- 题目：用Pore-C技术检测拟南芥基因组多位点互作及关联甲基化修饰信息
- 时间：美国中部时间 2022年03月16日（星期三）7AM（北京时间03月16日9PM）
- 地点：Tecent and Bilibili live stream
- 主讲人:李卓雯, 本科毕业于中国农业大学；博士就读于南方科技大学生物学专业翟继先课题组。 目前主要的关注领域是Nanopore测序技术，植物基因组学，转录组学。
中文摘要
随着高通量测序技术的发展，大量基于二代测序的组学研究技术被陆续开发，人们得以从多个层面了解基因组的组成、结构与功能。染色质捕获技术（Chromosome conformation capture）通过对染色质进行酶切和邻近连接得到的嵌合体序列进行测序，获得染色质互作信息，从而解析基因组的三维结构。其中，Hi-C和ChIA-PET是应用最广的基因组水平染色质捕获技术。Hi-C和ChIA-PET技术在植物中的应用，为我们提供了丰富的植物基因组结构信息，解析了包括拟南芥、水稻、番茄、玉米等在内的多种植物的染色体互作图谱。然而，由于二代测序读长的限制以及其双端测序的特点，Hi-C和ChIA-PET技术只能提供染色体位点两两互作的信息（two-way interaction），而染色质多位点之间的互作信息 (multi-way interaction) 只能由多个细胞的两位点互作信息推理得出。由于细胞间的差异性，这种推论并不一定准确。另外，Hi-C和ChIA-PET技术也无法保留序列上的表观修饰信息。其他捕获染色质多位点互作的技术，如SPRITE和ChIA-Drop，操作难度较大，难以在植物中应用推广。 Nanopore测序技术是一种长读长、单分子的测序技术。使用对过孔电流信号的解析，Nanopore技术可以读出平均长达30kb的碱基序列信息，并获得分子上包括m5C, hm5C, and m6A在内的表观修饰信息。2019年，Ulahannan等人开发了Pore-C技术，使用Nanopore对染色质酶切、连接后形成的多片段嵌合体序列进行长读段测序，成功地解析了哺乳动物细胞中的染色质多位点互作情况。本研究在拟南芥中应用Pore-C技术，首次对植物基因组的多位点互作情况进行解析，探讨了包括KNOT组成元件（KNOT ENGAGED ELEMENTs， KEEs）和端粒区在内的多位点互作情况。在Pore-C技术基础上，我们解析并讨论了Nanopore读段上与互作信息偶联的甲基化修饰信息。与Hi-C技术相比，Pore-C技术的建库流程也简洁许多。我们的研究证实了Pore-C是一种简单、准确、高效的植物基因组多位点互作捕获工具，能帮助我们对植物基因组的三维结构有进一步的理解。
参考文献
Zhuowen Li1,2,3,#, Yanping Long1,2,3,#, Yiming Yu1,2,3, Fei Zhang1,2,3,Hong Zhang1,2,3, Zhijian Liu1,2,3, Jinbu Jia1,2,3, Weipeng Mo1,2,3, Simon Zhongyuan Tian1, Meizhen Zheng1, and Jixian Zhai1,2,3,* 2022. Pore-C Simultaneously Captures Genome-wide Multi-way Chromatin Interaction and Associated DNA Methylation Status in Arabidopsis. Plant Biotechnology Journal. (Under review)