学术报告

CGM 第 110 期: R-loop 的全基因组水平检测与功能研究

关键词：talks; R-loop; non-coding RNA; transcriptional regulation; next-generation sequencing

  • 题目：CGM 第 110 期: R-loop 的全基因组水平检测与功能研究
  • 时间：美国中部时间 2020 年 9 月 2 日（星期三）8AM（北京时间 9 月 2 日 9PM）
  • 地点：Tecent and Bilibili live stream
  • 主讲人：徐炜，2016 年获得中国科学院大学博士学位。2016-2020 年在清华大学生命学院孙前文课题组进行博士后研究。2020 年加入深圳农业基因组研究所组学技术研究中心，担任课题组长。从事 R-loop 测序技术、新型 DNA 损伤测序技术及新型 ChIP-seq 的开发与应用。研究成果以第一作者或共同第一作者身份发表于 Nature Plants、Cell Research、Plant Cell、Science Advances 等知名学术期刊。

中文摘要

R-loop 是一种特殊的三链核酸结构，广泛存在于几乎所有的生物体中，并发挥重要的生物学功能，包括影响基因转录起始、延伸、终止，调控 DNA 甲基化，诱导基因组不稳定性等。R-loop 作为特殊的核酸结构，需要通过特定的技术手段进行检测。我们基于单链 DNA 连接技术，开发了稳定可靠且提供 R-loop 链特异性信息的全基因组 R-loop 检测方法——ssDRIP-seq，成功绘制了拟南芥、人、鼠等多个物种的全基因组 R-loop 图谱，并系统研究了 R-loop 在 RNA 表观遗传修饰、细胞减数分裂、多功能干细胞诱导等多个重要生物学过程中的作用及分子机制。ssDRIP-seq 技术为 R-loop 生物学研究领域提供了稳定高效的工具，大幅度拓展了我们对 R-loop 形成与调控的认识，也为其他生物学研究领域提供了新的思路。

参考文献

  1. Xu Wei, Xu Hui, Li Kuan, Fan Yingxu, Liu Yang, Yang Xuerui, Sun Qianwen. The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome. Nature Plants, 2017, 3(9):704.
  2. Xu Wei, Li Kuan, Li Shuai, Hou Quancan, Zhang Yushun, Liu Kunpeng, Sun Qianwen. The R-loop atlas of Arabidopsis development and responses to environmental stimuli. The Plant Cell, 2020, 32(4): 888-903.
  3. Li Yaoyi, Song Yawei, Xu Wei, Li Qin, Wang Xinxiu, Li Kuan, Wang Juehan, Liu Zicong, Velychko Sergiy, Ye Rong, Xia Qing, Wang Lei, Guo Rong, Dong Xiaotao, Zheng Zhikai, Dai Yushuang, Li Haojie, Yao Mingze, Xue Yuanchao, Schöler Hans R., Sun Qianwen, Yao Hongjie. R-loops Coordinate with SOX2 in Regulating Reprogramming to Pluripotency. Science Advances, 2020, 6(24):eaba0777.
  4. Yang Xin, Liu Qian-Lan, Xu Wei, Zhang Yi-Chang, Yang Ying, Ju Lin-Fang, Chen Jing, Chen Yu-Sheng, Li Kuan, Ren Jie, Sun Qianwen, Yang Yun-Gui. m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination. Cell Research, 2019, 29(12):1035-1038.

YouTube

Bilibili