学术报告

CGM 第16期：用 blogdown 搭建一个静态网站

2017-10-11

我作为一个业余人士折腾网站差不多已经 12 年，一路摸索过很多种建网站的工具，总觉得有这样那样的问题，不适合我这样的用户，直到今年我自己造了一个轮子 blogdown，才感到心满意足。这是码农的通病，不过我想辩解一下我为什么要造这个轮子，以及这个轮子适合什么背景的用户。工具永远没有绝对的最好，而只有最合适，就看前提和背景是什么。blogdown 适合经常写涉及到数据分析的非正式文章（比如博客；当然……

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CGM 第15期：植物中的非典型LTR转座子

2017-09-27

作为真核生物基因组的主要成分，转座子（transposon）可谓是无处不在。由于转座子的结构和序列多样性，准确鉴定转座子仍然是一项挑战性的工作。植物基因组中占比最高的要数长末端逆转录转座子（Long terminal repeats retrotransposon, LTR-RT），其基因组含量可高达75%（玉米）。这次我将会简单讲一下我开发的软件LTR_retriever，用于快速准确地鉴别完整……

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CGM 第14期：线粒体的反转座过程-以禾本科为例

2017-09-13

相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是”沧海一粟”了。但可不要轻易的遗忘这“一丢丢”的细胞组分，它们在物种的形成，进化，适应和功能上承担了不可磨灭的功用，正是所谓的“四两拨千斤”，没有了它们，整个自然界的物种也就不复存在了。叶绿体和线粒体是植物体内非常重要的细胞器，它们都具有自己独立的基因组，但是也离不开细胞核基因组的功能，即所谓的半自主复制。目前物种所拥有的细胞器基因组并非它们本来……

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CGM 第13期：公共基因表达数据挖掘

2017-08-30

由于高通量基因表达测量技术的普及，在公共数据库中积累了大量的基因表达数据。仅就模式植物拟南芥而言，NCBI GEO中收集的基因表达谱样本数量就超过了4万份。从这些海量的基因表达数据中可以挖掘出很多有用的信息。今天，我就给大家讲讲我从这些数据中挖掘的故事。 […] 由于技术原因，这次我们没有视频记录，非常抱歉。 Slides

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CGM 第12期：番茄果实形状多变的背后?

2017-08-16

番茄的形状是多样的。野生番茄起初只有圆形，那番茄果实的形状为什么在当今多变的世界也如此多变呢？想想有一天我们能像吃黄瓜似的吃番茄，这是一种什么体验？今天我就带各位了解一下番茄果实形状变化背后的秘密？What lies beyond the eye?

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CGM 第10期：Unbiased k-mer Analysis for Comparative Genomics

2017-07-19

基因组的不同决定了大多数生物表型特征的差异。众多旨在寻找决定表型的基因类型（基因序列）的生物研究课题，让我们认识到，除了准确地定性或定量检测生物个体表型特征之外，我们还必须能够有效地分析不同个体之间基因组序列的差异。目前，比较基因组方法大多依赖于参考基因组。采用单一的参考基因组存在许多问题，例如，基因组序列代表性不够，在复杂多态性位点很难有效进行序列比对，无法有效地分析重复序列，等等。我们今天要讨……

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CGM 第9期：The cause and consequence of alternative splicing in maize and across species

2017-07-05

人类基因组只有两万个基因，但这两万个基因组成了复杂的核糖核酸和蛋白网络，在这个过程中一个基因往往能够产生很多个核糖核酸或者蛋白质，在果蝇中某个基因可以产生几万个核糖核酸或者蛋白质。这个由一个基因组通过基因内结构的重组产生不同的核糖核酸或者蛋白质的方式叫做可变剪切。很多神经方面的疾病都会造成可变剪切的变异，比如说自闭症，脊髓性肌萎缩，早衰症，各类肌肉萎缩疾病等等。在植物研究当中发育和对环境的适应……

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CGM 第7期：Rapidly define crop gene functions using Setaria viridis as a model

2017-05-24

在今天人口爆炸而资源有限的大背景下，通过植物遗传学的手段来改进我们的粮食和能源作物使之获得更大的产量，同时消耗更少的资源是一种重要的解决此矛盾的途径。可是迄今为止，即使在重要传统农作物中，遗传学研究依然进展缓慢。以玉米(Zea mays)为例，作为产量最大的农作物以及传承自上世纪20年代的经典遗传学模式作物，我们也才仅仅对于其六万多个基因中的约五百个的功能有大致的了解。此项研究中我们展示了一个可……

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CGM 第5期：白菜的前世今生

2017-04-26

白菜，不仅是一种我们从小吃到大的蔬菜，还是《功夫厨神》中的开水白菜，是植物大战僵尸中的拳击战士。说到白菜，想必大家心中都有一个以其为原料烧制的菜肴，让人感到家的味道与温暖。这期沙龙我们就来聊一聊白菜不同亚种的起源和它们的传播，看看它们如何从地中海北部传播到世界各地。如果有兴趣也可以看一下我们发表在Molecular Ecology的文章。

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CGM 第4期：Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants

2017-04-12

您想知道您的基因组上有多少导致疾病的突变吗？您想知道您研究的对象基因组上有多少降低产量或者适应性的突变吗？我们为您准备了一个贴心的pipeline叫BAD-Mutation, 帮您预测一切有害的突变。若有兴趣，请加入本期的讨论会。作者将向您详细介绍BAD-Mutation的优点及其教您怎样使用BAD-Mutation。若有兴趣的，可以读一下我们bioRxiv preprint的文章。

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