• 题目:单细胞核转录本测序揭示大脑中复杂外显子连接谱
  • 时间:欧洲中部时间 2022 年 4 月 15 号(星期五)03 PM(美国中部时间 4 月 15 号 8 AM,北京时间 4 月 8 号 9 PM)
  • Zoom会议 ID:861 0146 4725 密码:269044
  • Zoom会议链接:https://us06web.zoom.us/j/86101464725?pwd=bXphV2NYdGRZeVRaZys0WnNjczF4Zz09
  • 主讲人:胡雯, 美国康奈尔医学院 博士后。2018—2019 德国马普所 博士后; 2016—2017 北京生命科学研究所 研究助理; 2010—2015 北京生命科学研究所 博士

中文摘要

单细胞核RNA测序技术已广泛应用于不同物种的不同组织器官的单细胞研究,其不依赖于活细胞的特性对于冷冻保存以及难以分离出单细胞的样品显得尤为重要。然而与单细胞测序技术相比,其转录组中所含有的大量未剪切以及缺少barcode的cDNA分子序列会对于剪切异构体(isoform)研究产生不可忽略的影响。为了解决上述问题,我们通过结合目标性扩增包含有barcode的cDNA序列、外显子组富集以及高通量长片段测序技术,开发了可显著提高对于目标cDNA分子测序效率的SnISOr-Seq 技术,用于单细胞RNA 测序的剪切异构体水平定量。同时,我们将SnISOr-Seq 技术应用于冻存的人类额叶皮层样品,发现包含有与孤独症相关的外显子的剪切变体,其存在的频率在不同细胞类型中有着显著差异,其表现形式为exon-TSS,exon-polyA-sites,以及非邻近exon-exon之间的不同组合模式。此外,我们还发现人类特有的外显子通常会以组合形式出现在剪切异构体中,这也意味着其协同关系在进化过程中是快速建立并得以保留的。

参考文献

  1. Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue. Nat Biotechnol. 2022 Mar 7. doi: 10.1038/s41587-022-01231-3. PMID: 35256815.

  2. A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain. Nat Commun. 2021 Jan 19;12(1):463. doi: 10.1038/s41467-020-20343-5. PMID: 33469025.https://www.nature.com/articles/s41467-022-28434-1