学术报告

CGM 第 183 期: 开花与花开——模式植物和大田作物中有应用前景的基础研究

2021-09-15

“一庭春雨瓢儿菜，满架秋风扁豆花” 是郑板桥的诗句，朱杨研究员带领的植物遗传和作物改良研究室，即 Plant epi-genomics and Crop improvement (PegaXi, 沛阁希) Lab，主要利用多维组学、分子生物学和基因编辑等方法研究植物和作物的开花时间、花序发育和地上部分株型建成的分子机制，以此来精准设计作物关键性状，实现提升作物适应性、产量和品质的初衷。报告人将从自己……

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CGM 第 182 期: 鹦鹉染色体重洗牌与性染色体演化

2021-09-10

在超过 1 亿年的演化历史中，鸟类的核型保持相对稳定，只在个别类群中出现例外，比如隼类与鹦鹉。但目前关于鹦鹉染色体重排的演化过程及遗传机制我们知之甚少。为此，我们比较了四种鹦鹉（和尚鹦鹉，蓝顶亚马逊鹦鹉，虎皮鹦鹉和鸮鹦鹉）染色体级别组装的基因组，并鉴定了大量染色体融合及分裂事件。这些染色体重排绝大部分是物种特异的，并且有至少 12 条染色体在不同鹦鹉类群独立地发生了融合。我们鉴定了两个在鹦鹉祖先特异丢失……

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CGM 第 180 期: 基于树结构的微生物组学研究

2021-09-01

微生物组是指生活在同一生态环境中的全体微生物。微生物组学的研究对于人类健康、公共卫生、环境保护、农业生产等都有重大意义。但是，微生物组数据的分析是一个艰难的生物信息学话题。众多的微生物成员使得数据集具有很高的维度。如果不对高维数据作进一步的结构化的区分，而把所有特征一视同仁地输入分析工具，就很难准确把握微生物组的变化规律。围绕着结构化分析这一主旨，我们创造和发展了一系列微生物组数据分析的方法、工具……

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CGM 第 178 期: 后生动物 DNA 复制终止阶段复制体的解离调控机制

2021-08-25

对于所有生物来说，DNA 复制都是最为关键的生物过程。每种生物的遗传性状的维持，都依赖于其染色体准确且完整地复制。然而，个体中染色体上的所有 DNA 分子都必须复制一次且在细胞分裂前只能复制一次。这决定了 DNA 复制是一种高度复杂且被严格调控的生物过程 (O’Donnell et al., 2013) 。在真核生物中，DNA 复制是一个由众多蛋白组成的超复合物来进行完成，该复合物被称作复制……

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CGM 第 177 期枝、刺、花：柑橘世界的 “三国演义

2021-08-18

当我们出去游玩，跋山涉水的时候，难免被荆棘所刺，疼痛不已。带刺植物在自然界广泛存在，刺为植物提供了 “防御武器”。刺是如何长出来的呢？在柑橘中，刺是枝的变态；枝、刺、花都是由茎分生组织分化而来。我们的研究发现，控制三者发育的关键基因相爱相杀，上演一出柑橘世界的 “三国演义”。欲知详情如何，且听张飞分解！ […] F. Zhang et al. (2021).……

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CGM 第 175 期: Nurse cell-derived small RNAs define paternal epigenetic inheritance in Arabidopsis

CGM 第 175 期: Nurse cell-derived small RNAs define paternal epigenetic inheritance in Arabidopsis

2021-08-12

拟南芥雄性生殖发育过程中，生殖细胞需经历 DNA 甲基化重编程：除了整体 DNA 甲基化的变化外，局部一些位点出现生殖细胞特异的从头 DNA 甲基化（De novo DNA methylation），它们除了发生在转座子上，也会发生在蛋白编码基因上，从而调控转座子的活性以及基因的表达。虽然已知生殖细胞特异的从头 DNA 甲基化是由 RdDM 途径介导的，然而，RdDM 主要作用于转座子上，很少会发生在基因上。因……

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CGM 第 174 期: 无膜细胞器——液液相分离在植物免疫中的调控作用

2021-08-04

细胞是生命体的基本结构，为个体生存提供物质保障。然而细胞内的环境是非常拥堵的。为了行使正常的活动，细胞通过生物膜包裹的细胞器分隔胞内的环境和各种生化反应。然而并不是所有的细胞活动都是膜介导的。细胞生物学领域的一个新兴方向发现细胞可以通过液液相分离形成 “无膜细胞器”，而对他们的功能性研究才刚刚开始。通过生物信息学、分子生物学、细胞生物学、生物化学以及结构生物学研究，我们筛选出了一个新的植物免疫……

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CGM 第 172 期: 细胞表面和胞内受体相互促进增强植物免疫力

2021-07-28

The plant immune system involves cell-surface receptors that detect intercellular pathogen-derived molecules, and intracellular receptors that activate immunity upon detection of pathogen-secreted……

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CGM 第 173 期: 超大基因组为转座子的动态模型提供实证检验

2021-07-28

转座子是真核生物基因组大小的主要决定因素。对基因组内转座子的特征进行研究，不仅能挖掘转座子与宿主的历史动态，还能揭示转座子对宿主结构与功能的影响。超大基因组在动物中非常罕见，但基因组的扩增却显著改变了宿主细胞的尺寸及生理。两栖动物版纳鱼螈（Ichthyophis bannanicus）具有超大的基因组（大小约 12.2G）。我们的研究发现，鱼螈基因组内转座子的组成与其它两栖类甚为不同。但被易位重组……

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CGM 第 171 期莺鸟的物种辐射：线粒体与核基因组的合作适应性演化

2021-07-21

理解物种起源的一个关键性问题是：一个物种如何衍生出多个物种（物种辐射）？在分布于北美西部的正处于物种辐射最初期的莺鸟种群里，我们找到了有趣的线索。一开始鸟类学家认为只有分居于南北落基山脉的两个物种，但我们发现，这两个物种的杂交种群已经演化得很不同了。基于全基因组数据，我们发现杂交群和父母系的差异甚至比分布于落基山脉南北的种群间的差异更大。那么，它们是怎么演化得如此不同的呢？来我的故事会吧，待我讲给……

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