- 题目：CGM 第 150 期: Opportunities and Challenges in Genomics
- 时间：美国中部时间 2021 年 4 月 21 日（星期三）7AM（北京时间 4 月 21 日 9PM）
- 地点：Tecent and Bilibili live stream
- 主讲人：沈星星，2019 年 12 月至今，浙江大学 “百人计划” 研究员，博士生导师。2009 年毕业于海南大学生物技术专业，2014 年获中山大学理学博士学位。2014 年 12 月初至 2019 年 11 月底在美国范德堡大学 Antonis Rokas 教授课题组进行博士后研究。 沈星星课题组以动物、微生物为研究对象，利用大规模数据集以及综合多个学科手段 (如系统发育学、进化生态学、基因组学), 从理论和方法出发，研究进化基因组学的热点和难点问题、 探究生物多样性的演化机制和生态因素。累计发表 31 篇 SCI 期刊论文，以第一或通讯作者身份在 Cell、Nature Ecology & Evolution、Science Advances、Nature Communications、Systematic Biology、Molecular Biology & Evolution 、Current Biology 等期刊发表论文 13 篇。其中，Cell 论文被美国能源部办公室特别报道；Nature Ecol & Evol 论文被评为该期刊年度最具影响力论文之一。担任 Nature、Cell、Nature Communications、Molecular Biology & Evolution、Current Biology、Systematic Biology、Bioinformatics 等 20 余杂志，以及英国 UK Research & Innovation 和美国 National Science Foundation 基金评审人。2019 年荣获范德堡大学优秀博士后荣誉奖。
中文摘要
报告简介: 生命之树计划主要目标之一是重建地球上所有生物类群之间的谱系亲缘关系，并以辅助阐明生命的起源、生物演化模式与机制。随着基因组测序技术不断进步与测序成本不断降低，科学家期望利用全基因组数据重建可靠的生命之树。 在基因组学时代下，1）如何利用全基因组数据重建可靠的生命之树，并试图解析基因组的演化模式；2）如何应对现有建树方法与基因组数据产生的异质性（冲突）。 机遇：子囊菌门是真菌界中种类最多的一个门（约占所有真菌的 75%），它包含三个亚门：盘菌亚门（代表物种：水稻稻瘟病、青霉菌、冬虫夏草），出芽酵母菌亚门（代表物种：酿酒酵母），外囊菌亚门（代表物种：裂殖酵母）。本研究从 NCBI 数据库收集了 1107 个盘菌基因组。基于比较基因组学、系统发育基因组学等手段，我们构建了稳健的子囊菌系统发育主要框架关系，并发现出芽酵母菌和盘菌两个亚门基因组采用了截然不同的演化模式。 挑战：科学家对已发表结果可重复性的担忧不断增加，导致了 “再现性危机” 一词的出现。系统发育树是进化生物学研究的基础，它常被用来研究基因、基因组、物种的演化过程。科研论文提供的信息是否足够重复其发表的系统发育树？系统发育树的构建参数、计算资源（CPU 处理器型号、线程数等）均存在差异。这些差异是否会导致不可重复的系统发育树？本研究收集了 15 个动物、植物、真菌系统发育基因组学数据集（共 19414 个基因），检验了常用软件 IQ-TREE 和 RAxML-NG 的可重复性。结果表明：IQ-TREE 和 RAxML-NG 分别存在~ 20% 和~ 10% 的系统发育树不可重复。当 iqtree 线程使用数>=3, 其构建的进化树不可重复概率上升两倍!!! 另外，使用 UCE、AHE 等捕获技术产生的数据易产生不可重复的进化树。
参考文献
Shen X.-X., Steenwyk J., LaBella A., Opulente D., Zhou X., Kominek J., Li Y., Groenewald M., Hittinger C., Rokas A. 2020. Genome-scale phylogeny and contrasting modes of genome evolution in the fungal phylum Ascomycota. Science Advances 6(45):eabd0079 (corresponding author). Shen X.-X., Li Y., Hittinger C., Chen X., Rokas A.* 2020. An investigation of irreproducibility in maximum likelihood phylogenetic inference. Nature Communications 11:6096 (*corresponding author).