学术报告

CGM 第63期：作物拟态的基因组解析

2019-09-11

拟态是指一种生物模拟另一种生物从而获得好处的一种适应性进化现象，是自然选择的结果。解析拟态进化机制一直是进化生物学研究的热点。动物中著名的拟态现象包括蝴蝶中研究的贝氏拟态（Batesian mimicry）和缪勒拟态（Müllerian mimicry）。相对于动物拟态，植物拟态较少报道，瓦维诺夫拟态（Vavilovian mimicry）就是一种典型的植物拟态，以前苏联著名科学家瓦维诺……

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CGM 第62期：你所不知道的甘蓝型油菜简史

2019-09-04

当人们走进超市看到货架上摆放的菜籽油、芜菁甘蓝和西伯利亚羽衣甘蓝，很少有人会知道它们其实是同一个物种：甘蓝型油菜，它们是由我们经常食用的另外两种蔬菜白菜和甘蓝自然杂交形成的异源四倍体植物。本研究对183个甘蓝型油菜品种和174个其可能的亲本品种进行了转录组和GSS测序。通过对数据进行分析，我们发现甘蓝型油菜存在6个不同的亚群，并利用系统发生树研究了甘蓝型油菜内、以及甘蓝型油菜与其亲本之间的进化关……

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CGM 第61期：学科交叉与基因组学研究中的方法论

2019-08-28

多数生物学研究一直被诟病于文科式描述，然而事实上，从孟德尔(Gregor Mendel)的遗传到费希尔(R. A. Fisher)的进化，他们的研究中无不充满着理性的推论。甚至，在澄清达尔文进化论的工作过程中，费希尔进而奠定了现代统计学的基础。基因组的出现，再次把生物学推向了数学和统计学的海洋。在我自己十几年的科研实践中，以及在近两年的教学中，越来越发现基础数学对于基因组研究的重要性。最近十年，计……

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CGM 第60期：管中窥豹，亦别有洞天。外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图

2019-08-21

小麦是世界上最重要的农作物之一。由于其基因组巨大（～17 Gb），小麦基因组进化的研究一直是一个难题。近年来测序成本不断下降，使得小麦重测序成为可以负担的课题。我们对890个不同的小麦品种进行了外显子测序，利用中国春参考序列，检测到超过三百万SNP位点。利用这套遗传变异数据，我们尝试解答如下几个问题：小麦基因组中哪些位点受到了人工选择或者自然选择？外源基因组片段如何影响小麦基因组的形成与进化？遗……

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CGM 第59期：表型组学时代，多表型助力基因挖掘

2019-08-07

在作物基因组海量的注释基因中，实际被发现并证明功能的基因少之又少。玉米中只有大约1%的注释基因被广泛研究并发现可见的表型。在群体研究中，为了找到基因与表型的潜在联系，我们通常会利用QTL mapping或GWAS等方法来研究分子标记变异和表型变异之间的关联程度。这在研究一些对表型有效应的特异基因时会在一定程度上提供关键的信息。然而，所有的注释基因并不一定都能对可见的表型造成影响，而有些基因却同时影……

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CGM 第58期：玉米可变剪接变异研究

2019-07-24

玉米是重要的粮食作物、饲料作物和能源作物，近年来，随着高通量测序技术和计算生物学的发展，玉米功能基因组的研究已不再局限于传统的基因克隆，基因组、表观组、转录组、蛋白组、代谢组等各种组学手段使得基因功能的研究达到空前的规模和分辨率，大大加快了研究者对复杂数量性状形成机制的解析。根据遗传学的中心法则，转录调控是最基本的一个环节，基因表达变异是表型变异的重要来源。在群体水平定位基因表达数量性状位……

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CGM 第57期：基因组学和表观基因组研究植物重复基因进化

2019-07-10

多倍化或全基因组复制是植物基因组的一个重要特征，但目前对于这些重复基因的进化机制并不是很清楚。我的研究利用玉米和大豆两个重要的农作物基因组发现虽然玉米和大豆最近期的一次全基因组复制发生的时间相差不大，但玉米的两个亚基因组在基因表达量，转座子含量，小RNA和DNA甲基化，以及基因丢失数目上差异很大，然而大豆的两个亚基因组之间没有观察到显著差别。尽管如此，大豆的个体重复基因却在这些特征上呈现出显著差……

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CGM 第55期：水稻株型驯化极简史：1+3=1

2019-06-12

通过改变生长习性，塑造有利株型，进而提高产量，是作物驯化过程中至关重要的一步. 利用完全匍匐生长的元江普通野生稻 (Oryza rufipogon) ，我们前期的工作表明PROG1基因的隐性变异是选择直立生长的一个重要靶点。最近，利用携带隐性prog1但半匍匐生长的东乡普通野生稻, 我们发现prog1 下游1.2-kb的约110-kb的染色体缺失导致了半匍匐到直立生长习性的转变。该缺失片段包含7个……

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CGM 第54期：酵母菌进化模式

2019-05-29

生物多样性是进化生物学，生态学领域研究的热点问题之一。新类群产生是由于该类群新基因的获得（gain）还是祖先基因的丢失（loss），导致它们与其他类群具有不一样的性状？酵母菌亚门是一类古老的真菌微生物，包含酿酒发面的酵母（Saccharomyces cerevisiae），导致人患皮肤疾病相关的酵母（Candida），导致植物死亡或损伤相关的酵母（Eremothecium），裂解石油的酵……

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CGM 第53期：人工智能在抗体中的应用

2019-05-15

The antibody, an important part of the immune system, is a widely used reagent of biomedical experiments. Misuse of antibodies, often due to insufficient data, are responsible for up to 50% of failed……

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