学术报告

CGM 第68期：小麦病原菌操控植物激素ABA的合成—TAL效应子的新致病机制

2019-10-16
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大家也许对TALEN所介导的基因组编辑比较熟悉，但也许不知道它的来源————它来源于植物黄单胞菌三型分泌系统里的致病TAL效应子。 TAL效应子的特异性结合DNA的能力造就了TALEN。TAL效应子的神奇在于：来源于原核生物（细菌），但却能在真核生物（植物）里发挥着转录因子的功能，诱导其感病基因表达使其致病。 多年的研究发现TAL效应子的主要感病基因是植物的SWEET基因和一些转录因子，但在其它的……
学术报告

CGM 第67期：人类泛基因组分析流程的构建

2019-10-09
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随着测序技术的进步和测序成本的下降，来自不同群体的数万个个体基因组已经完成全基因组测序，单一的参考基因组序列并不能包括所有人类基因组序列。泛基因组是指一个物种或群体内所有个体的基因组序列，包括核心基因组和非必需基因组。泛基因组分析方法已经广泛应用于细菌，病毒等原核生物和大豆，水稻，玉米，人类等真核生物中。本研究首先基于高深度全基因组数据构建人类泛基因组分析流程，主要包括个体基因组测序数据的从头组……
人物专访

CGM 第66期：Grow Through What You Go through (通过你经历的事情成长)

2019-10-02
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作为最流行的基因组学研究方法之一，GWAS（全基因组关联分析）对于各位来说是一个再熟悉不过的名字了。在作物育种领域，GWAS被广泛地应用于发掘复杂数量性状，为揭示重要农艺性状形成和实现品种改良提供分子依据。本期的人物专访，我们很荣幸地邀请到了经典GWAS方法Q+K 模型（Yu et al. 2006,引用高达2500余次）的提出者——余建明教授。 余建明教授目前任职于爱荷华州立大学农学系，其课题组……
学术报告

CGM 第65期：条条大路通罗马——野生稻*Oryza nivara*的平行式物种形成研究

2019-09-25
曾被达尔文称作“迷中之迷”的物种形成一直是进化生物学领域所关注的焦点问题。随着大量研究揭示了生态因素与物种形成之间的关系，自然选择可以导致物种形成的观点现已被广泛接受。作为物种形成最重要的一步，生殖隔离与自然选择之间的因果关系是证明自然选择导致物种形成的直接证据。平行式物种形成是一种特殊的物种形成方式，它是指物种形成中的生殖隔离机制在相似的生境中多次独立产生，正是由于这种天然的重复性，平行式物种形……
学术报告

CGM 第64期：大豆结瘤的调控机制-两个人的舞会

2019-09-18
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土壤中的根瘤菌可以在多数豆科植物的根部共生形成根瘤，并在根瘤中利用其自身含有的固氮酶将空气中的游离氮还原为植物能够直接利用的氨态氮，该过程称为生物固氮，是农业与自然生态系统中植物赖以生存的重要氮源。然而，宿主植物通过根瘤菌固氮是要付出代价的——那就是要供给根瘤菌生存所需要的无机盐营养和能源。先前研究表明，豆科植物中存在多种分子机制控制根瘤的数目，从而维系其生长与固氮能耗间的平衡。但是，这是否意味……
学术报告

CGM 第63期：作物拟态的基因组解析

2019-09-11
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拟态是指一种生物模拟另一种生物从而获得好处的一种适应性进化现象，是自然选择的结果。解析拟态进化机制一直是进化生物学研究的热点。动物中著名的拟态现象包括蝴蝶中研究的贝氏拟态（Batesian mimicry）和缪勒拟态（Müllerian mimicry）。相对于动物拟态，植物拟态较少报道，瓦维诺夫拟态（Vavilovian mimicry）就是一种典型的植物拟态，以前苏联著名科学家瓦维诺……
学术报告

CGM 第62期：你所不知道的甘蓝型油菜简史

2019-09-04
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当人们走进超市看到货架上摆放的菜籽油、芜菁甘蓝和西伯利亚羽衣甘蓝，很少有人会知道它们其实是同一个物种：甘蓝型油菜，它们是由我们经常食用的另外两种蔬菜白菜和甘蓝自然杂交形成的异源四倍体植物。 本研究对183个甘蓝型油菜品种和174个其可能的亲本品种进行了转录组和GSS测序。通过对数据进行分析，我们发现甘蓝型油菜存在6个不同的亚群，并利用系统发生树研究了甘蓝型油菜内、以及甘蓝型油菜与其亲本之间的进化关……
学术报告

CGM 第61期：学科交叉与基因组学研究中的方法论

2019-08-28
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多数生物学研究一直被诟病于文科式描述，然而事实上，从孟德尔(Gregor Mendel)的遗传到费希尔(R. A. Fisher)的进化，他们的研究中无不充满着理性的推论。甚至，在澄清达尔文进化论的工作过程中，费希尔进而奠定了现代统计学的基础。基因组的出现，再次把生物学推向了数学和统计学的海洋。在我自己十几年的科研实践中，以及在近两年的教学中，越来越发现基础数学对于基因组研究的重要性。最近十年，计……
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CGM 第60期：管中窥豹，亦别有洞天。外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图

2019-08-21
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小麦是世界上最重要的农作物之一。由于其基因组巨大（～17 Gb），小麦基因组进化的研究一直是一个难题。近年来测序成本不断下降，使得小麦重测序成为可以负担的课题。我们对890个不同的小麦品种进行了外显子测序，利用中国春参考序列，检测到超过三百万SNP位点。利用这套遗传变异数据，我们尝试解答如下几个问题： 小麦基因组中哪些位点受到了人工选择或者自然选择？外源基因组片段如何影响小麦基因组的形成与进化？遗……
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CGM 第59期：表型组学时代，多表型助力基因挖掘

2019-08-07
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在作物基因组海量的注释基因中，实际被发现并证明功能的基因少之又少。玉米中只有大约1%的注释基因被广泛研究并发现可见的表型。在群体研究中，为了找到基因与表型的潜在联系，我们通常会利用QTL mapping或GWAS等方法来研究分子标记变异和表型变异之间的关联程度。这在研究一些对表型有效应的特异基因时会在一定程度上提供关键的信息。然而，所有的注释基因并不一定都能对可见的表型造成影响，而有些基因却同时影……