• 题目:Tracking the burst of an active transposon family in rice
  • 时间:2019 年 04 月 03 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
  • 地点:YouTube live stream
  • 主讲人:陈金锋 Postdoc scholar in Jason Stajich’s Lab at University of California, Riverside

中文摘要

转座子,也叫跳跃基因,是真核基因组的主要组成成分,也是基因组中变化最活跃的部分。基因组中绝大部分转座子被认为是没有功能的,也就是垃圾DNA,但是当转座子插入到基因附近时,往往会造成基因突变或者参与基因调控。尤其是在转座子含量比较丰富的作物基因组中,绝大部分基因附近都有转座子的插入,所以转座子在作物基因组进化中有着重要的作用。尽管我们对于转座子的功能有所了解,但是对于转座子如何在宿主基因组中进行大量扩增这个问题仍然很困惑,这其中一个很重要的原因是绝大部分的转座子家族是没有活性的,也就是不能跳跃。宿主基因组具有完整的免疫系统可以识别并抑制转座子的活性,那么转座子如何突破或者逃逸宿主的抑制从而实现扩增?这个问题需要在一个转座子活跃跳动的系统中进行研究。在本次报告中,我将以水稻中一类活跃的转座子为例,探讨转座子如何逃逸宿主抑制,如何在进化过程中实现大规模扩增。

参考文献

Chen, J., Lu, L., Benjamin, J., Diaz, S., Hancock, C.N., Stajich, J.E., Wessler, S.R. (2019) Tracking the origin of two genetic components associated with transposable element bursts in domesticated rice. Nat. Commun. 10:641.

Lu, L., Chen, J., Robb, S., Okumoto, Y., Stajich, J., and Wessler, S. (2017) Tracking the genome-wide outcomes of a transposable element burst over decades of amplification. Proc Natl Acad Sci USA 114:E10550-E10559.

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