体是真核细胞产能之所在,其重要性限制着有害变化……
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CGM 第208期: 新書分享《植物学家的野外考察手记》-东南亚之旅
2022-01-05
《植物学家的野外考察手记》的作者,多年来在五大洲的20多个国家野外考察,探索人类未知的植物新种、植物多样性和演化。作者用日记真实记述了一个个植物新种的发现过程——走过泥泞的小路、穿过2米多高的草丛、蹚过湍急的河流、在几十米的峭壁上靠一根绳索攀爬、……摔伤、碰到毒蛇、被蚂蟥叮咬而血流不止、受蜱虫威胁、遭遇毒贩都是家常便饭。他也用日记真实地记述了大山中山民的真实生活,为他们的美食感叹,也思考自己可以为……
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CGM 第205期:利用336份重测序数据及GWAS解析海岛棉谱系演化以及对纤维品质、产量和抗性的选择
2021-12-22
海岛棉是世界上最优良的棉纤维,其热胀冷缩的性能突出,有“羊绒质感,丝绸光泽”的美誉。海岛棉纤维非常细长,因此又称为长绒棉,强度也特别高,是纺织纤维的上上品。以海岛棉织造的衣服色彩亮丽鲜明、吸湿和脱湿快、有极佳的触感及良好的透气性与吸汗力;海岛棉织物坚牢耐磨,洗涤时缩水不超过1%,能够洗涤和在高温下熨烫;抗皱、起球性能优于其他棉织物。 海岛棉原产南美热带和西印度群岛、中美洲和加勒比地区。最早广泛栽培……
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CGM 第206期: 基于全球生物数据库的多基因风险评分在不同群体中的经验分析
2021-12-22
多基因风险评分(PRS)目前广泛地应用于预测复杂性状的遗传组分以及复杂疾病的遗传风险等方面。本文基于对来自不同人类种群的全球数据库的meta分析,用不同的方法构建PRS,探索PRS在不同群体中的预测效能以及实践 方法。 […] Wang, Y., Namba, S., Lopera-Maya, E.A., Kerminen, S., Tsuo, K., Lall, K.,……
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CGM 第204期: 染色质三维结构对神经发育基因表达的时空调控
2021-12-15
个人网站: https://dahongchen.weebly.com/ […] 神经细胞在发育过程中会进行强烈的退行和再生长,最终使幼体神经细胞获得全新的成体特征,成为完全成熟的神经系统。不难想象,此一重塑过程依赖对基因表达进行精确且动态的调控,而异常的神经重塑则会导致神经疾病,如自闭症、精神分裂症、致盲等疾病的发生,不同程度地影响了1/6儿童人口的身心健康(CDC, 2019)。……
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CGM 第199期: 长读长测序组装单倍型基因组方法的开发
2021-12-09
生物的遗传与变异使得同一物种的基因组通常有着丰富的多样性。例如,二倍体高等生物含有两个基因组拷贝,其中一个单倍型来自父本,另一个来自母本;病毒在宿主体内发生变异,可能产生新的亚种(毒株)。构建单倍型(haplotype)或者株(strain)水平的基因组序列称为单倍型水平基因组组装,其在基因组学、精准医学、病毒防控等许多领域有着重要的作用。 二代测序由于其较短的读长,因而在单倍型水平基因组组装方面……
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CGM 第201期:玉米胁迫响应元件的鉴定及机器学习模型的构建
2021-12-08
非生物胁迫(冷、热、干旱、盐碱等)严重制约作物产量。植物响应非生物胁迫在转录组上主要是通过反式作用的转录因子(TF)和顺式作用的转录因子结合位点(TFBS)进行调控的结果。研究表明群体中不同个体之间在温度胁迫响应的程度和模式上都存在广泛的反式(转录因子表达水平)和顺式(结合位点的序列变异)调控水平上的变异。诸多研究已经阐明了转录因子表达水平对靶基因表达的影响,但顺式序列变异如何介导基因的胁迫响应还……
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CGM 第202期 跨种族全基因组关联meta分析的可重复性评估
2021-12-08
全基因组关联meta分析 (GWAS meta-analysis) 能够通过整合多个GWAS 研究来找到基因型和表型之间的关联。meta分析相较于单个研究 通常有着更高的统计功效(statistical power)。近年来,GWAS 研究的样本数量和种族多样性越来越高。重现和验证识别到的关联信号成为 了一项严峻的挑战。本项研究开发了一种基于高斯混合模型的方法,能够对跨种族GWAS……
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CGM 第199期:白花草木樨基因组及系统生物学解析香豆素生物合成分子基础
2021-12-01
草木樨(Melilotus spp.)属于一年或两年生豆科草本植物,广泛分布于我国东北、西北、华北和西南等地。草木樨根系发达,生长快,盖度大,耐贫瘠,能适应干旱、寒冷和盐碱化等多种环境,被广泛用作饲草、轮作和土壤保持作物。草木樨含有香豆素,可用作药用植物。作为牧草,草木樨在贮藏的过程中香豆素会在霉菌的作用下转化为双香豆素影响其作为牧草的利用价值。因此,解析草木樨香豆素生物合成的分子机制对培育低香豆……
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