学术报告

CGM 第112期:转座子依赖宿主基因转录的多样转座策略

2020-09-16

转座子作为基因组生态系统中的寄生性角色，是基因组的重要组成部分。转座子活动对于塑造真核生物基因组有非常大的贡献，是基因、基因家族和基因组演化的重要驱动力，为自然选择提供丰富的变异。多数转座子并非随机地插入宿主基因组中，而是通过采取各异的靶向策略进行基因组整合，表现出不同的插入位点分布。报告人比较分析了真核生物多个物种中活跃转座子的整合位点，发现一些转座子的基因组整合位点与宿主基因转录密切相……

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CGM 第111期: 玉米适应高海拔的平行进化机制

2020-09-09

平行进化是指几个不同的生物类群，因生活在相似生态环境而产生相似性状的进化方式。平行进化使得适应性进化具有可重复性和可预测性。玉米是人类驯化的代表性物种，约九千年前在墨西哥低热河谷被人类驯化后迅速扩散至多个独立的高海拔地区，是研究平行进化的理想对象。报告人以玉米为体系，回答平行进化领域的以下问题：1）适应性进化的平行性是否体现在核苷酸、基因和信号通路上；2）反复受选择的位点的遗传来源（全新的突变/基……

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CGM 第110期: R-loop的全基因组水平检测与功能研究

2020-09-02

R-loop是一种特殊的三链核酸结构，广泛存在于几乎所有的生物体中，并发挥重要的生物学功能，包括影响基因转录起始、延伸、终止，调控DNA甲基化，诱导基因组不稳定性等。R-loop作为特殊的核酸结构，需要通过特定的技术手段进行检测。我们基于单链DNA连接技术，开发了稳定可靠且提供R-loop链特异性信息的全基因组R-loop检测方法——ssDRIP-seq，成功绘制了拟南芥、人、鼠等多个物种的全基因……

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CGM 第109期: 本草基因组学研究

2020-08-26

随着测序技术在药用植物资源领域的广泛应用，从分子水平上对物种进行资源鉴定、全基因组测序、重要功能基因挖掘及验证以及重要次生代谢产物的合成生物学研究，成为了药用植物研究领域的热门研究方向。本次演讲将围绕本研究团队的一些研究工作和本草基因组学的研究范畴，介绍最新测序技术在药用植物资源领域的应用（资源鉴定、全基因组测序、多组学联合研究），讨论该领域的最新研究进展、新技术在该领域的应用情况以及本草基因组……

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CGM 第108期：SARS-Cov-2 的系统发育树构建

2020-08-19

对GISAID数据库中的新型冠状病毒序列（截至2020-05-14）进行了系统发育以及BEAST 分子钟树构建，并以网站形式于 covid19tree.org 进行展示。结果表明，该病毒树的基部呈星状，没有足够的信息位点确认各分支的分化顺序。单凭序列信息，无法确定其起源地。分析中的随机因素可能会导致不同的国家或地区被置于树基部。本次活动不录播，精彩不容错过！ […] Morel……

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CGM 第107期: 希望组在三代测序分析领域的探索

2020-08-12

希望组集团（未来组子公司）扎根于三代测序行业的想法肇始于2012年Genome Research的一篇文章，从此希望组聚焦在三代测序与应用的领域内不断成长。公司在三代平台建设，超长测序，三代组装软件研发，三代测序动植物及医学科研领域内取得一系列成果，2020年Nature Index排行榜，希望组科技服务高居全国测序行业第二名，相关成果先后发表在Nature Genetics, Molecular……

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CGM 第105期：玉米单倍体诱导关键基因ZmDMP的克隆及功能验证

2020-07-29

基于Stock6衍生诱导系的单倍体育种技术已在玉米育种中得到了大规模应用，然而单倍体诱导的遗传基础还尚未完全阐明。前期研究结果表明，玉米单倍体诱导性状主要由qhir1和qhir8两个位点控制。目前，qhir1位点内的单倍体诱导基因ZmPLA1/MTL/NLD虽已被克隆，并对水稻、小麦中同源基因的敲除也成功获得了单倍体。但ZmPLA1/MTL/NLD基因并不能完全解释玉米现代诱导系高频诱导率的现象，……

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CGM 第104期：基于单分子测序数据的基因组组装软件开发及应用

2020-07-22

随着测序技术的不断更新以及各种辅助基因组技术的出现，很多复杂基因组的组装变得可行。然而，由于真核生物基因组的复杂性、测序数据的多样性以及组装软件的局限性，导致染色体水平且无大量缺失的高质量基因组的构建仍然非常困难，尤其是高杂合、高重复、高AT、多倍体甚至是同源多倍体的大型复杂基因组的组装。所以我们结合Fosmid（可以用10X Genomics代替）、BioNano和HiC测序技术开发了多种组装流……

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CGM 第103期：大豆泛基因组研究

2020-07-15

基因组是开展遗传研究的重要工具，单基因组参考的局限性催生了泛基因组的发展。大豆是世界重要的经济作物，有着丰富的表型和遗传变异，是进行泛基因组研究的理想材料。本文进行了 2,898 份大豆材料的重测序，从中选择了 26 个代表性的大豆种质材料进行了三代测序和从头组装。结合以前发表的中黄13、 W82 和 W05 基因组，深度挖掘了短读长序列比对方法未能有效检测的大尺度变异数据，并且使用图形结构方……

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CGM 第102期：通过表观基因组学发掘植物顺式调控序列

2020-07-08

非编码区是植物基因组中的重要组成部分，在小麦、玉米等作物中甚至超过95%。非编码区中存在与基因表达密切相关的顺式调控序列(Cis-Regulatory Elements，CREs)，包括启动子、增强子、抑制子等。转录因子等DNA结合蛋白与CREs的互作决定了基因的时空特异表达。CREs中的多态性位点可以解释众多的表型变异与数量性状，与抗病、分枝、开花时间、抗逆等重要表型密切相关。CREs通常表现出……

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