学术报告

CGM 第 87 期：基因组数据分析揭示的番薯进化简史

2020-03-25

一百三十万年前，南美的一棵野草开始遐想；八十万年前，她的后代翻了个倍（WGD）；五十万年前，保守派和激进派居然相爱并诞生结晶；一万年前，可怜的人类终于找到富余的食物，从此踏上毁灭地球的征途。以上是我总结的番薯的故事，其实她的演化和我们人类没多大关系，只在近来取而用之。一切事实已然存在，我只是在试图把历史看得更清而已？多倍体作物起源研究借助超摩尔定律发展的测序分析技术迎来新的曙光。挑战……

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CGM 第 86 期：机器学习在基因组工程和生物技术中的应用

2020-03-18

[…] 本次在线沙龙主题为机器学习在基因组工程和生物技术中的应用。Zou 博士将讨论如何利用机器学习算法开发更安全更精准的生物技术，以及如何使机器学习算法本身更具解释性。讲座第一部分，Zou 博士将介绍其课题组利用机器学习针对基因组编辑的建模，以及在人类细胞中对 CRISPR 目标设计的优化。Zou 博士课题组开发的 SPROUT 可以准确的预测 CRISPR 诱导的 DNA 损伤分布。这同时也提供了一……

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CGM 第 85 期：西南山地柏木属物种的谱系分化与杂交历史研究

2020-03-11

全球 34 个生物多样性热点地区中，大多数都分布在山地区域，我国西南山地便是其中之一。山地物种多样性更高可以从地形阻隔因此物种形成速率高、短距离生态位变化大因此灭绝率低、生态位丰富因此外来物种迁入等方面解释，但是谱系混合、杂交在此过程中发挥何种作用有待进一步明确。报告人及团队基于高通量测序手段获取的 SNP 数据，以群体遗传学数据分析和模拟方法为主，对分布于我国西南地区的柏木属的三个物种（巨柏、干香柏和岷……

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CGM 第 84 期：当古人与现代人相遇：适应性基因渗入与有害突变对研究方法的影响

CGM 第 84 期：当古人与现代人相遇：适应性基因渗入与有害突变对研究方法的影响

2020-03-04

自现代人走出非洲以来，我们的祖先与包括尼安德特人和丹尼索瓦人在内的古人类有过数次相遇，并且这些远古时代的人群交流在我们的基因组上留下了诸多印迹。虽然绝大多数通过基因渗入进入我们基因库的遗传变化是有害的，在某些现代人群中，少部分来自古人的基因突变对我们适应特定环境有不同程度的帮助。而另一方面，有近期研究表明一些与适应性无关的群体遗传学机制也可以产生类似适应性基因渗……

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CGM 第 83 期：探索水稻基因组中垃圾 DNA 的生物学意义

2020-02-26

在水稻基因组中，目前已克隆的影响水稻形态性状的基因位点大概有三千多个，99% 以上的基因位点都是蛋白质编码区。但是，借助于全基因组关联分析技术，发现跟水稻形态性状多样性相关的变异大部分集中在非编码区。对于动物的研究已经用不可辩驳的证据证明了垃圾 DNA 的作用覆盖从单个基因的微调到整个染色体的关闭，但是在植物中对于垃圾 DNA 的了解却知之甚少。垃圾 DNA 的研究之所以落后于编码区的研究，是因为这部分区域在组……

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CGM 第 82 期：近中性变异与生活史的进化

2020-02-22

[…] 衰老是有性生物普遍存在的现象。从进化生物学的角度，有两种模型来解释这种现象。突变积累模型（Mutation accumulation）强调自然选择压力对于导致生物衰老的等位基因较弱，导致此类基因以中性方式积累。拮抗多能性模型（Antagonistic pleiotropy）强调正选择使利于早期快速发育的等位基因频率增加的同时，这些基因也会同时由于具有多能性，使得生物衰老。我们……

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CGM 第 81 期：角苔基因组与早期陆地植物进化

2020-02-12

[…] 苔藓类包括苔、藓和角苔三大分支，是现存最早的陆生植物，在植物演化过程中代表从水生到陆生的过渡类型。多年来对于早期陆地植物的起源与植物登陆一直存在诸多争论和未解之谜。近年来，人们利用组学数据将早期陆地植物的系统位置争论聚焦到了角苔类上。角苔类以其难解的系统位置、衍生与原始兼具的形态性状、以及其与细菌、真菌广泛共生的特异现象而备受关注。本研究利用三代测序的 Nanopore 数据和……

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CGM 第 79 期：Benchmarking transposable element annotation methods for creation of a streamlined, comprehensive pipeline

CGM 第 79 期：Benchmarking transposable element annotation methods for creation of a streamlined, comprehensive pipeline

2020-01-22

[…] 转座子又称自私基因、基因组暗物质，是真核生物基因组中高度重复的一类遗传物质。按照转座子的复制形式，它一般分为两大类：由 DNA 作为载体的 DNA 转座子和由 RNA 作为中间载体的 RNA 转座子（或称逆转录内源病毒）。根据转座子的重复特性、序列内容和结构特征，科学家开发了各种各样、五花八门的软件和程序去检测、注释转座子，但却没有人系统比较过这些软件准不准确、好不好用。更加缺乏的是一个高质……

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CGM 第 78 期：睡莲基因组和早期开花植物进化

2020-01-15

[…] 测序技术发展迅速，特别是近几年三代测序技术发展突飞猛进。相比传统二代技术大片段文库构建需要昂贵的费用，三代测序技术克服大片段文库构建问题，直接对 DNA 大片段进行测序且费用不高，使从头组装基因组价格大幅下降，如植物中最早使用三代测序技术完成的复活草（Oropetium thomaeum）基因组。我们课题组在此背景下选择了一个只有 400M 左右的睡莲基因组，使用三代测序技术从头组……

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CGM 第 76 期：植物细胞器基因组的 “那些事”

2019-12-18

[…] 细胞器基因组的特点是小而简单，但却是生物体维持自身正常功能不可或缺的重要组成，相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是 “沧海一粟” 了。本次讲座，报告人将结合其自身关于细胞器基因组研究的方方面面，逐步解析有关细胞器基因组变异的“那些事”：包括从细胞器基因组的组成，大小变化，群体之间的动态变化，细胞器的基因或者片段在各个细胞器之间的转移，RNA 编辑，突变等等。……

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