学术报告

CGM 第153期: 三维基因组学的技术实现与应用研究

2021-04-28

介绍3D基因组学的研究对象、研究方法，及其在动植物上的应用。介绍3D视角下的生理、病理与进化上的研究进展，特别是以（超级）增强子互作与癌症产生的关联的新颖现象。由于演讲人长期研究植物（玉米），因此也将介绍调控具体农艺性状的基因在营养组织与生殖组织中的互作异同，及在大刍草驯化为现代玉米过程中的3D结构变异。 […] En Li*, Han Liu*, Liangliang Huang,……

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CGM 第61期：学科交叉与基因组学研究中的方法论

2019-08-28

多数生物学研究一直被诟病于文科式描述，然而事实上，从孟德尔(Gregor Mendel)的遗传到费希尔(R. A. Fisher)的进化，他们的研究中无不充满着理性的推论。甚至，在澄清达尔文进化论的工作过程中，费希尔进而奠定了现代统计学的基础。基因组的出现，再次把生物学推向了数学和统计学的海洋。在我自己十几年的科研实践中，以及在近两年的教学中，越来越发现基础数学对于基因组研究的重要性。最近十年，计……

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CGM 第59期：表型组学时代，多表型助力基因挖掘

2019-08-07

在作物基因组海量的注释基因中，实际被发现并证明功能的基因少之又少。玉米中只有大约1%的注释基因被广泛研究并发现可见的表型。在群体研究中，为了找到基因与表型的潜在联系，我们通常会利用QTL mapping或GWAS等方法来研究分子标记变异和表型变异之间的关联程度。这在研究一些对表型有效应的特异基因时会在一定程度上提供关键的信息。然而，所有的注释基因并不一定都能对可见的表型造成影响，而有些基因却同时影……

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CGM 第17期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

2017-10-25

玉米在墨西哥南部湿热河谷地区驯化后迅速占领了美洲从热带到温带，从低海拔到高海拔的大面积区域。在这个迁移过程中，玉米的种植面积在不断扩大，而它的有效群体大小又是如何波动的呢？墨西哥中部高原区的玉米品系接受了同域分布的野生玉米的基因流以帮助它适应高海拔的生境。这种适应性的基因渐渗是否也发生在其他的不同域分布的玉米群体中呢？是否存在“驯化的代价”，“迁移的代价”（有害突变随着驯化和迁移而增加）？基因渐渗……

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CGM 第10期：Unbiased k-mer Analysis for Comparative Genomics

2017-07-19

基因组的不同决定了大多数生物表型特征的差异。众多旨在寻找决定表型的基因类型（基因序列）的生物研究课题，让我们认识到，除了准确地定性或定量检测生物个体表型特征之外，我们还必须能够有效地分析不同个体之间基因组序列的差异。目前，比较基因组方法大多依赖于参考基因组。采用单一的参考基因组存在许多问题，例如，基因组序列代表性不够，在复杂多态性位点很难有效进行序列比对，无法有效地分析重复序列，等等。我们今天要讨……

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CGM 第9期：The cause and consequence of alternative splicing in maize and across species

2017-07-05

人类基因组只有两万个基因，但这两万个基因组成了复杂的核糖核酸和蛋白网络，在这个过程中一个基因往往能够产生很多个核糖核酸或者蛋白质，在果蝇中某个基因可以产生几万个核糖核酸或者蛋白质。这个由一个基因组通过基因内结构的重组产生不同的核糖核酸或者蛋白质的方式叫做可变剪切。很多神经方面的疾病都会造成可变剪切的变异，比如说自闭症，脊髓性肌萎缩，早衰症，各类肌肉萎缩疾病等等。在植物研究当中发育和对环境的适应……

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CGM 第1期：以植物进化史为鉴，预测未来优良作物

2017-03-01

中文摘要，于是可以搞得文艺一点。七万年前，关于智人的事情，我们叫做历史；十几亿年前，有机物遗传DNA的事情，我们称之为进化；三十多亿年前，无机物相互作用的事情，我们归结为化学；一百多亿年前，宇宙大爆炸关于物质的事情，成为物理学。不是我总结的，以上来自Harari的《Sapiens: A Brief History of Humankind》。是不是在说，一切事实已然存在，我们只是在试图……