学术报告

CGM 第 128 期: 杜鹃花染色体水平基因组测序及花色形成机制解析

2020-12-16

杜鹃花属（Rhododendron）是被子植物的大属之一，全世界约 1000 种。我国是杜鹃花属物种分布最多、特有种最多、多样性最丰富的国家。该属植物是中国西南山地、尤其是青藏高原地区高山、亚高山灌丛和针叶林、针阔混交林等生态系统的重要组成部分、主要建群种或林下优势种，在维持生态系统稳定方面发挥关键作用。杜鹃花属植物的物种多样性形成和适应性机制一直是进化和生态学领域备受关注的热点问题。杜鹃花属植物花……

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CGM 第 127 期：Species interactions alter ecological and evolutionary responses to novel environments

CGM 第 127 期：Species interactions alter ecological and evolutionary responses to novel environments

2020-12-12

生物入侵和气候变暖是全球变化的重要组成部分。该研究工作重点是入侵生态系统对全球变暖的响应，结合田间演化实验 (field experimental evolution) 及同质园实验从微观（基因，化学代谢产物，土壤微生物）到中观（个体及种群）再到宏观（生物地理学）多维度研究全球变化下的生态与演化的科学问题。实验主要分析入侵豚草，Ambrosia artemisiifolia, 该研究 2016 年在意大利……

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CGM 第 126 期: 部分同源交换导致的基因组嵌合现象在新生异源多倍体群体中产生了广泛的表型多样性

2020-12-02

异源多倍体是植物物种形成的一个重要途径，但新形成的异源多倍体由于有效群体极小以及类似二倍体的严格同源染色体重组行为通常会导致严重的遗传瓶颈效应，降低其进化潜力。部分同源染色体发生减数分裂重组（称为部分同源交换, homoeologous exchange, 缩写为 HE）可能是新形成异源多倍体突破遗传瓶颈的途径之一，但这一问题一直缺乏在群体水平上、全基因组层面的系统研究。特别是，在其它进化力量发挥作……

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CGM 第 125 期：重建动物和真菌的生命树

2020-11-25

重建早期动物的系统进化关系是进化生物学研究的热点和难点问题之一。这一难题对我们理解动物进化的早期事件（包括神经系统的起源）具有重要意义。一些研究支持海绵动物，另一些研究支持栉水母动物为最早的动物进化分支。这些分析在很多方面都有所不同，包括所基因和物种的选择，分子进化模型和软件的不同。在这里，我们通过综合 15 项以前的研究的数据和结果，并进行一套全面的新的标准化分析，系统地探索了动物生命树的最早进化分……

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CGM 第 124 期: GWAS summary statistics: a powerful resource for biomedical research

CGM 第 124 期: GWAS summary statistics: a powerful resource for biomedical research

2020-11-19

全基因组关联研究（GWAS）已经成功地发现了许多与复杂性状和疾病相关的遗传变异，提供了十分丰富的关联统计资源。本次介绍利用关联数据的统计方法的发展，包括我们最近用于遗传性和遗传相关性估计的全新方法 —“HDL”。 […] Ning Z, Pawitan Y, Shen X (2020). High-definition likelihood……

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CGM 第 123 期: 基于光学图谱的 scaffolding 算法研究

2020-11-18

基因组 scaffolding 是 de novo 基因组组装的重要步骤。针对 BioNano 光学图谱数据，我们开发了三种用于基因组 scaffolding 以及其预处理步骤 chimeric contig 纠正、组装结果 reconciliation 的算法工具 OMGS、Chimericognizer 和 Novo&Stitch 。其中，Novo&Stitch 是第一种基于光学图谱的组装结……

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CGM 第 122 期：番茄中结构变异对基因表达和作物驯化及改良的重要影响

2020-11-11

结构变异（Structural variations）指基因组中比较大范围的变异。之前很多研究表明结构变异是作物驯化和改良相关性状的重要基础。但是，传统的短序列测序方法是鉴定结构变异的瓶颈之一。所以鉴定 SV 在作物中的多样性和其对基因表达和植物性状的定量影响一直具有很大的挑战性。为了全面地研究 SV 在番茄群体中的分布和功能，我们使用纳米孔长序列测序技术鉴定得到了 100 个番茄品系中的 238,490……

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CGM 第 121 期: 杂合二倍体马铃薯基因组组装与分析

2020-11-04

马铃薯是世界上最重要的块茎类作物。栽培马铃薯主要靠薯块进行无性繁殖，其基因组高度杂合，破译基因组难度较大。本研究的测序的二倍体马铃薯 RH，基因组杂合度达到 2%。本研究中采用多种测序技术结合的方法进行了二倍体基因组草图的组装，尤其是利用了最新的 HiFi read 技术获得了高准确率、高连续性的组装片段，并开发了利用测序 read 数量分布进行基因型鉴定和遗传连锁群构建的方法，成功将同源片段区分成两套单体……

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CGM 第 120 期: Data integration and visualization of phylogenetic trees

CGM 第 120 期: Data integration and visualization of phylogenetic trees

2020-10-31

树结构不易操作，且有大量的相关数据需要整合，以便于在系统发育的背景下对数据进行解析，针对这一问题，我们开发了一系列的 R 包，解决于系统发育树相关文件的读写、数据整合、操作以及可视化等各个方面。 […] G Yu. Using ggtree to visualize data on tree-like structures. Current Protocols in……

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CGM 第 119 期：玉米 DNA 甲基化的驯化及其对功能基因组的影响

2020-10-28

DNA 甲基化作为一种重要的表观修饰，影响 DNA 的染色质状态以及基因的表达，对植物的生长发育和逆境胁迫均有重要作用。目前对 DNA 甲基化表观遗传学机制的研究已较为深入，然而 DNA 甲基化在玉米驯化过程的变化及其对功能基因组的影响鲜有报道。本研究中，作者对玉米的祖先种大刍草、农家种以及现代玉米的 DNA 进行了全基因组重测序和甲基化测序。分析结果表明：（1）DNA 甲基化在玉米驯化过程中受到较弱的选择；（2）……

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