学术报告

CGM 第55期：水稻株型驯化极简史：1+3=1

2019-06-12

通过改变生长习性，塑造有利株型，进而提高产量，是作物驯化过程中至关重要的一步. 利用完全匍匐生长的元江普通野生稻 (Oryza rufipogon) ，我们前期的工作表明PROG1基因的隐性变异是选择直立生长的一个重要靶点。最近，利用携带隐性prog1但半匍匐生长的东乡普通野生稻, 我们发现prog1 下游1.2-kb的约110-kb的染色体缺失导致了半匍匐到直立生长习性的转变。该缺失片段包含7个……

学术报告

CGM 第54期：酵母菌进化模式

2019-05-29

生物多样性是进化生物学，生态学领域研究的热点问题之一。新类群产生是由于该类群新基因的获得（gain）还是祖先基因的丢失（loss），导致它们与其他类群具有不一样的性状？酵母菌亚门是一类古老的真菌微生物，包含酿酒发面的酵母（Saccharomyces cerevisiae），导致人患皮肤疾病相关的酵母（Candida），导致植物死亡或损伤相关的酵母（Eremothecium），裂解石油的酵……

学术报告

CGM 第53期：人工智能在抗体中的应用

2019-05-15

The antibody, an important part of the immune system, is a widely used reagent of biomedical experiments. Misuse of antibodies, often due to insufficient data, are responsible for up to 50% of failed……

学术报告

CGM 第52期：Genome-resolved metagenomics 解码宏基因组

2019-05-01

微生物的物种和功能多样性是微生物学研究的主旨，微生物的分离培养技术为我们在这两个方面的认识奠定了坚实的基础。然而，绝大部分的微生物是不可培养的，这极大地限制了微生物学研究的进展，同时也催生了多种基于免培养的微生物研究方法，宏基因组学即是其中之一。Genome-resolved metagenomics 是以获得微生物基因组 (Metagenome-assembled genomes, MAGs)，……

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CGM 第51期：计算机视觉及三维算法设计在植物表型测量中的应用

2019-04-17

检测植物的生长以及形态需要在三维坐标空间里引入智能化的测量工具。测量结果的分析以及建立植物表型和基因的联系更需要借助于大规模的计算机辅助测量工具。我的研究工作侧重于，如何将目前的计算机视觉及三维算法设计技术应用于植物表型的测量和基因的分析。报告中将会展示2套软件及硬件系统，包含玉米根部表型三维重建及分析软件和硬件平台，和二维植物生长测量软件平台。软件部分均为开源代码，希望大家多提宝贵意见和建议。

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CGM 第50期：Tracking the burst of an active transposon family in rice

2019-04-03

转座子，也叫跳跃基因，是真核基因组的主要组成成分，也是基因组中变化最活跃的部分。基因组中绝大部分转座子被认为是没有功能的，也就是垃圾DNA，但是当转座子插入到基因附近时，往往会造成基因突变或者参与基因调控。尤其是在转座子含量比较丰富的作物基因组中，绝大部分基因附近都有转座子的插入，所以转座子在作物基因组进化中有着重要的作用。尽管我们对于转座子的功能有所了解，但是对于转座子如何在宿主基因组中进行大量……

专题讨论

CGM 第49期：向外探索世界，向内探索自己

2019-03-20

2016年底，各大媒体报道了这样一件事情“全球最大的女科学家队伍前往南极”（CNN, BBC, ABC, New York Time, Fox news等）。家园归航（Homeward Bound）项目背后的缘起时什么？一个从小梦想当海盗的倔强女孩，如何在年过60后将她的科学背景和领导力特长结合起来，推动了这个全球性的运动？一个行为的背后激起怎样的涟漪效应（ripple effect）？家园归航项……

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CGM 第48期：水稻驯化之谜

2019-03-06

动植物的驯化奠定了农业文明的基础，也吸引了各学科学者的研究兴趣。水稻，作为最重要的粮食作物之一，也是植物遗传学领域重要的模式物种，为回答驯化的问题提供了良好的模型。目前，关于水稻起源和驯化的研究，遗传学数据得到了看似矛盾的证据，分别指向了水稻的单次或者多次起源。我们通过重新分析栽培稻和野生稻的基因组数据，发现这些矛盾证据的产生，部分原因是由于存在着大量的由栽培稻到野生稻的基因流：我们发现这种基因流……

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CGM 第47期：Environment-dependent pleiotropic effects of mutations on the maximum growth rate r and carrying capacity K of population growth

2019-02-20

r/K 选择理论是上世纪生态学和演化学上关于不同物种平衡后代数量和质量上的生存策略理论。其中，r代表最大生长速率，K代表环境对种群数量的承载能力。普遍的观点认为，r-K之间应该呈现负相关关系。然而，几十年的研究发现r-K在自然群体之间既可以正相关也可以负相关，而这一现象缺乏生物学解释。由于自然选择可以使遗传层面上负相关或者没有相关性的两个性状在个体层面表现为正相关，只有搞清楚其遗传学上的相关性才能……

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CGM 第46期：稻田杂草之首稗草与水稻相争的秘密武器

2019-02-06

稗草被认为是全球最严重的杂草之一，也是稻田杂草之首，严重影响水稻产量。化感是水稻和杂草互作的主要方式之一。长期以来，我们大多从单方向了解水稻如何与稗草进行竞争，但反过来对于稗草如何抑制水稻生长，形成竞争优势的基因组机制却知之甚少。我们对六倍体稗草（Echinochloa crus-galli）基因组进行测序获得其草图，研究发现稗草基因组中存在可以合成化感物质丁布（DIMBOA）的三个基因簇拷贝。在……

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