学术报告

CGM 第108期：SARS-Cov-2 的系统发育树构建

2020-08-19

对GISAID数据库中的新型冠状病毒序列（截至2020-05-14）进行了系统发育以及BEAST 分子钟树构建，并以网站形式于 covid19tree.org 进行展示。结果表明，该病毒树的基部呈星状，没有足够的信息位点确认各分支的分化顺序。单凭序列信息，无法确定其起源地。分析中的随机因素可能会导致不同的国家或地区被置于树基部。本次活动不录播，精彩不容错过！ […] Morel……

学术报告

CGM 第107期: 希望组在三代测序分析领域的探索

2020-08-12

希望组集团（未来组子公司）扎根于三代测序行业的想法肇始于2012年Genome Research的一篇文章，从此希望组聚焦在三代测序与应用的领域内不断成长。公司在三代平台建设，超长测序，三代组装软件研发，三代测序动植物及医学科研领域内取得一系列成果，2020年Nature Index排行榜，希望组科技服务高居全国测序行业第二名，相关成果先后发表在Nature Genetics, Molecular……

专题讨论

CGM 第106期：CGM携手Bio-protocol共同打造—植物生物信息学分析手册

2020-08-05

近10年来，生物信息学的分析方法在植物基因组研究的许多方面得到了长足的发展，包括比较基因组学分析、系统基因组学和进化分析以及全基因组关联研究。但是，如何有效分享详细的数据分析方法，提高科研的可重复性和高效性，是本领域一个亟待解决的问题。 CGM联合全球权威实验方案分享平台Bio-protocol （www.bio-protocol.org)共同发起植物基因组实验方法(“Bioinformatics……

学术报告

CGM 第105期：玉米单倍体诱导关键基因ZmDMP的克隆及功能验证

2020-07-29

基于Stock6衍生诱导系的单倍体育种技术已在玉米育种中得到了大规模应用，然而单倍体诱导的遗传基础还尚未完全阐明。前期研究结果表明，玉米单倍体诱导性状主要由qhir1和qhir8两个位点控制。目前，qhir1位点内的单倍体诱导基因ZmPLA1/MTL/NLD虽已被克隆，并对水稻、小麦中同源基因的敲除也成功获得了单倍体。但ZmPLA1/MTL/NLD基因并不能完全解释玉米现代诱导系高频诱导率的现象，……

学术报告

CGM 第104期：基于单分子测序数据的基因组组装软件开发及应用

2020-07-22

随着测序技术的不断更新以及各种辅助基因组技术的出现，很多复杂基因组的组装变得可行。然而，由于真核生物基因组的复杂性、测序数据的多样性以及组装软件的局限性，导致染色体水平且无大量缺失的高质量基因组的构建仍然非常困难，尤其是高杂合、高重复、高AT、多倍体甚至是同源多倍体的大型复杂基因组的组装。所以我们结合Fosmid（可以用10X Genomics代替）、BioNano和HiC测序技术开发了多种组装流……

学术报告

CGM 第103期：大豆泛基因组研究

2020-07-15

基因组是开展遗传研究的重要工具，单基因组参考的局限性催生了泛基因组的发展。大豆是世界重要的经济作物，有着丰富的表型和遗传变异，是进行泛基因组研究的理想材料。本文进行了 2,898 份大豆材料的重测序，从中选择了 26 个代表性的大豆种质材料进行了三代测序和从头组装。结合以前发表的中黄13、 W82 和 W05 基因组，深度挖掘了短读长序列比对方法未能有效检测的大尺度变异数据，并且使用图形结构方……

学术报告

CGM 第102期：通过表观基因组学发掘植物顺式调控序列

2020-07-08

非编码区是植物基因组中的重要组成部分，在小麦、玉米等作物中甚至超过95%。非编码区中存在与基因表达密切相关的顺式调控序列(Cis-Regulatory Elements，CREs)，包括启动子、增强子、抑制子等。转录因子等DNA结合蛋白与CREs的互作决定了基因的时空特异表达。CREs中的多态性位点可以解释众多的表型变异与数量性状，与抗病、分枝、开花时间、抗逆等重要表型密切相关。CREs通常表现出……

学术报告

CGM 第101期：光学图谱在基因组学中的应用

2020-07-01

光学图谱作为DNA测序技术的一个重要补充，在基因组学中发挥重要的作用。在近30年的发展过程中，光学图谱已被应用到微生物以及高等动、植物的基因组研究中。大体上，光学图谱多应用于基因组组装，大范围结构变异挖掘以及菌株区分。随着技术的进一步发展，以及算法的不断提升，光学图谱的应用仍具有重要前景。在此次报告中，我将与大家分享如何利用光学图谱来提升基因组学相关研究吧。

专题讨论

CGM 第100期：特别企划 --- 昨天，今天和明天

2020-06-27

经过三年多的发展，CGM即将于本周末迎来【第100期】！ […] 自2017年初成立至今，CGM日益茁壮成长。来自中国、美国、欧洲、澳洲等国家的嘉宾和志愿者们，在微信、Zoom、YouTube和Bilibili等平台，通过学术报告、专题讨论、人物专访等多种形式，为全球华人学者带来了一场场精彩纷呈的学术活动。同时也为青年科学工作者们提供了一个分享与交流的平台。 […] 本……

学术报告

CGM 第99期：微生物组数据分析与可视化

2020-06-17

近年来高通量测序技术的发展，开发一系列适合微生物组研究的技术，快速推动了微生物组领域的发展并积累了海量数据。而微生物组数据分析过程复杂、软件和方法的种类多样让初涉本领域的同行非常茫然。本次演讲系统概述了微生物组常用测序技术-扩增子、宏基因组等方法的优缺点，方便同行根据科学问题快速选择合适的研究手段。同时在众种的分析软件中，挑选主流软件整合的分析流程推荐给同行，方便快速实现较优的扩增子和宏基因组分……

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