学术报告

CGM 第 118 期：榕树与榕小蜂基因组揭示协同进化机制

2020-10-21

榕树以其壮观的气生根而闻名于世。榕属植物是桑科最大的一个属，约含有 830 个种。榕树具有雌雄同株和雌雄异株不同的性别形态，其中白肉榕亚属和榕亚属均为雌雄同株，无性别之分。无花果亚属、糙叶榕亚属、聚果榕亚属和薜荔榕四个亚属大多数榕树属于（功能性）雌雄异株榕树，其雌树榕果内雄花败育，只有长花柱雌花，最终生成种子；而雄树榕果内具有雄花和短花柱雌花，雌花可供榕小蜂寄生，最终产生花粉和花粉运输载体——榕小蜂。……

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CGM 第 117 期：拟南芥体细胞胚发生的染色质开放程度动态性和转录等级调控网络

2020-10-14

体细胞胚发生是指植物体细胞在特定诱导条件下，再生为胚胎并进而发育成为独立个体的过程。它是现今创制转基因作物的主要方式。体细胞胚发生的分子机理是 Science 杂志评选的全世界最前沿 125 个科学问题之一，对于理解植物细胞的全能性和胚胎形态建成具有重要理论意义。先前的研究表明，高浓度生长素、非生物胁迫或过表达细胞全能性转录因子（如 LEC1、LEC2 和 BBM 等）均可促使植物体细胞发生命运转变形成体细胞胚，……

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CGM 第 116 期: 生信小工具 - TBtools 推介

2020-10-07

TBtools ，旨在填补生物学研究和生物信息学软件开发之间被无意忽视的需求缺口：1. 实验人员自主完成分析小任务的可能；2. 功能调用的直观友好和操作的便利；3. 开箱即用和多功能的集成四、发表级图形的准备与可交互操作等。目前，该软件开放功能超过 140 个，包含序列操作，文本处理，生信数据可视化，甚至益智小游戏。自主开发的 Java 绘图引擎，使得 TBtools 可以高效且快速的增加或者优化数据可视化功……

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CGM 第 115 期: 离散型花青素斑点的分子调控机制

2020-09-30

自然界中许多生物拥有在视觉上冲击性极强的颜色模式，如花豹或斑马身上离散的斑点、条纹和植物花瓣上的花青素斑点。目前对植物花青素代谢通路的认识已较为清晰，但对离散型分布的花青素斑点形成的分子机制仍知之甚少。图灵的 “反应和扩散” 模型是用来解释此类现象的主要理论之一，即在最简单的情况下，只需要两个基因满足以下条件：一个可以自我激活的激活因子和一个被激活因子激活的抑制因子。抑制因子可以在细胞间移动，并且在移……

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CGM 第 114 期: 蜡梅全基因组测序及其花香合成、开花分子机理解析

2020-09-23

蜡梅是木兰类植物樟目蜡梅科蜡梅属植物，为我国历史传统名花，有上千年的栽培历史，其花香浓郁，是稀有冬季开花的木本花卉。花期特殊、花香浓郁赋予其独特的观赏特性，广泛应用于盆景栽培、园林绿化、切花生产，具有极高的观赏应用价值。同时，蜡梅作为木兰类植物的代表，在被子植物进化历史过程中具有重要地位。我们的研究通过绘制蜡梅染色体级别精细基因组图谱，综合利用基因组、转录组以及代谢组学数据，解读了蜡梅基因组的基……

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CGM 第 113 期: 玉米干旱响应的遗传变异解析

2020-09-16

在世界范围内，干旱是导致玉米产量损失的主要因素。解析抗旱性的分子机制和克隆控制抗旱性的关键基因一直是植物抗逆分子生物学研究的热点。研究表明，生物体许多性状的改变，是由于基因表达的改变导致的。为了更好地揭示遗传变异对基因表达的调控作用，以及它们与抗旱性间的关系。我们选择了 224 份抗旱性存在广泛差异的玉米自交系，在正常浇水和两种干旱胁迫条件下，共获得了 627 个高质量转录组数据，进行了 eQTL 和孟德尔随……

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CGM 第 112 期: 转座子依赖宿主基因转录的多样转座策略

2020-09-16

转座子作为基因组生态系统中的寄生性角色，是基因组的重要组成部分。转座子活动对于塑造真核生物基因组有非常大的贡献，是基因、基因家族和基因组演化的重要驱动力，为自然选择提供丰富的变异。多数转座子并非随机地插入宿主基因组中，而是通过采取各异的靶向策略进行基因组整合，表现出不同的插入位点分布。报告人比较分析了真核生物多个物种中活跃转座子的整合位点，发现一些转座子的基因组整合位点与宿主基因转录密切相……

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CGM 第 111 期: 玉米适应高海拔的平行进化机制

2020-09-09

平行进化是指几个不同的生物类群，因生活在相似生态环境而产生相似性状的进化方式。平行进化使得适应性进化具有可重复性和可预测性。玉米是人类驯化的代表性物种，约九千年前在墨西哥低热河谷被人类驯化后迅速扩散至多个独立的高海拔地区，是研究平行进化的理想对象。报告人以玉米为体系，回答平行进化领域的以下问题：1）适应性进化的平行性是否体现在核苷酸、基因和信号通路上；2）反复受选择的位点的遗传来源（全新的突变 / 基……

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CGM 第 110 期: R-loop 的全基因组水平检测与功能研究

2020-09-02

R-loop 是一种特殊的三链核酸结构，广泛存在于几乎所有的生物体中，并发挥重要的生物学功能，包括影响基因转录起始、延伸、终止，调控 DNA 甲基化，诱导基因组不稳定性等。R-loop 作为特殊的核酸结构，需要通过特定的技术手段进行检测。我们基于单链 DNA 连接技术，开发了稳定可靠且提供 R-loop 链特异性信息的全基因组 R-loop 检测方法——ssDRIP-seq，成功绘制了拟南芥、人、鼠等多个物种的全基因……

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CGM 第 109 期: 本草基因组学研究

2020-08-26

随着测序技术在药用植物资源领域的广泛应用，从分子水平上对物种进行资源鉴定、全基因组测序、重要功能基因挖掘及验证以及重要次生代谢产物的合成生物学研究，成为了药用植物研究领域的热门研究方向。本次演讲将围绕本研究团队的一些研究工作和本草基因组学的研究范畴，介绍最新测序技术在药用植物资源领域的应用（资源鉴定、全基因组测序、多组学联合研究），讨论该领域的最新研究进展、新技术在该领域的应用情况以及本草基因组……

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