- 题目：玉米可变剪接变异研究
- 时间：2019 年 07 月 24 号（星期三），美西时间（Pacific Time）6:00 PM
- 地点：YouTube live stream
- 主讲人：陈秋月 (Qiuyue Chen) Research associate, University of Wisconsin, Madison, WI, USA. Work on maize domestication in Doebley lab; Ph.D. 2017, Plant Genetics and Breeding, China Agricultural University, Beijing, China. Worked on QTL, eQTL, and sQTL mapping, etc. in Tian lab
中文摘要
玉米是重要的粮食作物、饲料作物和能源作物，近年来，随着高通量测序技术和计算生物学的发展，玉米功能基因组的研究已不再局限于传统的基因克隆，基因组、表观组、转录组、蛋白组、代谢组等各种组学手段使得基因功能的研究达到空前的规模和分辨率，大大加快了研究者对复杂数量性状形成机制的解析。根据遗传学的中心法则，转录调控是最基本的一个环节，基因表达变异是表型变异的重要来源。在群体水平定位基因表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）早已成为研究基因表达变异的重要手段，除了转录调控之外，转录后调控也是基因表达调控的重要环节，其中可变剪接是最为重要的一种转录后修饰方式，可变剪接变异也是表型变异的重要来源。但目前在群体水平定位可变剪接数量性状位点（splicing quantitative trait locus, sQTL）的研究在植物中还很少有报道。本研究以368份玉米自交系授粉后15天未成熟籽粒的转录组测序数据为基础，结合125万个高密度SNP分子标记，对未成熟籽粒的可变剪接变异进行全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS），解析了可变剪接自然变异的遗传结构，探讨了可变剪接调控的分子机制，可变剪接与基因表达调控之间的关系，以及可变剪接对表型变异的贡献。
Keywords: Maize, Alternative Splicing, GWAS
参考文献
- Qiuyue Chen#, Yingjia Han#, Haijun Liu#, Xufeng Wang, Jiamin Sun, Binghao Zhao, Weiya Li, Jinge Tian, Yameng Liang, Jianbing Yan, Xiaohong Yang, and Feng Tian. Genome-wide association analyses reveal the importance of alternative splicing in diversifying gene function and regulating phenotypic variation in maize. The Plant Cell, 2018, 30(7):1404-1423.