• 题目:在进化生物学的框架下利用深度学习预测基因表达
  • 时间:2018 年 09 月 19 号(星期三),美西时间(Pacific Time)6:00 PM
  • 地点:YouTube live stream
  • 主讲人:汪海

深度学习已经给无数的领域带来了深刻的变革,在分子生物学和基因组学中也同样具有广阔的应用前景。但是,由于基因之间以及物种之间存在进化关系,使得生物学中深度学习模型的建立和训练具有一定的特殊性。如果把其他学科的深度学习模型照搬到生物学领域,可能会造成不准确甚至错误的结论。因此,我们提出两种训练深度学习模型的方式:(1)根据基因家族将数据分为训练集和测试集。(2)利用直系同源基因训练模型。我们用这两种方式训练深度学习模型,根据基因的DNA序列预测转录本的丰度。此外,我们利用显著图解析深度学习模型做出预测的依据和模式。

幻灯片和Youtube视频