学术报告

CGM 第83期：探索水稻基因组中垃圾DNA的生物学意义

2020-02-26

在水稻基因组中，目前已克隆的影响水稻形态性状的基因位点大概有三千多个，99%以上的基因位点都是蛋白质编码区。但是，借助于全基因组关联分析技术，发现跟水稻形态性状多样性相关的变异大部分集中在非编码区。对于动物的研究已经用不可辩驳的证据证明了垃圾DNA的作用覆盖从单个基因的微调到整个染色体的关闭，但是在植物中对于垃圾DNA的了解却知之甚少。垃圾DNA的研究之所以落后于编码区的研究，是因为这部分区域在组……

学术报告

CGM 第50期：Tracking the burst of an active transposon family in rice

2019-04-03

转座子，也叫跳跃基因，是真核基因组的主要组成成分，也是基因组中变化最活跃的部分。基因组中绝大部分转座子被认为是没有功能的，也就是垃圾DNA，但是当转座子插入到基因附近时，往往会造成基因突变或者参与基因调控。尤其是在转座子含量比较丰富的作物基因组中，绝大部分基因附近都有转座子的插入，所以转座子在作物基因组进化中有着重要的作用。尽管我们对于转座子的功能有所了解，但是对于转座子如何在宿主基因组中进行大量……

学术报告

CGM 第48期：水稻驯化之谜

2019-03-06

动植物的驯化奠定了农业文明的基础，也吸引了各学科学者的研究兴趣。水稻，作为最重要的粮食作物之一，也是植物遗传学领域重要的模式物种，为回答驯化的问题提供了良好的模型。目前，关于水稻起源和驯化的研究，遗传学数据得到了看似矛盾的证据，分别指向了水稻的单次或者多次起源。我们通过重新分析栽培稻和野生稻的基因组数据，发现这些矛盾证据的产生，部分原因是由于存在着大量的由栽培稻到野生稻的基因流：我们发现这种基因流……

学术报告

CGM 第40期：Towards Eukaryotic Pan-genomics

2018-10-17

一个物种所包含的所有基因的集合被称为泛基因组（pan-genome）。泛基因组研究主要关注两个方面：核心基因组（core genome）以及非必需基因组（dispensable/distributed genome）。核心基因组指的是该物种所有个体都包含的基因，表征该物种生长发育等不可或缺的功能。非必需基因组指的是仅在部分个体中存在的基因，它们与个体对外界环境的适应息息相关。自从2005年泛基因组……