- 题目：Genome-resolved metagenomics （解码宏基因组）
- 时间：2019 年 05 月 01 号（星期三），美西时间（Pacific Time）6:00 PM
- 地点：YouTube live stream
- 主讲人：陈林兴 (Lin-Xing Chen) PostDoc Researcher in Jill F Banfield Lab @ Innovative Genomics Institute (IGI)，UC Berkeley
中文摘要
微生物的物种和功能多样性是微生物学研究的主旨，微生物的分离培养技术为我们在这两个方面的认识奠定了坚实的基础。然而，绝大部分的微生物是不可培养的，这极大地限制了微生物学研究的进展，同时也催生了多种基于免培养的微生物研究方法，宏基因组学即是其中之一。Genome-resolved metagenomics 是以获得微生物基因组 (Metagenome-assembled genomes, MAGs)，进而在基因组水平对物种和功能多样性进行分析的宏基因组学研究方法。从2004年第一篇MAGs文章发表，越来越多的微生物基因组是通过此方法获得的，如最近人类肠胃微生物研究，一次性发表超过6万个基因组。殊不知，如此疯狂输出的背后，隐藏了诸多的问题。本讲将简单介绍Genome-resolved metagenomics的基本原理和分析流程，优势和缺点，同时对未来的研究方向进行一些展望。
参考文献
- Sharon, Itai, and Jillian F. Banfield. “Genomes from metagenomics.” Science 342, no. 6162 (2013): 1057-1058.
- Nayfach, Stephen, Zhou Jason Shi, Rekha Seshadri, Katherine S. Pollard, and Nikos C. Kyrpides. “New insights from uncultivated genomes of the global human gut microbiome.” Nature (2019): 1.