- 题目：GAEP：一款全面的基因组组装评估工具
- 地点：- 腾讯会议 ID: 851-8228-1704
- 腾讯会议时间：北京时间 6 月 28 日 星期三 08:00 PM
- 腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/CkmP1ocpqAR1
- 主讲人：张勇硕士, 2022年于中国农业科学院农业基因组研究所获得硕士学位，主要做基因组方面的研究。
中文摘要
随着测序技术的快速发展，特别是第三代测序技术的成熟，已发表基因组组装的数量和质量都获得了显著的提高。这些高质量基因组的出现对基因组评估提出了更高的要求。尽管已经开发了许多评估方法以从不同角度评估基因组组装质量，但选择性地使用这些评估方法可能是随意的，并且不方便用于不同项目基因组的横向比较。为了解决这个问题，我们开发了基因组组装评估流程（GAEP），它提供了一个全面的评估流程，从连续性、完整性和正确性等多个角度评估基因组质量。此外，GAEP还提供了用于检测组装错误和评估组装冗余的新功能。GAEP目前已开源于https://github.com/zy-optimistic/GAEP，使用GPL3.0协议。使用GAEP，用户可以快速获得准确可靠的评估结果，为高质量基因组的选择和不同基因组之间的横向比较提供了便利。
参考文献
- Zhang, Y., H.-W. Lu, and J. Ruan, GAEP: a comprehensive genome assembly evaluating pipeline. Journal of Genetics and Genomics, 2023.
关键词
- 基因组组装、组装质量、组装评估流程、组装错误断点检测、组装冗余度评估