学术报告

CGM 第 81 期：角苔基因组与早期陆地植物进化

2020-02-12

[…] 苔藓类包括苔、藓和角苔三大分支，是现存最早的陆生植物，在植物演化过程中代表从水生到陆生的过渡类型。多年来对于早期陆地植物的起源与植物登陆一直存在诸多争论和未解之谜。近年来，人们利用组学数据将早期陆地植物的系统位置争论聚焦到了角苔类上。角苔类以其难解的系统位置、衍生与原始兼具的形态性状、以及其与细菌、真菌广泛共生的特异现象而备受关注。本研究利用三代测序的 Nanopore 数据和……

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CGM 第 78 期：睡莲基因组和早期开花植物进化

2020-01-15

[…] 测序技术发展迅速，特别是近几年三代测序技术发展突飞猛进。相比传统二代技术大片段文库构建需要昂贵的费用，三代测序技术克服大片段文库构建问题，直接对 DNA 大片段进行测序且费用不高，使从头组装基因组价格大幅下降，如植物中最早使用三代测序技术完成的复活草（Oropetium thomaeum）基因组。我们课题组在此背景下选择了一个只有 400M 左右的睡莲基因组，使用三代测序技术从头组……

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CGM 第 71 期：杨树适应性进化的遗传基础

2019-11-06

[…] 多年生林木树种是森林生态系统的重要组成部分，不仅为人类的生存发展提供稳定的生态环境，同时也为人类提供重要的生产生活资料。然而，随着经济社会快速发展、生态环境不断恶化，加之近年来全球气候变化造成的干旱、病虫害爆发等，已导致全球大量树木生长减缓并面临死亡威胁。而林木树种如何在全球气候变化的环境下存活、适应和进化则主要取决于适应性遗传资源的多少和分布。杨属植物由于其基因组小、在遗……

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CGM 第 60 期：管中窥豹，亦别有洞天。外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图

CGM 第 60 期：管中窥豹，亦别有洞天。外显子组重测序描绘小麦基因组进化蓝图

2019-08-21

小麦是世界上最重要的农作物之一。由于其基因组巨大（～17 Gb），小麦基因组进化的研究一直是一个难题。近年来测序成本不断下降，使得小麦重测序成为可以负担的课题。我们对 890 个不同的小麦品种进行了外显子测序，利用中国春参考序列，检测到超过三百万 SNP 位点。利用这套遗传变异数据，我们尝试解答如下几个问题：小麦基因组中哪些位点受到了人工选择或者自然选择？外源基因组片段如何影响小麦基因组的形成与进化？遗……

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CGM 第 54 期：酵母菌进化模式

2019-05-29

生物多样性是进化生物学，生态学领域研究的热点问题之一。新类群产生是由于该类群新基因的获得（gain）还是祖先基因的丢失（loss），导致它们与其他类群具有不一样的性状？酵母菌亚门是一类古老的真菌微生物，包含酿酒发面的酵母（Saccharomyces cerevisiae），导致人患皮肤疾病相关的酵母（Candida），导致植物死亡或损伤相关的酵母（Eremothecium），裂解石油的酵……

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CGM 第 17 期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

CGM 第 17 期：The Evolution of Maize during Post-Domestication Expansion across Americas

2017-10-25

玉米在墨西哥南部湿热河谷地区驯化后迅速占领了美洲从热带到温带，从低海拔到高海拔的大面积区域。在这个迁移过程中，玉米的种植面积在不断扩大，而它的有效群体大小又是如何波动的呢？墨西哥中部高原区的玉米品系接受了同域分布的野生玉米的基因流以帮助它适应高海拔的生境。这种适应性的基因渐渗是否也发生在其他的不同域分布的玉米群体中呢？是否存在 “驯化的代价”，“迁移的代价”（有害突变随着驯化和迁移而增加）？基因渐渗……

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CGM 第 14 期：线粒体的反转座过程 - 以禾本科为例

2017-09-13

相比较物种巨大的细胞核基因组，其细胞器基因组只能算是”沧海一粟”了。但可不要轻易的遗忘这 “一丢丢” 的细胞组分，它们在物种的形成，进化，适应和功能上承担了不可磨灭的功用，正是所谓的“四两拨千斤”，没有了它们，整个自然界的物种也就不复存在了。叶绿体和线粒体是植物体内非常重要的细胞器，它们都具有自己独立的基因组，但是也离不开细胞核基因组的功能，即所谓的半自主复制。目前物种所拥有的细胞器基因组并非它们本来……

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CGM 第 5 期：白菜的前世今生

2017-04-26

白菜，不仅是一种我们从小吃到大的蔬菜，还是《功夫厨神》中的开水白菜，是植物大战僵尸中的拳击战士。说到白菜，想必大家心中都有一个以其为原料烧制的菜肴，让人感到家的味道与温暖。这期沙龙我们就来聊一聊白菜不同亚种的起源和它们的传播，看看它们如何从地中海北部传播到世界各地。如果有兴趣也可以看一下我们发表在 Molecular Ecology 的文章。

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CGM 第 4 期：Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants

CGM 第 4 期：Comparative genomics approaches accurately predict deleterious variants in plants

2017-04-12

您想知道您的基因组上有多少导致疾病的突变吗？您想知道您研究的对象基因组上有多少降低产量或者适应性的突变吗？我们为您准备了一个贴心的 pipeline 叫 BAD-Mutation, 帮您预测一切有害的突变。若有兴趣，请加入本期的讨论会。作者将向您详细介绍 BAD-Mutation 的优点及其教您怎样使用 BAD-Mutation。若有兴趣的，可以读一下我们 bioRxiv preprint 的文章。

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CGM 第 2 期：作物驯化的进化遗传学展望

2017-03-15

在过去的 13000 年时间里，人类的祖先从野生植物中驯化出了上百种植物，做为我们今天的主要粮食来源。从进化遗传学角度理解作物的驯化对解决粮食问题和深入理解进化论都有重要价值。主讲人将简单介绍这方面的研究进展，并提出几个未来该领域的研究方向，和参与的同学一起探讨。也欢迎大家关注主讲人的个人主页：http://xinshuaiqi.weebly.com/