学术报告

CGM 第 131 期: 棉属多倍化与驯化历程中的顺反式表达调控进化

2021-01-06

基因表达的调控变异对于产生新表型和驱动物种形成具有重要作用。近年来，在全基因组水平解析顺式和反式调控差异，已经成为了在物种间、种群内、乃至不同环境下探索表型差异与进化的关键手段。然而由于植物中的多倍化现象普遍存在并增加了重复基因调控的复杂性，人们对农作物驯化的调控进化基础仍知之甚少。以陆地棉的驯化过程为例，为研究棉纤维发育这一复杂表型的调控进化基础，我们采用等位基因特异表达分析方法比较了作为亲本的……

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CGM 第 103 期：大豆泛基因组研究

2020-07-15

基因组是开展遗传研究的重要工具，单基因组参考的局限性催生了泛基因组的发展。大豆是世界重要的经济作物，有着丰富的表型和遗传变异，是进行泛基因组研究的理想材料。本文进行了 2,898 份大豆材料的重测序，从中选择了 26 个代表性的大豆种质材料进行了三代测序和从头组装。结合以前发表的中黄 13、 W82 和 W05 基因组，深度挖掘了短读长序列比对方法未能有效检测的大尺度变异数据，并且使用图形结构方……

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CGM 第 74 期：全基因组变异图谱揭示甜瓜驯化历史及农艺性状形成基因位点

CGM 第 74 期：全基因组变异图谱揭示甜瓜驯化历史及农艺性状形成基因位点

2019-12-04

[…] 甜瓜是一种被广泛栽培的世界性园艺作物，有着悠久的栽培历史。由于非洲存在着大量的甜瓜近缘种，且有着与甜瓜一样的染色体数目，因此研究人员认为甜瓜起源并驯化于非洲。然而，通过基因组数据分析发现，与甜瓜亲缘关系最近的近缘种不是存在于非洲，而是在印度和澳大利亚。因此，关于甜瓜的驯化历史一直存在争议。甜瓜按照子房绒毛的多少和长短分为厚皮甜瓜（C. melo subsp melo）和薄皮……

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CGM 第 23 期：Polyploidy and duplicated gene regulation, stories of cotton 棉花进化那些事儿

CGM 第 23 期：Polyploidy and duplicated gene regulation, stories of cotton 棉花进化那些事儿

2018-02-21

Polyploidy and duplicated gene regulation, stories of cotton 棉花进化那些事儿多倍化这一现象在整个真核生物中普遍存在，尤其是在植物的物种形成及其随后的进化过程发挥了关键的作用。在细胞内，遗传物质的加倍在不同程度上影响着基因表达调控的各个环节，进而推动了生物功能以及表观形态的选择进化历程。我的研究工作是通过功能基因组学，以棉属植……

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CGM 第 20 期：Population Genetics of Grape Domestication

CGM 第 20 期：Population Genetics of Grape Domestication

2017-12-20

群体遗传学已经被广泛的应用于研究一年生作物的驯化, 但我们对多年生植物的驯化知之甚少。葡萄 (Vitis vinifera spp. vinifera) 是世界上最重要的经济作物, 应用全基因组数据和群体遗传学方法, 我们首次对葡萄的植物驯化进行了深入分析, 从某种程度上解决了植物驯化方面的三大悬疑: 第一, 驯化的时间尺度: 所有的考古证据表明驯化发生在成千上万年前, 但遗传证据表明它可以快速发生。我们……

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CGM 第 17 期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

CGM 第 17 期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

2017-10-25

玉米在墨西哥南部湿热河谷地区驯化后迅速占领了美洲从热带到温带，从低海拔到高海拔的大面积区域。在这个迁移过程中，玉米的种植面积在不断扩大，而它的有效群体大小又是如何波动的呢？墨西哥中部高原区的玉米品系接受了同域分布的野生玉米的基因流以帮助它适应高海拔的生境。这种适应性的基因渐渗是否也发生在其他的不同域分布的玉米群体中呢？是否存在 “驯化的代价”，“迁移的代价”（有害突变随着驯化和迁移而增加）？基因渐渗……

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CGM 第 4 期：Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants

CGM 第 4 期：Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants

2017-04-12

您想知道您的基因组上有多少导致疾病的突变吗？您想知道您研究的对象基因组上有多少降低产量或者适应性的突变吗？我们为您准备了一个贴心的 pipeline 叫 BAD-Mutation, 帮您预测一切有害的突变。若有兴趣，请加入本期的讨论会。作者将向您详细介绍 BAD-Mutation 的优点及其教您怎样使用 BAD-Mutation。若有兴趣的，可以读一下我们 bioRxiv preprint 的文章。

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CGM 第 2 期：作物驯化的进化遗传学展望

2017-03-15

在过去的 13000 年时间里，人类的祖先从野生植物中驯化出了上百种植物，做为我们今天的主要粮食来源。从进化遗传学角度理解作物的驯化对解决粮食问题和深入理解进化论都有重要价值。主讲人将简单介绍这方面的研究进展，并提出几个未来该领域的研究方向，和参与的同学一起探讨。也欢迎大家关注主讲人的个人主页：http://xinshuaiqi.weebly.com/