专题讨论

CGM 第35期：Female in Academic Field

2018-08-08

亲爱的女性科研朋友，您有没有因为一边要哺育嗷嗷待喂的婴儿，一边赶着proposal的deadline而苦恼？您有没有因为忙于科研工作而没时间找到你的Mr. Right? 您有没有在工作中因为是女性而被低估对待？您有没有为将来的职业发展而迷茫困惑？有没有苦恼于不知如何平衡工作与生活？请加入我们的在线访谈节目。我们有幸邀请到几位学术界的女性嘉宾朋友，和您一起分享她们在学术界这些年的经历和经验。……

学术报告

CGM 第34期：基因和环境因子共同解析表型可塑性（Phenotype plasticity）

2018-07-25

2016年，美国科学基金会（NSF）提出了十大科研问题，其中一个是，解析生命的规则，预测表型。表型是由基因，环境，和它们的互作共同决定的。同卵双胞胎在不同的家庭成长，为什么身高有差异？同一个花园种不同品种的植物，为什么株高有差异？表型为什么具有可塑性？这些问题都值得深入研究。针对某一个可观测到的表型，例如植物开花，具体是哪一些基因，哪一些环境因子决定的，和它们之间是如何互作的。我们通过一……

学术报告

CGM 第33期：比较基因组发现线虫控制性选择的新基因家族

2018-07-11

为了揭示生育模式对基因组的影响，我们比较了异交线虫Caenorhabditis nigoni与其自生育近亲同胞物种C.briggsae的染色体。 C. nigoni的基因组类似于异交亲属，但蛋白质编码基因比C. briggsae多31％。缺乏C. briggsae同源物基因的C. nigoni基因不成比例地偏小并且在表达上具有雄性偏向。这些包括雄性分泌的短（mss）基因家族，……

学术报告

CGM 第32期：Preferential retention of homeologs from a single parental subgenome after polyploidy is shaped by functional interactions and dosage-based intrinsic selective constraint

2018-06-27

全基因组多倍化被认为在植物的演化以及被驯化的过程中起到重要的驱动作用。当亚基因组来自不同物种时，即在异源多倍体（allopolyploidy）中，多拷贝基因会发生不平等的丢失（biased fractionation）：来自某一亚基因组的基因更有可能存留（least fractionated subgenome），而其他的拷贝更易在进化过程中丢失。本次报告将介绍一个基于Markov模型和似然估……

学术报告

CGM 第31期：Phylogenetic identification of endosymbionts and microbiome

2018-06-13

尽管“操作分类单元”OTU(Operational Taxonomic Units)的弊端众所周知，它却仍然作为微生物分子鉴定，多样性和生态研究的基础单元，被大家普遍应用。OTU的厘定基于遗传距离，一般以3%为界限。当下的多款微生物组（群）microbiome软件，譬如QIIME和MOTHUR，均以计算和分析OTU为主要任务。本次讲座中，张冠阳将介绍如何应用系统发育学的思路和方法对二代测序数……

学术报告

CGM 第30期：Phylogenetic approaches for quantifying interlocus gene conversion

2018-05-30

位点间基因转换（IGC）使基因重复均质化。虽然基因组一般含有很多重复基因，但IGC对进化的重要性知之甚少，主要是由于缺乏统计工具。在本次报告中，我们总结了与IGC定量相关的系统发育建模策略。我们将首先介绍将IGC添加到广泛使用的序列变化概率模型中的策略。在14组酵母核糖体蛋白基因中，我们估计了源自IGC而不是点突变的密码子替换的百分比。我们发现比例从20％到38％不等。我们的结果与IGC在14个基……

学术报告

CGM 第29期：Dissecting the basis of novel trait evolution in a radiation with widespread phylogenetic discordance

2018-05-16

系统发育树为分析性状在不同物种之间的进化过程提供了参考。但在快速进化的物种类群中使用唯一的物种树可能会让我们对性状的进化做出错误的解释。例如，我们可能会认为一个新的性状很快地在不同物种中独立进化产生。但实际上当存在某些祖先状态的等位基因在物种间的不完全谱系筛选（ILS）以及物种间的基因渗透时，很多基因树会不同于物种树。而当这些不同于物种树关系的基因控制我们所感兴趣的性状时，我们就会看到类似于趋同进……

学术报告

CGM 第28期：Plant cell identity determination by Chromatin regulators

2018-05-02

植物发育阶段的转变或是生长环境的改变都能引发细胞特征的重塑，伴随着大量基因表达的改变以及外部形态的变化。在这一过程中，染色质调控因子起到了重要的调节作用。本次演讲，我将分别介绍染色质重塑因子及 Polycomb 抑制蛋白复合物如何参与到植物细胞生长发育的调控。生长素的局部浓度梯度分布决定了顶端分生组织干细胞分化成花原基，但是具体的调控机理仍不明确，我们的研究表明，……

学术报告

CGM 第27期：Host genetic control of symbiosis specificity in Medicago truncatula

2018-04-18

在根瘤菌与豆科植物的共生关系中，根瘤菌以类菌体（bacteroid）的形式存在于根瘤中，并进行固氮作用（nitrogen fixation）为植物提供氮源。以共生固氮作为豆科植物之生物氮肥，可以提高豆科植物的产量，并可减少因过量使用化学肥料造成对土壤环境的破坏。然而，植物与根瘤菌的共生互作具有一定的特异性，即特定种类或基因型的豆科植物只能与某些种属或基因型的根瘤菌形成具有固氮功能的根瘤。那么作为寄……

专题讨论

CGM 第26期：How to Find a Job in Industry?

2018-04-04

专注科研多年之后的你，是否有那么一刻希望自己的工作不仅能为世人所知而且也能为世人所用？是否有那么一刻希望自己的努力能给社会带来一些能立竿见影的解决实际问题的产品？每年近十万的美国生物PhD中，大约只有10%在毕业后六年内能最终走向学术道路（tenure教职）。如此激烈的竞争中你是否考虑过一些在学术界之外也能一展才华的职业道路？本期的CGM我们隆重推出主题讨论“生物PhD如何在工业……

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