- 时间：2017 年 9 月 27 号（星期三），美西时间（Pacific Time）6:00 PM
- 地点：YouTube live stream
- 主讲人: 区树俊 (MSU)
- 题目：Characterization of non-canonical LTR retrotransposons in plants
植物中的非典型LTR转座子
作为真核生物基因组的主要成分，转座子（transposon）可谓是无处不在。由于转座子的结构和序列多样性，准确鉴定转座子仍然是一项挑战性的工作。植物基因组中占比最高的要数长末端逆转录转座子（Long terminal repeats retrotransposon, LTR-RT），其基因组含量可高达75%（玉米）。这次我将会简单讲一下我开发的软件LTR_retriever，用于快速准确地鉴别完整的LTR-RT。通过扫描50个已发表的植物基因组，我发现了一些低频、非典型的LTR-RT。这里将着重讲一下这些转座子的特性，以及由此衍生出的新发现。