- 题目：CGM 第123期:基于光学图谱的scaffolding算法研究
- 时间：美国中部时间 2020年11月18日（星期三）8AM（北京时间11月18日 9PM）
- 地点：Tecent and Bilibili live stream
- 主讲人：潘玮华2014年于中国科学技术大学获得硕士学位，2019年于美国加州大学河滨分校获得计算机科学博士和统计学硕士学位，2019-2020年在美国卡内基梅隆大学担任Lane Fellow博士后研究员。目前任职中国农科院（深圳）农业基因组研究所研究员。研究方向为基因组序列分析相关的算法开发。
中文摘要
基因组scaffolding是de novo基因组组装的重要步骤。针对BioNano光学图谱数据，我们开发了三种用于基因组scaffolding以及其预处理步骤chimeric contig纠正、组装结果reconciliation的算法工具OMGS、Chimericognizer和Novo&Stitch 。其中，Novo&Stitch是第一种基于光学图谱的组装结果reconciliation算法。OMGS是第一种可以综合利用多条光学图谱信息准确进行scaffolding的算法。而Chimericognizer 相比于已有的chimeric contig检测方法显著降低了假阳性。
参考文献
W. Pan, T. Jiang, S. Lonardi. “OMGS: Optical Map-based Genome Scaffolding.” Proceedings of Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), pp. 190-207, Washington, DC, 2019. W. Pan, S. Lonardi. “Accurate detection of chimeric contigs via Bionano optical maps.” Bioinformatics, vol. 35, no. 10, pp. 1760-1762, 2018. W. Pan, S. Wanamaker, A. Ah-Fong, H. Judelson, S. Lonardi. “Novo&Stitch: Accurate Reconciliation of Genome Assemblies via Optical Maps.” Proceedings of Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Chicago, IL, 2018. Bioinformatics, vol. 34, no. 13, pp. i43-i51.