学术报告

07-25-2023 使用 Bambu 从长读长 RNA-seq 数据进行上下文感知的转录本定量

2023-07-25

大多数转录本定量方法都依赖于固定的参考注释, 然而，转录组是动态的。静态注释通常会包含某些基因的非活性异构体（isoform），而对于其他一部分基因来说静态注释又是不完整的。在这里，我们介绍了 Bambu，一种基于机器学习发现长读转录组基因测序数据中转录本异构体并进行实时量化的方法。为了识别新的转录本，Bambu 发明了一种新的参数（NDR），相比之前任意的每个样本阈值，具有单个、可解释的、精确……