- 题目：CGM 第 101 期：光学图谱在基因组学中的应用
- 时间：北京时间 2020 年 7 月 1 日 9PM（美国西部 PST 时间 7 月 1 日（星期三）6AM）
- 地点：Zoom and Bilibili live stream
- 主讲人：袁玉轩，香港中文大学博士后。2014 年硕士毕业于澳洲昆士兰大学，2019 年博士毕业于澳洲西澳大学，师从 David Edwards 教授。主要研究方向为运用最新 DNA 测序技术及光学图谱信息，对油菜，小麦，大豆及三叶草进行基因组组装，并进行基因组结构变异挖掘。同时参与了油菜及大豆泛基因组等研究项目。以第一作者身份在 Trends in Biotechnology，Bioinformatics，BMC Bioinformatics 以及 Frontiers in Plant Science 发表论文 8 篇，其中光学图谱相关研究文章 3 篇。
中文摘要
光学图谱作为 DNA 测序技术的一个重要补充，在基因组学中发挥重要的作用。在近 30 年的发展过程中，光学图谱已被应用到微生物以及高等动、植物的基因组研究中。大体上，光学图谱多应用于基因组组装，大范围结构变异挖掘以及菌株区分。随着技术的进一步发展，以及算法的不断提升，光学图谱的应用仍具有重要前景。在此次报告中，我将与大家分享如何利用光学图谱来提升基因组学相关研究吧。
参考文献
- Yuan Y, Bayer P, Lee H, Edwards D. (2017) runBNG: A software package for BioNano genomic analysis on the command line. Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/btx366
- Yuan Y, Bayer P, Scheben A, Chan CKK, Edwards D. (2017) BioNanoAnalyst: A visualisation tool to assess genome assembly quality using BioNano data. BMC Bioinformatics. doi: 10.1186/s12859-017-1735-4
- Yuan Y, Bayer P, Vrana, J, Dolezel J, Edwards D, Erskine W, Kaur P. (2018) Large-scale structural variation detection in subterranean clover subtypes using optical mapping, Frontiers in Plant Science, 9, 971, doi: 10.3389/fpls.2018.00971