- 题目:管中窥豹,亦别有洞天——外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图
- 时间:2019 年 08 月 21 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
- 地点:YouTube live stream
- 主讲人:贺飞博士本科毕业于西南大学,博士期间在中国农业大学张子丁教授门下学习生物信息学,2011年获得博士学位。毕业至今,贺博士先后在斯隆-凯特林研究所(Sloan Kettering Institute )发育生物学部的Dr. Zhirong Bao 实验室、布鲁克海文国家实验室(Brookhaven National Lab)生物部Dr. Sergei Maslov 实验室和堪萨斯州立大学(Kansas State University)植物病理学系的Dr. Eduard Akhunov实验室从事博士后研究。
中文摘要
小麦是世界上最重要的农作物之一。由于其基因组巨大(~17 Gb),小麦基因组进化的研究一直是一个难题。近年来测序成本不断下降,使得小麦重测序成为可以负担的课题。我们对890个不同的小麦品种进行了外显子测序,利用中国春参考序列,检测到超过三百万SNP位点。利用这套遗传变异数据,我们尝试解答如下几个问题:
小麦基因组中哪些位点受到了人工选择或者自然选择?外源基因组片段如何影响小麦基因组的形成与进化?遗传负荷(deleterious allele load)在小麦的进化中扮演着什么样的角色?
我希望和大家分享回答这些问题的过程。
关键词:小麦,基因组进化,遗传多样性,基因渗入
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参考文献
Fei He, Raj Pasam, Fan Shi, et al. Exome sequencing highlights the role of wild-relative introgression in shaping the adaptive landscape of the wheat genome. Nature Genetics vol. 51, pages 896-904, 2019volupages