学术报告

06-28-2023 GAEP：一款全面的基因组组装评估工具

2023-06-28

随着测序技术的快速发展，特别是第三代测序技术的成熟，已发表基因组组装的数量和质量都获得了显著的提高。这些高质量基因组的出现对基因组评估提出了更高的要求。尽管已经开发了许多评估方法以从不同角度评估基因组组装质量，但选择性地使用这些评估方法可能是随意的，并且不方便用于不同项目基因组的横向比较。为了解决这个问题，我们开发了基因组组装评估流程（GAEP），它提供了一个全面的评估流程，从连续性、完整性和正确……

学术报告

CGM 第 108 期：SARS-Cov-2 的系统发育树构建

2020-08-19

对 GISAID 数据库中的新型冠状病毒序列（截至 2020-05-14）进行了系统发育以及 BEAST 分子钟树构建，并以网站形式于 covid19tree.org 进行展示。结果表明，该病毒树的基部呈星状，没有足够的信息位点确认各分支的分化顺序。单凭序列信息，无法确定其起源地。分析中的随机因素可能会导致不同的国家或地区被置于树基部。本次活动不录播，精彩不容错过！ […] Morel……

学术报告

CGM 第 104 期：基于单分子测序数据的基因组组装软件开发及应用

2020-07-22

随着测序技术的不断更新以及各种辅助基因组技术的出现，很多复杂基因组的组装变得可行。然而，由于真核生物基因组的复杂性、测序数据的多样性以及组装软件的局限性，导致染色体水平且无大量缺失的高质量基因组的构建仍然非常困难，尤其是高杂合、高重复、高 AT、多倍体甚至是同源多倍体的大型复杂基因组的组装。所以我们结合 Fosmid（可以用 10X Genomics 代替）、BioNano 和 HiC 测序技术开发了多种组装流……