学术报告

CGM 第58期：玉米可变剪接变异研究

2019-07-24

玉米是重要的粮食作物、饲料作物和能源作物，近年来，随着高通量测序技术和计算生物学的发展，玉米功能基因组的研究已不再局限于传统的基因克隆，基因组、表观组、转录组、蛋白组、代谢组等各种组学手段使得基因功能的研究达到空前的规模和分辨率，大大加快了研究者对复杂数量性状形成机制的解析。根据遗传学的中心法则，转录调控是最基本的一个环节，基因表达变异是表型变异的重要来源。在群体水平定位基因表达数量性状位……

学术报告

CGM 第57期：基因组学和表观基因组研究植物重复基因进化

2019-07-10

多倍化或全基因组复制是植物基因组的一个重要特征，但目前对于这些重复基因的进化机制并不是很清楚。我的研究利用玉米和大豆两个重要的农作物基因组发现虽然玉米和大豆最近期的一次全基因组复制发生的时间相差不大，但玉米的两个亚基因组在基因表达量，转座子含量，小RNA和DNA甲基化，以及基因丢失数目上差异很大，然而大豆的两个亚基因组之间没有观察到显著差别。尽管如此，大豆的个体重复基因却在这些特征上呈现出显著差……

人物专访

CGM 第56期：人物专访蒋宁教授：与跳跃基因共舞

2019-06-26

二十世纪中期，Barbara McClintock 在玉米中首次发现了“跳跃基因”，为人类打开了认识植物基因组的一扇全新大门，并因此获得了1983年诺贝尔生理或医学奖。我们本期的专访嘉宾——蒋宁教授，对转座子研究领域也有着突出的贡献，让我们来听听她的故事。蒋宁教授目前任职于密西根州立大学，多年来专注于转座子研究，在转座子类型鉴定、功能分析、进化方向等方面取得了诸多突破性进展。近期的研究成果有：利……

学术报告

CGM 第55期：水稻株型驯化极简史：1+3=1

2019-06-12

通过改变生长习性，塑造有利株型，进而提高产量，是作物驯化过程中至关重要的一步. 利用完全匍匐生长的元江普通野生稻 (Oryza rufipogon) ，我们前期的工作表明PROG1基因的隐性变异是选择直立生长的一个重要靶点。最近，利用携带隐性prog1但半匍匐生长的东乡普通野生稻, 我们发现prog1 下游1.2-kb的约110-kb的染色体缺失导致了半匍匐到直立生长习性的转变。该缺失片段包含7个……

学术报告

CGM 第54期：酵母菌进化模式

2019-05-29

生物多样性是进化生物学，生态学领域研究的热点问题之一。新类群产生是由于该类群新基因的获得（gain）还是祖先基因的丢失（loss），导致它们与其他类群具有不一样的性状？酵母菌亚门是一类古老的真菌微生物，包含酿酒发面的酵母（Saccharomyces cerevisiae），导致人患皮肤疾病相关的酵母（Candida），导致植物死亡或损伤相关的酵母（Eremothecium），裂解石油的酵……

学术报告

CGM 第53期：人工智能在抗体中的应用

2019-05-15

The antibody, an important part of the immune system, is a widely used reagent of biomedical experiments. Misuse of antibodies, often due to insufficient data, are responsible for up to 50% of failed……

学术报告

CGM 第52期：Genome-resolved metagenomics 解码宏基因组

2019-05-01

微生物的物种和功能多样性是微生物学研究的主旨，微生物的分离培养技术为我们在这两个方面的认识奠定了坚实的基础。然而，绝大部分的微生物是不可培养的，这极大地限制了微生物学研究的进展，同时也催生了多种基于免培养的微生物研究方法，宏基因组学即是其中之一。Genome-resolved metagenomics 是以获得微生物基因组 (Metagenome-assembled genomes, MAGs)，……

学术报告

CGM 第51期：计算机视觉及三维算法设计在植物表型测量中的应用

2019-04-17

检测植物的生长以及形态需要在三维坐标空间里引入智能化的测量工具。测量结果的分析以及建立植物表型和基因的联系更需要借助于大规模的计算机辅助测量工具。我的研究工作侧重于，如何将目前的计算机视觉及三维算法设计技术应用于植物表型的测量和基因的分析。报告中将会展示2套软件及硬件系统，包含玉米根部表型三维重建及分析软件和硬件平台，和二维植物生长测量软件平台。软件部分均为开源代码，希望大家多提宝贵意见和建议。

学术报告

CGM 第50期：Tracking the burst of an active transposon family in rice

2019-04-03

转座子，也叫跳跃基因，是真核基因组的主要组成成分，也是基因组中变化最活跃的部分。基因组中绝大部分转座子被认为是没有功能的，也就是垃圾DNA，但是当转座子插入到基因附近时，往往会造成基因突变或者参与基因调控。尤其是在转座子含量比较丰富的作物基因组中，绝大部分基因附近都有转座子的插入，所以转座子在作物基因组进化中有着重要的作用。尽管我们对于转座子的功能有所了解，但是对于转座子如何在宿主基因组中进行大量……

专题讨论

CGM 第49期：向外探索世界，向内探索自己

2019-03-20

2016年底，各大媒体报道了这样一件事情“全球最大的女科学家队伍前往南极”（CNN, BBC, ABC, New York Time, Fox news等）。家园归航（Homeward Bound）项目背后的缘起时什么？一个从小梦想当海盗的倔强女孩，如何在年过60后将她的科学背景和领导力特长结合起来，推动了这个全球性的运动？一个行为的背后激起怎样的涟漪效应（ripple effect）？家园归航项……

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