- 题目：十字花科作物基因组解析及数据库平台搭建
- 地点：腾讯会议 ID：851-8228-1704
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主讲人：宋小明
- 简介：华北理工大学生命科学学院，教授，研究生导师。主要从事园艺作物基因组学及生物信息学研究。以第一作者或通讯作者在Plant Biotechnology Journal、Plant Physiology和Horticulture Research等国际著名期刊发表SCI论文50余篇，其中中科院一区top论文20余篇。主持国家自然科学基金面上和青年项目、中国博后特别资助、教育厅青年拔尖人才等十余个项目。担任园艺领域顶级期刊Horticulture Research副主编，SCI大类一区top期刊Horticultural Plant Journal编委和Journal of Integrative Agriculture青年编委。荣获河北省杰青、河北省“燕赵英才”和唐山市“凤凰青年英才”等荣誉称号。
内容摘要
埃塞俄比亚芥（Brassica carinata）是十字花科芸薹属植物，具有许多优良的农艺性状。在“禹氏三角”模式下的6个物种中，已经有5个物种已完成了基因组测序。因此，埃塞俄比亚芥基因组的测序，将完成“禹氏三角”模式所有6个芸苔属物种的基因组测序，为十字花科物种的比较和功能基因组研究提供了丰富的资源。本研究利用Nanopore、Illumina和Hi-C测序，组装了埃塞俄比亚芥高质量的基因组。基因组序列锚定在17号染色体上，总长度为1.087 Gb，Scaffold N50到达60 Mb。重复序列约占基因组的58.34%。埃塞俄比亚芥与其它五个物种共享一次芸薹属的全基因组三倍化事件。分析推测埃塞俄比亚芥的形成时间为0.047Mya，稍早于甘蓝型油菜，而晚于芥菜型油菜。利用RNA-seq数据和比较基因组分析确定了调节抗病和硫代葡萄糖苷代谢途径中的关键基因。随着埃塞俄比亚芥基因组测序的完成，“禹氏三角”所有6个物种基因组都得到了解析。因此，该物种基因组测序的完成将是芸薹属组学研究的一个重要里程碑。在此基础上，我们搭建了十字花科作物组学数据共享及分析平台（TBGR: http://www.tbgr.org.cn）。基于来自27个十字花科物种的82个已发布基因组，建立了一个用户友好的组学数据库平台。为十字花科作物的比较基因组学和功能基因组学研究提供丰富的组学数据资源。
参考文献
- Song et al. Brassica carinata genome characterization clarifies U’s triangle model of evolution and polyploidy in Brassica. Plant Physiol 2021, 186(1):388-406.
- Liu et al. The Brassicaceae genome resource (TBGR): A comprehensive genome platform for Brassicaceae plants. Plant Physiology 2022, 190(1): 226-237.
关键词
- 十字花科
- 埃塞俄比亚芥
- 基因组解析
- 平台搭建