- 题目：胞嘧啶碱基编辑器脱靶检测技术的开发
- 时间：美国中部时间 2022 年 01 月 06 日（星期四）7AM（北京时间 01 月 06 日 9PM）
- 地点：Tecent and Bilibili live stream
- 主讲人: 孟浩巍，本科毕业于西北农林科技大学创新实验学院；博士毕业于北京大学生命科学学院，获理学博士学位。博士期间曾获北京大学 “优秀科研奖”，“北京大学优秀毕业生” 等荣誉称号。博士毕业后，受北京大学 “博雅博士后” 项目资助，继续在北京大学生物医学工程方向进行博士后研究。 目前主要的研究方向和兴趣为多种基因编辑工具脱靶位点的检测及技术开发。胞嘧啶碱基编辑器（CBE），腺嘌呤碱基编辑器（ABE）以及先导编辑（prime editor，PE）等基因编辑工具可以在不产生 DNA 双链断裂的情况下对靶向 DNA 序列完成编辑。但是在全面推向临床应用前需要对其可能会产生的脱靶效应进行评估。目前的工作主要集中在开发可以高效、准确、无偏地评估上述基因编辑工具在全基因组水平的脱靶效应。我们的工作可能会对未来基因编辑工具的临床安全性评估及应用具有重要意义。 除学术工作外，持续在知乎网等网络平台上发布生物信息学相关技术图文教程，获得了超过 7 万 3 千人的关注，及超过 900 万人次的阅读量；还在哔哩哔哩、腾讯课堂、知乎等平台发布系列生物信息学教学课程，获得数十万人次的参与并广受好评。
中文摘要
胞嘧啶碱基编辑器（CBE），是一种可以在不产生 DNA 双链断裂的情况下靶向地将基因组 DNA 中的 C 突变为 T 的新型基因编辑工具。CBE 的出现为众多遗传病的治疗带来了潜在的可能，但是在全面推向临床应用前需要对其可能会产生的脱靶效应进行评估。在 CBE 催化 C 脱氨最终转变为 T 的过程中会产生中间产物脱氧尿嘧啶（dU），因此可以通过检测 dU 从而获得 CBE 的脱靶位置。本研究开发了以检测 CBE 产生 dU 为目标，同时增加 5fC 化学标记及氧化为核心的全基因组 CBE 脱靶位点的测序技术——Detect-seq。应用 Detect-seq 技术，在人源 HEK293T 及 MCF7 细胞系中的对 6 个靶向位点的样本中进行了 CBE 编辑的脱靶检测。除 RNF2 位点外，其它靶向位点均可以产生几十至数百个 sgRNA 依赖型的脱靶位点。同时，研究还发现了两种新型的 sgRNA 依赖型的脱靶编辑：前间隔序列外编辑（out-of-protospacer edit）及 sgRNA 靶向链编辑（target strand edit）。综上，本研究开发了一种可以在全基因组范围内检测 CBE 脱靶位点的测序技术 Detect-seq。应用 Detect-seq 可以在细胞内高分辨率、灵敏、特异地检测的 CBE 编辑工具介导的脱靶位点，未来则可以为进一步优化、改造 CBE 提供可靠的评估手段。