学术报告

CGM 第148期: Systematic inference and comparison of multi-scale chromatin sub-compartments connects spatial organization to cell phenotypes

2021-04-08

Chromatin compartmentalization reflects biological activity. However, inference of chromatin sub-compartments and compartment domains from chromosome conformation capture (Hi-C) experiments is limited……

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CGM 第147期:深度揭秘多倍体棉花的起源、驯化与遗传改良

2021-04-07

报告简介: 报告将简单介绍两个异源四倍体栽培棉种的基因组从头测序、组装与比较分析，再结合深度重测序数据解析陆地棉和海岛棉两个棉种的起源、驯化与改良的遗传规律和之间的复杂关系。报告亮点: 1. 多倍体基因组组装与比较分析 2. 七个异源四倍体棉花的系统发生树 3. 陆地棉和海岛棉的遗传多样性和瓶颈 4. 陆地棉和海岛棉的共同起源与独立驯化 5. 陆地棉和海岛棉的驯化与改良过程中的相互渐渗棉……

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CGM 第146期: 脑瘤复发的表观机制研究和液体活检技术的开发

2021-03-31

与成人肿瘤相比，少儿脑瘤具有基因突变频率超低的特征。少儿EPN是一种常见的恶性儿童脑肿瘤，大概50%的病人会复发，一旦复发，病情会急剧恶化，而且目前尚没有有效的治疗方法。我们收集了来自10个病人的多次复发的肿瘤样本，对DNA甲基化和基因表达进行了时序性比较分析，鉴定出了可以预测EPN复发的DNA甲基化标记及其潜在的调节基因。同时，我们也发现了复发过程中的DNA甲基化趋于同化的现象。最终，与对照组相……

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CGM 第144期: 解析拟南芥茎尖单细胞图谱

2021-03-24

简要介绍拟南芥茎尖单细胞图谱特征、细胞周期进程、细胞分化轨迹及干细胞多能性特征，探讨单细胞测序技术如何更好服务于植物科学领域。报告亮点: 1. 拟南芥茎尖单细胞图谱 2. 单细胞水平展现细胞周期进程连续性 3. 多个组织和器官的精细发育轨迹 4. 拟南芥单细胞全景模式图 5. 对单细胞测序技术的一些讨论高等植物个体都由单个受精卵通过细胞分裂和分化而来。数量众多、功能多样的细胞组成了一套复杂而精……

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CGM 第145期: 植物器官形成的奥义——转录因子调控中柱鞘细胞的分化

2021-03-24

在植物中，裸子植物和大多数双子叶植物的发育过程，包括了初生生长和次生生长。植物的初生生长来源于茎或者根尖的分生组织，可使植物器官的长度增加，并形成具有潜在分化能力的中柱鞘。植物的次生生长，来源于可发育成周皮的栓木形成层和可发育成次生维管束的维管形成层，可使植物体的直径逐年增加。植物中的中柱鞘可以分化形成不同的植物器官，例如：侧根、次生维管束和周皮。植物的周皮作为其外部屏障，可以保护植物免受生物和非……

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CGM 第143期: 高速高效全基因组关联分析软件BLINK

2021-03-17

GAPIT作为一款基于R语言的GWAS软件，在多个领域，尤其是动植物育种行业，收获了众多的用户。FarmCPU是GAPIT工具箱中的最新的模型，具有统计效力高，速度快的特点。BLINK作为FarmCPU的C语言升级版，对关联位点具有更灵敏的探测能力，而且具备分析超大型数据集的能力，可以使用CPU和GPU进行异构运算。本报告主要介绍FarmCPU和BLINK的模型、原理、实际表现以及使用方法。……

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CGM 第141期: KASP基因分型技术应用及实验流程优化

2021-03-10

随着测序成本及周期的降低，越来越多的物种完成了全基因组测序，数以百万计的SNPs( Single nucleotide polymorphism) 被发现，使得SNP作为第三代分子标记正在越来越广泛的用于基因定位，指纹图谱构建，关联分析及验证，分子标记辅助选择育种等方面。而KASP基因分型技术以其独特的灵活性，低成本，高准确性及适用于高通量自动化基因分型检测平台等特性，正越来越广泛地应用……

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CGM 第142期: 植物学中的新型研究手段 - 光遗传学工具

2021-03-10

光遗传学（Optogenetics）是利用光照控制细胞生理活动并进行研究的技术。通过光控精准地控制特定细胞在空间与时间上的活动。其时间上精准程度可达到毫秒，而空间上则能达到从完整植株到微米级别（小于单个细胞）的控制。2010年光遗传学被Nature Methods评选为年度方法，同年被Science认为是近十年来的重大突破之一。光控蛋白主要包括光控离子通道，离子泵以及酶。目前在光遗传学技术中应用……

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CGM 第140期: 关于染色体结构和功能以及转录调控的多组学研究

2021-03-03

在人类基因组中，通过分析染色体的生物化学修饰，我们已经鉴定和发现了几百万的顺式调控元件(cis-regulatory elements)。这些顺式调控元件为包括启动子（promoter），增强子（enhancer），绝缘子（insulator）以及抑制子（repressor）。绝大部分的顺势调控元件位于基因组的非编码区的“开放”染色质(open chromatin)区域，并对基因转录的时空调控发挥……

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CGM 第138期: 水稻数量性状变异图谱辅助水稻育种

2021-02-24

报告简介: 对水稻数量性状变异图谱的构建及RiceNavi程度的开发作简单介绍，并对水稻基础研究成果如何服务育种进行探讨。报告亮点: 1. 水稻数量性状变异图谱的构建 2. RiceNavi程序的开发 3. 如何辅助遗传分析及分子设计育种 4. 对未来发展方向的一些思考最近的二十年里，大量的水稻QTL基因被克隆。我们从大量水稻基因文献中，剔除了来自突变体定位或反向遗传学研究的基因，通过逐一阅读……

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