• 题目:CGM 第120期:Data integration and visualization of phylogenetic trees
  • 时间:美国中部时间 2020年10月31日(星期三)8AM(北京时间10月31日 9PM)
  • 地点:Tecent and Bilibili live stream
  • 主讲人:余光创,2017年毕业于香港大学李嘉诚医学院。2018由南方医科大学第三层次人才引进(教授,博导),2019年起任南方医科大学基础医学院生物信息学系副主任(主持工作),以第一作者或通讯作者发表SCI论文20余篇,主要工作发表在Molecular Biology and Evolution, Methods in Ecology and Evolution和Bioinformatics上,其中6篇为ESI高被引论文,被引用7千余次(google scholar数据)。

中文摘要

树结构不易操作,且有大量的相关数据需要整合,以便于在系统发育的背景下对数据进行解析,针对这一问题,我们开发了一系列的R包,解决于系统发育树相关文件的读写、数据整合、操作以及可视化等各个方面。

参考文献

G Yu. Using ggtree to visualize data on tree-like structures. Current Protocols in Bioinformatics, 2020, 69:e96. LG Wang, TTY Lam, S Xu, Z Dai, L Zhou, T Feng, P Guo, CW Dunn, BR Jones, T Bradley, H Zhu, Y Guan, Y Jiang, G Yu*. treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data. Molecular Biology and Evolution. 2020, 37(2):599-603. G Yu*, TTY Lam, H Zhu, Y Guan*. Two methods for mapping and visualizing associated data on phylogeny using ggtree. Molecular Biology and Evolution. 2018, 35(2):3041-3043. G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam*. ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data. Methods in Ecology and Evolution. 2017, 8(1):28-36.

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