学术报告

CGM 第18期：OSG101：基于高通量计算平台的生物数据分析

2017-11-08

随着生物数据类型和数量的快速增长，数据分析在生命科学研究中的重要性日益增加。越来越多的生物课题开始结合“大数据”和“高计算”的概念，从海量数据中寻找具有稳定性和普适性的生物发现。然而随之产生的计算成本也逐渐成为目前阻碍学科发展的众多瓶颈之一。在这一期在线沙龙活动中，我将为大家介绍一个高通量计算的平台，Open Science Grid（OSG）。可能在生物领域里，OSG的名字还很陌生。不过大家可能……

学术报告

CGM 第17期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

2017-10-25

玉米在墨西哥南部湿热河谷地区驯化后迅速占领了美洲从热带到温带，从低海拔到高海拔的大面积区域。在这个迁移过程中，玉米的种植面积在不断扩大，而它的有效群体大小又是如何波动的呢？墨西哥中部高原区的玉米品系接受了同域分布的野生玉米的基因流以帮助它适应高海拔的生境。这种适应性的基因渐渗是否也发生在其他的不同域分布的玉米群体中呢？是否存在“驯化的代价”，“迁移的代价”（有害突变随着驯化和迁移而增加）？基因渐渗……

学术报告

CGM 第16期：用 blogdown 搭建一个静态网站

2017-10-11

我作为一个业余人士折腾网站差不多已经 12 年，一路摸索过很多种建网站的工具，总觉得有这样那样的问题，不适合我这样的用户，直到今年我自己造了一个轮子 blogdown，才感到心满意足。这是码农的通病，不过我想辩解一下我为什么要造这个轮子，以及这个轮子适合什么背景的用户。工具永远没有绝对的最好，而只有最合适，就看前提和背景是什么。blogdown 适合经常写涉及到数据分析的非正式文章（比如博客；当然……

学术报告

CGM 第15期：植物中的非典型LTR转座子

2017-09-27

作为真核生物基因组的主要成分，转座子（transposon）可谓是无处不在。由于转座子的结构和序列多样性，准确鉴定转座子仍然是一项挑战性的工作。植物基因组中占比最高的要数长末端逆转录转座子（Long terminal repeats retrotransposon, LTR-RT），其基因组含量可高达75%（玉米）。这次我将会简单讲一下我开发的软件LTR_retriever，用于快速准确地鉴别完整……

学术报告

CGM 第14期：线粒体的反转座过程-以禾本科为例

2017-09-13

相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是”沧海一粟”了。但可不要轻易的遗忘这“一丢丢”的细胞组分，它们在物种的形成，进化，适应和功能上承担了不可磨灭的功用，正是所谓的“四两拨千斤”，没有了它们，整个自然界的物种也就不复存在了。叶绿体和线粒体是植物体内非常重要的细胞器，它们都具有自己独立的基因组，但是也离不开细胞核基因组的功能，即所谓的半自主复制。目前物种所拥有的细胞器基因组并非它们本来……

学术报告

CGM 第13期：公共基因表达数据挖掘

2017-08-30

由于高通量基因表达测量技术的普及，在公共数据库中积累了大量的基因表达数据。仅就模式植物拟南芥而言，NCBI GEO中收集的基因表达谱样本数量就超过了4万份。从这些海量的基因表达数据中可以挖掘出很多有用的信息。今天，我就给大家讲讲我从这些数据中挖掘的故事。 […] 由于技术原因，这次我们没有视频记录，非常抱歉。 Slides

学术报告

CGM 第12期：番茄果实形状多变的背后?

2017-08-16

番茄的形状是多样的。野生番茄起初只有圆形，那番茄果实的形状为什么在当今多变的世界也如此多变呢？想想有一天我们能像吃黄瓜似的吃番茄，这是一种什么体验？今天我就带各位了解一下番茄果实形状变化背后的秘密？What lies beyond the eye?

专题讨论

CGM 第11期：How to find a job in academic field?

2017-08-02

在经历过 PhD 和 postdoc 的漫长修炼后，你是否想出山，去学术的江湖里闯一闯，以挣一方立足之地？比如，找一个 tenure track 的 faculty 位置，建立自己的研究团队，抑或找一个长期的faculty scientist 位置，和不同的团队合作研究？然而学术的江湖，高手云聚，新招层出不穷；面对如此激烈的竞争，你是否想在正式出山之前找到一些致胜秘诀？请加入本期关于如何在学术……

学术报告

CGM 第10期：Unbiased k-mer Analysis for Comparative Genomics

2017-07-19

基因组的不同决定了大多数生物表型特征的差异。众多旨在寻找决定表型的基因类型（基因序列）的生物研究课题，让我们认识到，除了准确地定性或定量检测生物个体表型特征之外，我们还必须能够有效地分析不同个体之间基因组序列的差异。目前，比较基因组方法大多依赖于参考基因组。采用单一的参考基因组存在许多问题，例如，基因组序列代表性不够，在复杂多态性位点很难有效进行序列比对，无法有效地分析重复序列，等等。我们今天要讨……

学术报告

CGM 第9期：The cause and consequence of alternative splicing in maize and across species

2017-07-05

人类基因组只有两万个基因，但这两万个基因组成了复杂的核糖核酸和蛋白网络，在这个过程中一个基因往往能够产生很多个核糖核酸或者蛋白质，在果蝇中某个基因可以产生几万个核糖核酸或者蛋白质。这个由一个基因组通过基因内结构的重组产生不同的核糖核酸或者蛋白质的方式叫做可变剪切。很多神经方面的疾病都会造成可变剪切的变异，比如说自闭症，脊髓性肌萎缩，早衰症，各类肌肉萎缩疾病等等。在植物研究当中发育和对环境的适应……

1
2
3
18
19
20