- 题目：人类泛基因组分析流程的构建
- 时间：2019 年 10 月 09 号（星期三），北京时间 9:00 PM
- 地点：全时云和哔哩哔哩直播
- 主讲人：段忠取，在读博士研究生。2012年华南农业大学农学专业本科毕业；2015年浙江大学硕士毕业，师从朱军教授，从事农作物GWAS（全基因组关联分析）的应用研究；2015年至今在上海交通大学生命科学技术学院生物信息与生物统计学系/上海交大-耶鲁大学生物统计学与数据科学联合中心攻读博士研究生，导师韦朝春教授/赵宏宇教授，主要从事人类泛基因组学和肿瘤基因组学研究。
中文摘要
随着测序技术的进步和测序成本的下降，来自不同群体的数万个个体基因组已经完成全基因组测序，单一的参考基因组序列并不能包括所有人类基因组序列。泛基因组是指一个物种或群体内所有个体的基因组序列，包括核心基因组和非必需基因组。泛基因组分析方法已经广泛应用于细菌，病毒等原核生物和大豆，水稻，玉米，人类等真核生物中。本研究首先基于高深度全基因组数据构建人类泛基因组分析流程，主要包括个体基因组测序数据的从头组装，提取个体基因组中的非参考基因组序列，非参考基因组序列的去冗余和去污染，非参考基因组序列的蛋白编码预测，构建和注释泛基因组序列及基因的有无变异分析等步骤，并开发了人类泛基因组分析流程HUPAN。然后，我们将HUPAN流程应用到90个汉族人的组装结果中，并构建中国汉族人泛基因组序列。最后，通过与非洲人的泛基因组序列比较，阐述不同群体之间泛基因组序列的特点。