• 题目：CGM 第212期 单细胞测序技术的发展和细胞图谱
• 时间： 北京时间01月27日 星期四 10AM
• Zoom会议ID：878 7050 9801 密码：207409
• 主讲人 靳文菲, 郑州大学 本科, 中科院上海生科院 博士, NIH 博士后，南方科技大学副教授，博士生导师。（主页：https://faculty.sustech.edu.cn/jinwf/）

中文摘要

细胞是生物结构和功能的基本单位。显微技术和流式技术等常用细胞研究技术都是根据细胞的一个或少数几个特征进行细胞鉴定和细胞分类，无法系统的研究组织内细胞的状态和分化路径。单细胞转录组测序、单细胞基因组测序、单细胞表观组测序，单细胞多组学等技术的出现和发展提供了全面刻画细胞状态的强大工具。我们开发了scDNase-seq分析染色质可及性的细胞异质性, 建立scPolyA分析 polyA 使用的细胞异质性, 开发了ISSAAC-seq同时捕获单个细胞中的染色质可及性和基因表达，建立scGAE对单细胞组数据降维, 开发CCI把细胞映射到发育树上等。 我们利用单细胞测序技术分析造血及其癌变，T细胞亚群及其激活等。整体来看，单细胞测序技术的应用极大的增加了人类对细胞异质性、胚胎形成、发育过程、免疫系统、神经系统和肿瘤微环境的认识；革命性的改变了人类对细胞的认知体系，也使得建立一个普适性的细胞分类系统成为可能。伴随着空间转录组的兴起与单细胞测序数据的快速积累，包含细胞空间位置信息的人类全息细胞图谱终将实现。

参考文献

1. Xu W, et al. ISSAAC-seq enables sensitive and flexible multimodal profiling of chromatin accessibility and gene expression in single cells. doi: https://doi.org/10.1101/2022.01.16.476488
2. Wang J, et al. Comprehensive mapping of the alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution. doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.02.471022
3. Wang X, et al. (2022) Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing. J Immunol. 208(2):396-406.
   
4. Qin P, et al. (2021) Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single cell sequencing and its medical implication. Cell Discov. 7:2.
5. Jin W, et al. (2015) Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples. Nature. 528:142-146

关键词: 单细胞测序技术，细胞图谱，细胞亚群，造血发育，细胞癌变