学术报告

CGM 第180期: 基于树结构的微生物组学研究

2021-09-01

微生物组是指生活在同一生态环境中的全体微生物。微生物组学的研究对于人类健康、公共卫生、环境保护、农业生产等都有重大意义。但是，微生物组数据的分析是一个艰难的生物信息学话题。众多的微生物成员使得数据集具有很高的维度。如果不对高维数据作进一步的结构化的区分，而把所有特征一视同仁地输入分析工具，就很难准确把握微生物组的变化规律。围绕着结构化分析这一主旨，我们创造和发展了一系列微生物组数据分析的方法、工具……

学术报告

CGM 第30期：Phylogenetic approaches for quantifying interlocus gene conversion

2018-05-30

位点间基因转换（IGC）使基因重复均质化。虽然基因组一般含有很多重复基因，但IGC对进化的重要性知之甚少，主要是由于缺乏统计工具。在本次报告中，我们总结了与IGC定量相关的系统发育建模策略。我们将首先介绍将IGC添加到广泛使用的序列变化概率模型中的策略。在14组酵母核糖体蛋白基因中，我们估计了源自IGC而不是点突变的密码子替换的百分比。我们发现比例从20％到38％不等。我们的结果与IGC在14个基……